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Il profilo di PIM può contribuire ad identificare le proteine espresse dai virus trasmessi dalle zanzare di aegypti dell'Aedes

La durata della zanzara di aegypti dell'Aedes varia da due a quattro settimane secondo le condizioni ambientali, durante cui la femmina fa circa mille uova in contenitori riempiti di acqua vicino agli ambienti umani, perché ha bisogno del sangue umano per riprodurre e completare il suo ciclo di vita. Le zanzare maschii mancano di un sistema sangue-alimentante, così soltanto le femmine sono in contatto con gli esseri umani, fungenti da vettori dei virus di Mayaro, di febbre rompiossa, di Chikunguya, di febbre gialla e di Zika come pure di altri agenti patogeni. Fin qui, non ci sono metodi completamente efficaci per evitare questo contatto ed il morso d'infezione del questo specie.

Per determinare le similarità e le differenze nella predisposizione intrinseca di disordine delle proteine espresse da ciascuno di questi arbovirus e per ottenere “un'impronta digitale„ che li identifica, un insieme dei programmi bioinformatic sviluppati da questo gruppo dei ricercatori si è applicato per recuperare il profilo di metodo di indice analitico® (PIM)®di polarità e le mappe intrinseche di predisposizione di disordine delle proteine estratte dal database di UniProt. Questi programmi sono stati progettati nell'ambito del presupposto che le sequenze aminoacidiche contengono le informazioni che definiscono l'abilità di una proteina data al popolare nella struttura tridimensionale unica o restare intrinsecamente disordinate ed anche che determinano la sua funzione predominante.

I profili® di PIM e le mappe intrinseche di predisposizione di disordine sono stati paragonati a quelli generati per altri gruppi della proteina, quali i batteri, funghi e virus dal database di UniProt, peptidi Cella-Penetranti dal database di CPP e due gruppi di proteine intrinsecamente disordinate, interamente e parzialmente disordinato. Questa analisi comparativa ha caratterizzato il gruppo dell'arbovirus e lo ha differenziato dagli altri gruppi di proteine generando “le impronte digitali„ specifiche che hanno identificato ciascuno loro.

Gli autori hanno trovato 1736 proteine dal 559.228"„ proteine esaminate nel database di UniProt che ha avuto un simile profilo® di PIM alle 29 proteine mutate espresse dai cinque gruppi di arbovirus. I risultati suggeriscono che la caratterizzazione® di profilo di PIM potrebbe essere utile per l'identificazione delle proteine espresse dai virus artropodo-sopportati trasmessi dalle zanzare di aegypti dell'Aedes.

Source:
Journal reference:

Polanco, C., et al. (2020) Bioinformatics-based Identification of Proteins Expressed by Arthropod- borne Viruses Transmitted by Aedes Aegypti Mosquito. Current Proteomics. doi.org/10.2174/1570164617999200422123618.