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Une approche neuve pour dépister les peptides cryptiques

Presque toutes les cellules du corps humain présentent des éclats des protéines cellulaires sur leur surface, soi-disant antigènes humains de leucocyte ou peptides de HLA, qui jouent un rôle majeur dans la réaction immunitaire. Si le système immunitaire trouve les peptides étrangers de HLA, tels que les peptides viraux sur une cellule infectée par le virus ou les peptides mutés sur une cellule tumorale, les lymphocytes T éliminent la cellule correspondante. L'intégralité des peptides de HLA présentés sur une cellule désigné sous le nom de l'immunopeptidome des cellules.

L'approche neuve active l'analyse globale pour la première fois

Sans compter que les peptides habituels de HLA, il y a également les peptides cryptiques de HLA. Ceux-ci sont dérivés des séquences d'ARN spécifiques qui ne contiennent pas l'information pour une protéine spécifique de même qu'habituellement le cas. Pendant les dernières décennies, seulement quelques peptides cryptiques de HLA ont été recensés parce qu'ils sont très petits et sont rapidement dégradés dans les cellules. D'autre part, les algorithmes efficaces d'ordinateur pour l'analyse manquaient.

Dans une approche complet neuve, les scientifiques de Würzburg ont maintenant combiné plusieurs méthodes analytiques qui sont particulièrement adaptées pour de petits peptides.

Suivre une méthode de bio-informatique de roman développée par nous, pour la première fois nous pouvions recenser des milliers de peptides cryptiques de HLA dans les immunopeptidomes d'une grande variété de tumeurs telles que le mélanome et le cancer du sein. »

M. Andreas Schlosser, chef d'organisme de recherche, centre de Rudolf Virchow chez Jules-Maximilians-Universität (JMU) Würzburg en Bavière, Allemagne

L'approche neuve de bio-informatique est basée exclusivement sur les caractéristiques de la spectrométrie de masse, une méthode pour déterminer la masse des molécules telles que des peptides. Ceci le rend possible déterminent à systématiquement et largement les peptides cryptiques de HLA. De plus, il était possible d'expliquer sur quelles cellules et dans quelle mesure les peptides cryptiques sont présents : « Nous pouvions prouver que les peptides cryptiques de HLA composent une part important des immunopeptidomes des tumeurs, » explique le prof. M. Florian Erhard, chef de groupe à l'institut de JMU de la virologie.

Points efficaces de crise pour le système immunitaire

On l'a déjà connu de différentes études que les peptides cryptiques peuvent déclencher des réactions auto-immune comme dans le type 1 ainsi que les réactions immunitaires de diabète contre des cellules tumorales. Les analyses neuves fournissent la preuve que certains peptides cryptiques de HLA sont exclusivement trouvés sur des cellules tumorales. De tels peptides cryptiques du tumeur-détail HLA pourraient s'avérer ainsi être les structures d'objectif valables pour des immunothérapies du cancer. Les scientifiques à l'université de Würzburg et au centre hospitalier universitaire de Würzburg examinent déjà un choix des peptides recensés pour déterminer s'ils conviennent comme objectifs pour l'immunothérapie du cancer.

Les cellules infectées par le virus présentent également les peptides cryptiques de HLA qui pourraient être employés comme structure d'objectif pour des vaccins. Avec leur méthode neuve, les chercheurs ont ainsi un outil efficace à disposition pour apprendre plus au sujet du fonctionnement et de la formation généraux des peptides cryptiques. « Nous espérons que notre approche de bio-informatique nous fournira une meilleure compréhension des réactions auto-immune ainsi que des réactions immunitaires contre des cellules tumorales et des cellules infectées par le virus, » dit Schlosser.

Source:
Journal reference:

Erhard, F., et al. (2020) Identification of the cryptic HLA-I immunopeptidome. Cancer Immunology Research. doi.org/10.1158/2326-6066.CIR-19-0886.