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Una nueva aproximación para rastrear los péptidos secretos

Casi todas las células del cuerpo humano presentan los fragmentos de proteínas celulares en su superficie, supuestos antígenos humanos del leucocito o péptidos de HLA, que desempeñan un papel importante en la inmunorespuesta. Si el sistema inmune descubre los péptidos no nativos de HLA, tales como péptidos virales en una célula virus-infectada o péptidos transformados en una célula del tumor, las T-células eliminan la célula correspondiente. La totalidad de los péptidos de HLA presentados en una célula se refiere como el immunopeptidome de la célula.

La nueva aproximación habilita análisis completo por primera vez

Además de los péptidos usuales de HLA, hay también péptidos secretos de HLA. Éstos se derivan de las series específicas del ARN que no contienen la información para una proteína específica al igual que generalmente el caso. Durante las décadas últimas, solamente se han determinado algunos péptidos secretos de HLA porque son muy pequeños y se degradan rápidamente en las células. Por otra parte, los algoritmos eficientes de la computador para el análisis faltaban.

En totalmente una nueva aproximación, los científicos de Würzburg ahora han combinado varios métodos analíticos que son determinado convenientes para los pequeños péptidos.

Usando un método de la bioinformática de la novela desarrollado por nosotros, podíamos por primera vez determinar millares de péptidos secretos de HLA en los immunopeptidomes de una amplia variedad de tumores tales como cáncer del melanoma y de pecho.”

El Dr. Andreas Schlosser, líder del grupo de investigación, centro de Rudolf Virchow en Julio-Maximilians-Universität (JMU) Würzburg en Baviera, Alemania

La nueva aproximación de la bioinformática se basa exclusivamente en los datos de la espectrometría de masa, un método para determinar la masa de moléculas tales como péptidos. Esto hace posible determina a sistemáticamente y completo los péptidos secretos de HLA. Además, era posible clarificar en qué células y en qué medida los péptidos secretos están presentes: “Podíamos mostrar que los péptidos secretos de HLA componen a una parte significativa de los immunopeptidomes de tumores,” explicamos al profesor el Dr. Florian Erhard, líder del grupo en el instituto de JMU de la virología.

Puntos efectivos del ataque para el sistema inmune

Era sabido ya de estudios individuales que los péptidos secretos pueden accionar reacciones autoinmunes por ejemplo en tipo 1 de la diabetes e inmunorespuestas contra las células del tumor. Los nuevos análisis proporcionan pruebas que ciertos péptidos secretos de HLA están encontrados exclusivamente en las células del tumor. Tales péptidos secretos tumor-específicos de HLA pudieron demostrar así ser estructuras de objetivo de mérito para las inmunoterapias del cáncer. Los científicos en la universidad de Würzburg y el hospital de la universidad de Würzburg están examinando ya una selección de los péptidos determinados para determinar si son convenientes como objetivos para la inmunoterapia del cáncer.

las células Virus-infectadas también presentan los péptidos secretos de HLA que se podrían utilizar como estructura de objetivo para las vacunas. Con su nuevo método, los investigadores tienen así una herramienta efectiva a disposición para aprender más sobre la función y la formación generales de péptidos secretos. “Esperamos que nuestra aproximación de la bioinformática provea de nosotros una mejor comprensión de reacciones autoinmunes así como de reacciones inmunes contra las células del tumor y las células virus-infectadas,” decimos a Schlosser.

Source:
Journal reference:

Erhard, F., et al. (2020) Identification of the cryptic HLA-I immunopeptidome. Cancer Immunology Research. doi.org/10.1158/2326-6066.CIR-19-0886.