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Nuovo strumento per aumentare accessibilità per la prova COVID-19

Un gruppo di ricerca dall'università di California Santa Barbara recentemente ha dimostrato un metodo redditizio, semplice e molto meno tossico per isolare il host e gli acidi nucleici e le proteine dell'agente patogeno per migliorare la rilevazione di DNA e dei virus a RNA - compreso il coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo. I loro risultati sono attualmente disponibili sul " server " della pubblicazione preliminare del bioRxiv*.

La crisi di salubrità stampante della pandemia in corso di malattia di coronavirus (COVID-19), causata da SARS-CoV-2, ha provocato non solo nella morbosità e nella mortalità globali significative ma anche le conseguenze economiche e sociali severe.

L'arma primaria nella nostra lotta contro questa pandemia è un approccio diffuso e raggiungibile di prova per riflettere il carico SARS-CoV-2 e la diffusione, che è necessaria successivamente informare le misure adeguate di diminuzione e di contenimento.

Tuttavia, la prova globalmente sottoposta a operazioni di disgaggio è ancora una salute pubblica bruciante e insoddisfatta ha bisogno di; inoltre, molti tentativi di soddisfare questa domanda piombo alle scarsità delle offerte e dei reagenti che sono necessari per trattamento del campione, l'estrazione del RNA e, a loro volta, rapido ottenere i risultati dei test.

Cioè i kit dell'estrazione si sono trasformati in in una risorsa di limitazione per la prova SARS-CoV-2, che hanno richiesto l'aumento delle tecniche e dei protocolli alternativi di isolamento del RNA SARS-CoV-2 che aggirano interamente il punto dell'estrazione del RNA.

Per più ulteriormente parlare a questa emissione, ai ricercatori dall'università di California Santa Barbara sviluppato di recente un metodo piuttosto semplice per isolare gli acidi nucleici e le proteine dalle celle e dai virus conosciuti come la PERLA (cioè, un acronimo per recupero dell'analito migliorato precipitazione).

Come impianti della PERLA e come è stato valutato?

In breve, la PERLA utilizza ad una soluzione basata a detersivo non ionica di lisi per le membrane cellulari d'interruzione e le buste virali, fornenti allo stesso tempo condiziona favorevole per precipitazione a base di alcool e recupero di DNA, di RNA e di proteine.

Di conseguenza, la PERLA può essere osservata come approccio a basso costo e senza colonna per isolare gli acidi nucleici e le proteine usando soltanto i reagenti di laboratorio comuni. Ma i metodi semplificati devono fornire universalmente la simile affidabilità per essere accettati.

Per valutare il loro metodo proposto, i ricercatori hanno estratto il RNA dai campioni de-identificati positivi per SARS-CoV-2 usando entrambi recentemente sviluppano l'approccio della PERLA e un kit generalmente usato e dedicato dell'estrazione del RNA.

Il loro punto seguente era di utilizzare il RNA isolato per studiare i livelli del gene della nucleoproteina SARS-CoV-2 come pure il materiale genetico della ribonucleasi P ospite nei campioni. La prova trascrizione-quantitativa inversa una tappa di riferimento di reazione a catena della polimerasi per COVID-19 (raccomandato dal CDC degli Stati Uniti) poi si è applicata.

Dopo le prove dei campioni differenti ai rapporti della Perla-lisi-soluzione, i ricercatori hanno osservato che la PERLA ha richiesto un aumento piuttosto modesto nell'input iniziale del campione (1.25-fold) di raggiungere la sensibilità analoga del kit commerciale dell'estrazione del RNA utilizzato in questo studio.

Generalità della PERLA. B) Analisi comparativa RT-qPCR dei livelli di nucleocapsid SARS-CoV-2 e sequenze del RNA di RNaseP in quattro campioni positivi de-identificati SARS-CoV-2 dopo l
Generalità della PERLA. B) Analisi comparativa RT-qPCR dei livelli di nucleocapsid SARS-CoV-2 (N1) e sequenze del RNA di RNaseP in quattro campioni positivi de-identificati SARS-CoV-2 dopo l'estrazione del RNA facendo uso della PERLA o di un kit dedicato dell'estrazione del RNA (QIAamp mini eluisce il kit della rotazione del virus). I campioni corrispondenti colore-sono codificati. Le righe nere indicano la mediana. P = 0,72 (N1), P = 0,56 (RNaseP), t-prova.

Una tecnica evolutiva, rapida ed affidabile

“I nostri risultati indicano che la PERLA facilita la rilevazione delle trascrizioni SARS-CoV-2 nei campioni positivi del tampone COVID-19 con la sensibilità comparabile a quella accordata dai kit disponibili nel commercio dell'estrazione del RNA„, dicono gli autori di studio in loro documento del bioRxiv.

Questo risultato particolare sottolinea la plausibilità di usando la PERLA come alternativa fattibile per facilitare ed avanzare la rilevazione sensibile di SARS-CoV-2 in campioni respiratori dei pazienti con COVID-19.

Un vantaggio supplementare della PERLA rispetto ai metodi disponibili nel commercio basati a colonna dell'estrazione del RNA è la possibilità di recupero delle proteine accanto agli acidi nucleici. Naturalmente, questo estende l'applicabilità potenziale di questo strumento potente per la rilevazione dei molti virus diversi.

Di conseguenza, nè la strumentazione specializzata nè il personale altamente formato è autorizzata, mentre i requisiti di manipolazione minimi rendono la PERLA molto evolutiva - che è effettivamente desiderabile per le operazioni di prova in grande quantità terribile necessarie in questa pandemia.

Blocchi stradali potenziali sull'itinerario all'entrata in vigore della corrente principale

Sebbene la ricerca per appoggiare questi reclami sia solido, determinati avvertimenti devono essere considerati. Per esempio, c'è una possibilità che il media della raccolta usato per stoccaggio del campione prima di trattamento può sostanzialmente urtare la prestazione della PERLA.

Ancora, la tendenziosità dell'estrazione introdotta dalla PERLA non può escludersi, poichè bruscamente RNAs - compreso trasporto, piccolo RNAs nucleolar e e micro - sia molto più ingombrante precipitare rispetto alle molecole più lunghe del RNA e del DNA.

Quindi, i miglioramenti supplementari possono essere necessari completamente da applicare la PERLA come strumento di isolamento dell'acido nucleico e della proteina della corrente principale per individuare altri virus da altre sorgenti (poiché il tipo del campione può influenzare significativamente la prestazione globale).

Ma catturando tutto in considerazione, è evidente che la PERLA può offrire un'alternativa accessibile per il miglioramento diagnostico nelle posizioni geografiche che mancano della capacità professionale del laboratorio e perfino accedono a ai reagenti specializzati.

Ciò significa che la sbarra “della prova di lusso„ può definitivo essere abbassata in molte parti differenti del mondo. E niente è necessario più nei tempi in cui la pandemia COVID-19 ancora sembra come una battaglia in salita.

Avviso *Important

il bioRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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