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Les co-infections virales et bactériennes sont dominantes dans les patients COVID-19 sévères

Un grand groupe de chercheurs de Chine a récent caractérisé des Co-infections microbiennes dans les voies respiratoires de patients hospitalisés de la maladie de coronavirus (COVID-19) et a expliqué une forte prévalence des Co-infections virales et bactériennes - en particulier dans les personnes se présentant avec la maladie sévère. Leurs découvertes sont actuellement disponibles sur le serveur de prétirage de medRxiv* et peuvent servir à améliorer des régimes de traitement empirique.

La pandémie COVID-19 actuelle, provoquée par le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère, constitue un danger sévère à la santé publique et à l'économie globale. Début juillet 2020, il y avait plus de 11 millions de cas confirmés et les plus de 500 mille morts mondiaux.

Micrographe électronique nouveau de lecture du coronavirus SARS-CoV-2 Colorized d
Micrographe électronique nouveau de lecture du coronavirus SARS-CoV-2 Colorized d'une cellule fortement infectée avec des particules du virus SARS-CoV-2 (jaune), d'isolement dans un échantillon patient. Image saisie à l'installation intégrée par NIAID de recherches (IRF) dans le fort Detrick, le Maryland. Crédit : NIAID

COVID-19 affecte principalement les voies respiratoires et entraîne la pneumonie virale qui peut progresser au syndrome de détresse respiratoire aigu. Cependant, l'infection est fréquemment accompagnée des symptômes gastro-intestinaux tels que la douleur abdominale, la diarrhée, ou le vomissement. Récent, il était que SARS-CoV-2 infecte véritablement le tractus gastro-intestinal humain.

Mais la question demeure si SARS-CoV-2 est seulement responsable de toutes les étapes de gravité et les manifestations de COVID-19 ou des Co-infections microbiennes peuvent exercer un certain effet sur le résultat clinique des personnes de SARS-CoV-2-infected.

En conséquence, en appliquant simultanément des cultures, analyses colorimétriques, et ordonnancement metatranscriptomic, un grand groupe de chercheurs chinois a évalué des Co-infections microbiennes dans une cohorte de 23 patients COVID-19 hospitalisés de Guangdong (une province dans la région la plus la plus au sud de la Chine).

Profils d
Profils d'ARN viral dans les spécimens cliniques des patients hospitalisés avec COVID-19

Des méthodes basées sur culture classiques à la technologie de pointe

En 2020, entre le 27 janvier et le 26 février (peu de temps après la manifestation commencée), des spécimens cliniques séquentiels - principalement gorge et écouvillons nasaux, expectoration et écouvillons anaux - ont été rassemblés de 8 doux et de 15 sévèrement mauvais, les patients COVID-19 hospitalisés. Tous la ventilation artificielle rendue nécessaire et ont été admis à l'unité de soins intensifs.

Après avoir extrait l'acide ribonucléique total (ARN), l'ordonnancement metatranscriptomic ultra-profond a été exécuté en combination avec différentes analyses de diagnose de laboratoire. L'abondance de diverses communautés microbiennes et de régimes de Co-infection ont été déterminées dans la cohorte mentionnée ci-dessus des patients COVID-19.

Avant de recenser des spécificités de virome et de microbiota, le logiciel spécialisé a été utilisé pour filtrer l'ARN ribosomique microbien des caractéristiques metatranscriptomic non-humaines. En outre, pour comparer les niveaux d'expression entre différents gènes, la standardisation des niveaux d'expression de gène cible a été exécutée parmi tous les gènes trouvés de virulence.

Interactions entre l'hôte, le SARS-CoV-2 et le microbiota

En un mot, cette étude a trouvé des Co-infections microbiennes respiratoires dans des 84,6% battants à plat de couture de patients sévèrement mauvais, où des Co-infections bactériennes et virales ont été trouvées par l'approche de ordonnancement mentionnée ci-dessus dans 69,2% et 30,8% des patients, respectivement.

Supplémentaire, dans 23,1% des patients, des Co-infections bactériennes avec le composé de cepacia de Burkholderia et l'épidermite de staphylocoque ont été confirmées à l'aide de la culture bactérienne classique. Un patient sévèrement mauvais a également expliqué une infection secondaire et dépendant du temps avec le cenocepacia de B. hébergeant une panoplie de gènes de virulence, qui peuvent être liés à la détérioration et à la mort de la maladie un mois après l'admission au hôpital.

Le bacteri de l
Le bacteri de l'épidermite de staphylocoque. Crédit d'image : royaltystockphoto.com/Shutterstock

Le « dépistage et le rail des infections nosocomial complexe-associées de cepacia de Burkholderia sont recommandés pour améliorer le régime thérapeutique de préemption et réduire des issues fatales des patients hospitalisés infectés avec SARS-CoV-2 », autres mettent l'accent sur des auteurs d'étude.

D'ailleurs, les chercheurs ont observé les niveaux d'expression extrêmement élevés des substances bactériennes d'orale de mycoplasme dans deux patients sévèrement mauvais présentant le séjour prolongé dans l'unité de soins intensifs (c.-à-d., plus de 30 jours). Ces résultats indiquent la possibilité de Co-infection Mycoplasme-associée dans les patients COVID-19 présentant la maladie sévère, qui justifie notre attention accrue.

« La protéobactérie de domination que les transcriptions dans l'intestin des cas COVID-19 doux de naïve de traitement antibiotique en cela étudient, ainsi que les changements microbiens d'intestin marqué pendant les infections virales respiratoires des prediabetes rapportés dans une étude multi-omics longitudinale récente, les deux supporte des interactions entre l'hôte, virus respiratoires et le microbiota commensal », ajoutent des auteurs d'étude, corroborant la tige entre COVID-19 et symptômes gastro-intestinaux.

Configurations des décisions de avis de demande de règlement de Co-infection

Cette étude ambitieuse et intrigante est parvenue à recenser les configurations distinctes et plutôt intéressantes des Co-infections. Plus particulièrement, non seulement SARS-CoV-2 a été fréquemment trouvé dans la corrélation avec une myriade de microbes pathogènes respiratoires dans les patients COVID-19 hospitalisés, mais ils pourraient également être liés à la gravité de la maladie.

D'ailleurs, les découvertes expliquent la valeur d'employer le metatranscriptomics pour le Co-dépistage impartial des virus respiratoires, ainsi que fourniture opportune et informations utiles pour surveiller et manager des Co-infections bactériennes dans les patients sévèrement malades COVID-19.

Cependant, sans avoir des spécimens de traitement préparatoire, il est provocant pour établir dans quelle mesure les différences trouvées dans les configurations microbiennes respiratoires (liées à infections SARS-CoV-2) réfléchissent réellement la maladie ou le traitement antibiotique - ou les deux.

« Toujours, nos résultats proposent que les communautés bactériennes distinctes trouvées dans le respiratoire et le tractus gastro-intestinal des patients sévèrement mauvais pourraient rapporter à la perturbation significative du microbiota humain normal provoqué par la demande de règlement avec des antibiotiques, permettant la colonisation par les bactéries résistant aux antibiotiques pathogènes, » ont dit des auteurs d'étude en leur papier de medRxiv.

En tous cas, l'attention de la communauté scientifique globale et du public devrait être orientée sur de futurs dangers potentiels d'un réservoir en pleine expansion des micros-organismes antimicrobien-résistants et des gènes associés qui suivront assurément la pandémie COVID-19.

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

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Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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