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I ricercatori usano il database del genoma umano per studiare le cellule tumorali

Professore di Florida State University di scienza biologica David Gilbert sta usando le ultime informazioni sul genoma umano come guida per capire meglio il cancro.

Gilbert ed i suoi colleghi di FSU fa parte di un gruppo che ha confrontato i tipi differenti della cellula tumorale ad un database delle cellule umane normali facendo uso di nuovo metodo che ha messo a punto che può identificare il tipo delle cellule da cui i cancri derivano. Confrontando le varie cellule tumorali alla raccolta delle celle normali, potevano dire quali cancri hanno abbinato il più molto attentamente i tipi differenti delle cellule.

“Le cellule tumorali vengono da una cella nel vostro organismo, ma sono cambiato,„ Gilbert ha detto. “Conoscere che tipo delle cellule sono venuto è particolarmente importante quando valuta se un nuovo tumore in un paziente ricaduto è derivato dal tumore originale o è il nuovo cancro complessivamente.„

La loro opera, pubblicata nelle comunicazioni della natura, è un pezzo di tambuccio ad un'ampia serie di pubblicazioni derivando da uno sforzo internazionale per capire come il genoma umano funziona, costituita un fondo per dagli istituti della sanità nazionali, chiamati l'enciclopedia degli elementi del DNA (CODIFICHI). Poiché soltanto 1 per cento dei codici umani del DNA per tutte le proteine conosciute, capenti la funzione del resto del nostro genoma è stato una sfida enorme.

Gilbert ed i suoi colleghi egualmente sono contributori al più grande CODIFICANO la pubblicazione, pubblicata in natura, riassumente gli sforzi di ultimo ciclo del finanziamento ENCODE. Il punto culminante di questo studio è la mappatura di quasi un milione di elementi nel genoma umano, riguardante 8 per cento del genoma, che regolamentano i geni. Cioè determinano quanto ed in che tessuto dell'organismo un gene sarà espresso.

La complessità in un organismo non è nel numero dei geni che di proteina-codifica ha. È dentro nella combinazione di quei geni. Abbiamo quasi lo stesso numero dei geni dei vermi e delle mosche, ma li esprimiamo nelle combinazioni più complesse.„

David Gilbert, il professor, dipartimento di scienza biologica, Florida State University

Il suo laboratorio aggiunge la replica -; il trattamento di DNA che fa una copia di se stesso -; alla maschera.

“La gente non pensa spesso alla replica come qualcosa che sia stato regolamentato diversamente nei tipi differenti delle cellule perché il DNA è lo stesso in tutte le celle,„ lui abbia detto.

“Tuttavia, non è appena DNA che ripieghi. Piuttosto, tutte le componenti dei cromosomi che regolamentano il DNA completamente sono smantellate e riunite quando repliche del DNA. Abbiamo indicato che l'ordine in cui i segmenti della replica del DNA è unici ad ogni tipo delle cellule ed anche differente in celle malate. Può anche essere unico al cancro specifico di un paziente.„

Source:
Journal reference:

Zhang, J., et al. (2020) An integrative ENCODE resource for cancer genomics. Nature Communications. doi.org/10.1038/s41467-020-14743-w.