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De l'écouvillon à l'ordonnancement - méthode évolutive pour recenser SARS-CoV-2

Un organisme de recherche dirigé par des scientifiques d'Université de Stanford a développé une méthode évolutive et élevée de débit pour produire du génome entier de haute fidélité et du HLA ordonnançant, les génomes viraux, et la représentation du transcriptome humain des écouvillons nasopharyngaux uniques des patients de la maladie de coronavirus (COVID19). Leurs résultats sont publiés sur le serveur de prétirage de medRxiv*.

La pandémie COVID-19 actuelle et hautement disruptive, provoquée par le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère, a estropié des systèmes de santé autour du monde et a eu comme conséquence la morbidité et la mortalité énormes.

Comme avec d'autres manifestations de virus dans le passé, l'ordonnancement viral a été essentiel, bien que limité par des coûts élevés et débit inférieur. D'ailleurs, le ramassage de caractéristiques génomiques d'hôte associé (qui peuvent faciliter le rail familial de relation et l'évaluation de risque génétique) a été entravé par la condition pour l'échantillonnage multiple.

Par conséquent, il y a une nécessité pressante des protocoles qui peuvent ouvrir la trappe pour produire ces caractéristiques en temps réel et à l'écaille. Ceci contribuera non seulement de manière significative à l'infection suivant, mais avise également le développement ultérieur de la thérapeutique.

Dans cette étude d'inauguration, les chercheurs de l'Université de Stanford, le Chan Zuckerburg Biohub, l'université de Lausanne, et l'Illumina Inc. ont décrit une méthode pour réaliser viral simultané et l'hôte ordonnançant des résiduels nasopharyngaux diagnostiques uniques de l'écouvillon SARS-CoV-2.

Génomes et transcriptomes viraux et d
Génomes et transcriptomes viraux et d'hôte d'un écouvillon nasopharyngal unique. Cette méthode tient compte de l'isolement indépendant d'ARN et d'ADN dans l'écouvillon nasopharyngal VTM, activant le génome viral ordonnançant, le dépistage du transcriptome d'hôte, le séquençage du génome passe-bas d'hôte et le HLA ordonnançant dans le débit élevé.

Analysant des centaines d'échantillons simultanément

Les chercheurs avaient l'habitude le séquençage du génome entier passe-bas d'hôte comme une alternative au génotypage choix choix afin de fournir des informations riches pour le mappage de trait à l'écaille, qui peut régulièrement fournir l'ADN de la qualité adéquate pour le génome d'hôte et l'ordonnancement de HLA.

En outre, ils ont présenté l'ARN d'un haut-débit ordonnançant le flux de travail pour ordonnancer de pleins génomes viraux, et le transcriptome humain s'affiche des centaines d'échantillons en même temps.

En conclusion, les chercheurs décrits comment exact cette méthode pourrait être employée pour produire une fondation multi-omic robuste pour l'intégration de caractéristiques et partageants en travers des institutions globales - d'autant plus que les gisements de données globaux ont été pivotalement pour la recherche de avancement avant et pendant la pandémie de courant.

Caractéristiques copieuses d'un écouvillon nasopharyngal unique

« Ici nous expliquons qu'un écouvillon nasopharyngal unique peut indiquer l'hôte considérable et l'information génomique virale d'une façon de haut-débit qui facilitera le rail et la recherche de pandémie de santé publique dans les mécanismes étant à la base des interactions de virus-hôte », auteurs d'étude récapitulent leurs découvertes principales.

Quoique des écouvillons nasopharyngaux ont été utilisés dans le passé pour exécuter l'ordonnancement d'entier-génome des virus respiratoires dans le débit inférieur, cette méthode accélère de manière significative le procédé en termes de période et numéro des sujets ordonnancés.

Plus particulièrement, un régime comparable de couverture génomique virale a été décrit, avec la capacité d'étudier au moins dix fois le nombre d'échantillons dans un ordonnancement unique fait fonctionner.

« Utilisant les séquences consensus dérivées des chercheurs rapportés de cohorte initiale ici, ainsi que les échantillons se sont rassemblés plus tard en mars 2020, nous ont produit un arbre phylogénétique, qui permet à santé publique critique le rail phylodynamic », ajoutez.

Ce qui fascine également est que le même écouvillon nasopharyngal peut être utilisé pour recueillir une abondance de caractéristiques génomiques humaines, et il fournit souvent l'ADN suffisant pour poursuivre profondément l'ordonnancement du type de HLA, qui est une composante essentielle de la réaction immunitaire d'hôte.

Une fondation multi-omic intense pour l
Une fondation multi-omic intense pour l'intégration de caractéristiques et partage en travers des institutions globales. Utilisant ces méthodes en combination avec l'abstraction électronique de dossier santé, et médicament digital, les méthodes décrites ici établit la fondation pour un gisement de données permettant l'accès rapide aux caractéristiques critiques sur CoVID19 ou n'importe quelle autre pandémie par l'intermédiaire du partage d'open-source.

L'augmentation de gisements de données multi-omic

« Bien que notre collection initiale d'écouvillon n'a indiqué aucune Co-infection virale, particulièrement comme la pandémie actuelle écrit la saison régulière de grippe et de rhume, notre méthode tient compte de l'accélération de l'analyse de metagenomics, » des auteurs d'étude mettent l'accent sur l'importance de leurs découvertes.

Discutablement l'application la plus significative du flux de travail proposé est qu'elle permet le développement rapide de la large échelle, multicentrique, et même l'hôte global et les gisements de données multi-omic viraux.

Avec cette méthode, le nombre de génomes viraux comparables aux présentations des caractéristiques SARS-CoV-2 depuis le début de la pandémie a pu être produit par moins que cents centres de ordonnancement dans des semaines, avec le génome d'hôte, le transcriptome et taper appariés de HLA.

Et c'est fondamentalement un échafaudage indispensable pour intégrer de telles entrées complexes aux gisements de données centralisés, activant, consécutivement, l'unique rapidité de la découverte et la mise en place requise pour surmonter une pandémie COVID-19 dévastatrice.

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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