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Dal tampone all'ordinamento - metodo evolutivo per l'identificazione del SARS-CoV-2

Un gruppo di ricerca intestato dagli scienziati di Stanford University ha sviluppato un metodo evolutivo e alto di capacità di lavorazione per generare l'intero genoma di alta fedeltà e HLA che ordinano, i genoma virali e una rappresentazione di transcriptome umano dai singoli tamponi rinofaringei dei pazienti di malattia di coronavirus (COVID19). I loro risultati sono pubblicati sul " server " della pubblicazione preliminare del medRxiv*.

La pandemia in corso ed altamente perturbatrice COVID-19, causata dal coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo, ha paralizzato i sistemi sanitari intorno al mondo ed ha provocato la morbosità e la mortalità tremende.

Come con altri scoppi del virus nel passato, l'ordinamento virale è stato cruciale, sebbene limitato dagli alti costi e dalla capacità di lavorazione bassa. Inoltre, la raccolta dei dati genomica ospite associato (che possono aiutare tenere la carreggiata familiare di relazione e nella valutazione di rischio genetica) è stata ostacolata dal requisito della campionatura multipla.

Di conseguenza, c'è una necessità urgente dei protocolli che possono aprire la porta per la redazione dei questi dati in tempo reale ed al disgaggio. Ciò non solo contribuirà significativamente all'infezione che tiene la carreggiata, ma egualmente informa ulteriore sviluppo di terapeutica.

In questo studio approfondito, i ricercatori dalla Stanford University, Chan Zuckerburg Biohub, università di Losanna e di Illumina Inc. hanno descritto un metodo per il raggiungimento virale simultaneo e del host che ordinano dai singoli residui rinofaringei diagnostici del tampone SARS-CoV-2.

Genoma e transcriptomes ospite e virali da un singolo tampone rinofaringeo. Questo metodo tiene conto isolamento indipendente del DNA e del RNA dal tampone rinofaringeo VTM, permettendo al sequenziamento del genoma virale, alla rilevazione del transcriptome ospite, al sequenziamento del genoma passa-basso ospite e a HLA che ordinano nell
Genoma e transcriptomes ospite e virali da un singolo tampone rinofaringeo. Questo metodo tiene conto isolamento indipendente del DNA e del RNA dal tampone rinofaringeo VTM, permettendo al sequenziamento del genoma virale, alla rilevazione del transcriptome ospite, al sequenziamento del genoma passa-basso ospite e a HLA che ordinano nell'alta capacità di lavorazione.

Analizzando le centinaia di campioni simultaneamente

I ricercatori hanno usato l'intero sequenziamento del genoma passa-basso ospite come un'alternativa a genotyping schiera schiera per fornire informazioni ricche per il tratto che mappano al disgaggio, che può rendere regolarmente il DNA di qualità adeguata per il genoma ospite e l'ordinamento di HLA.

Ancora, hanno presentato un RNA di alto-capacità di lavorazione che ordina il flusso di lavoro per l'ordinamento dei genoma virali completi e il transcriptome umano legge dalle centinaia di campioni allo stesso tempo.

Per concludere, i ricercatori descritti quanto questo metodo potrebbe essere usato esattamente per creare le fondamenta multi--omic robuste per integrazione di dati e che dividono attraverso le istituzioni globali - particolarmente poiché gli archivi dati globali sono stati chiave per la ricerca d'avanzamento prima e durante la pandemia corrente.

Dati copiosi da un singolo tampone rinofaringeo

“Qui dimostriamo che un singolo tampone rinofaringeo può rivelare il host sostanziale e le informazioni genomiche virali in un modo di alto-capacità di lavorazione che faciliterà tenere la carreggiata e la ricerca di pandemia di salute pubblica sui meccanismi che sono alla base delle interazioni del virus-host„, autori di studio riassumono i loro risultati principali.

Anche se i tamponi rinofaringei sono stati utilizzati nell'esperienza per realizzare l'ordinamento del intero-genoma dei virus respiratori nella capacità di lavorazione bassa, questo metodo accelera significativamente il trattamento sia in termini di periodo che numero degli oggetti ordinati.

Specificamente, una tariffa comparabile di copertura genomica virale è stata descritta, con la capacità di studio almeno delle dieci volte il numero dei campioni in una sola sequenza funzionata.

“Facendo uso delle sequenze di consenso derivate dal gruppo iniziale riferito qui come pure i campioni si sono raccolti più successivamente nel marzo 2020, noi hanno creato un albero filogenetico, che concede a salute pubblica critica tenere la carreggiata phylodynamic„, i ricercatori aggiunga.

Che cosa egualmente sta affascinando è che lo stesso tampone rinofaringeo può essere utilizzato per riunire un'abbondanza di dati umani di genomica e rende spesso il DNA sufficiente per perseguire in profondità l'ordinamento del tipo di HLA, che è una componente cruciale della risposta immunitaria ospite.

Lle forti fondamenta multi--omic per integrazione di dati e dividere attraverso le istituzioni globali. Facendo uso di questi metodi congiuntamente all
Lle fondamenta multi--omic forti per integrazione di dati e dividere attraverso le istituzioni globali. Facendo uso di questi metodi congiuntamente all'astrazione elettronica della cartella medica e di medicina digitale, i metodi descritti qui sviluppa le fondamenta per un archivio dati permettendo l'accesso rapido ai dati critici su CoVID19 o qualunque altra pandemia via la divisione di open source.

L'aumento degli archivi dati multi--omic

“Sebbene la nostra raccolta iniziale del tampone non riveli alcune co-infezioni virali, particolarmente come la pandemia corrente entra nell'influenza regolare e nella stagione fredda, il nostro metodo tiene conto accelerazione dell'analisi di metagenomics,„ autori di studio sottolinea l'importanza dei loro risultati.

L'applicazione più significativa del flusso di lavoro proposto è discutibilmente che permetta lo sviluppo rapido della larga scala, multicentric e perfino il host globale e gli archivi dati multi--omic virali.

Con questo metodo, il numero dei genoma virali comparabili alle osservazioni dei dati SARS-CoV-2 dall'inizio della pandemia ha potuto essere prodotto da di meno che cento centri d'ordinamento nelle settimane, con il genoma ospite, il transcriptome e digitare abbinati di HLA.

E questa è basicamente un'impalcatura indispensabile per l'integrazione dei tali input complessi agli archivi dati centralizzati, permettendo, a sua volta, alla rapidità ineguagliabile della scoperta ed all'entrata in vigore stata necessaria per sormontare una pandemia devastante COVID-19.

Avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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