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Del lampazo a la secuencia - método escalable para determinar SARS-CoV-2

Un grupo de investigación dirigido por los científicos de la Universidad de Stanford ha desarrollado un método escalable, alto de la producción para generar el genoma entero de alta fidelidad y HLA que ordenaban, genomas virales, y una representación del transcriptome humano de los únicos lampazos nasofaríngeos de los pacientes de la enfermedad del coronavirus (COVID19). Sus resultados se publican en el servidor de la prueba preliminar del medRxiv*.

El pandémico en curso y altamente disruptivo COVID-19, causado por el coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática, ha mutilado los sistemas sanitarios en todo el mundo y ha dado lugar a enormes morbosidad y mortalidad.

Como con otros brotes del virus en el pasado, la secuencia viral ha sido crucial, aunque sea limitada por altos costos y la producción inferior. Por otra parte, la colección de datos genomic del ordenador principal asociado (que pueden ayudar en la búsqueda familiar del lazo y la valoración de riesgo genética) ha sido obstaculizada por el requisito para el muestreo múltiple.

Por lo tanto, hay una necesidad acuciante de los protocolos que pueden abrir la puerta para presentar estos datos en tiempo real y en la escala. Esto no sólo contribuirá importante a la infección que rastrea, pero también informa al revelado adicional la terapéutica.

En este estudio innovador, los investigadores de la Universidad de Stanford, Chan Zuckerburg Biohub, la universidad de Lausanne, y Illumina Inc. describieron un método para lograr viral simultáneo y el ordenador principal que ordenaban de únicas residuales nasofaríngeas diagnósticas del lampazo SARS-CoV-2.

Genomas y transcriptomes virales y del ordenador principal de un único lampazo nasofaríngeo. Este método permite el aislamiento independiente del ARN y de la DNA del lampazo nasofaríngeo VTM, habilitando el genoma viral que ordena, la detección del transcriptome del ordenador principal, la secuencia de paso bajo del genoma del ordenador principal y HLA que ordenan en la alta producción.
Genomas y transcriptomes virales y del ordenador principal de un único lampazo nasofaríngeo. Este método permite el aislamiento independiente del ARN y de la DNA del lampazo nasofaríngeo VTM, habilitando el genoma viral que ordena, la detección del transcriptome del ordenador principal, la secuencia de paso bajo del genoma del ordenador principal y HLA que ordenan en la alta producción.

Analizando centenares de muestras simultáneamente

Los investigadores utilizaron el genoma entero de paso bajo del ordenador principal que ordenaba pues una opción a genotyping matriz-basado para ofrecer la información rica para el rasgo que correlacionaban en la escala, que puede rendir regularmente la DNA de la calidad adecuada para el genoma del ordenador principal y la secuencia de HLA.

Además, han presentado un ARN de la alto-producción que ordenaba el flujo de trabajo para ordenar los genomas virales completos, y el transcriptome humano lee en centenares de muestras al mismo tiempo.

Finalmente, los investigadores descritos cómo este método se podría utilizar exactamente para crear un asiento multi-omic robusto para la integración de datos y que comparten a través de las instituciones globales - especialmente puesto que los depósitos de datos globales han sido giratorios para la investigación de avance antes y durante el pandémico actual.

Datos copiosos de un único lampazo nasofaríngeo

“Aquí demostramos que un único lampazo nasofaríngeo puede revelar el ordenador principal sustancial y la información genomic viral de una manera de la alto-producción que facilite la búsqueda y la investigación del pandémico de la salud pública en los mecanismos que son la base de acciones recíprocas del virus-ordenador principal”, autores del estudio resume sus conclusión principales.

No obstante los lampazos nasofaríngeos se han utilizado en el pasado para realizar la secuencia del entero-genoma de virus respiratorios en la producción inferior, este método acelera importante el proceso en términos de época y número de temas ordenados.

Más concretamente, un índice comparable de abrigo genomic viral fue descrito, con la capacidad de estudiar por lo menos diez veces el número de muestras en una única secuencia ejecutada.

“Usando las series de consenso derivadas de la cohorte inicial denunciada aquí, así como las muestras cerco más adelante en marzo de 2020, nosotros crearon un árbol filogenético, que no prohibe a salud pública crítica la búsqueda phylodynamic”, investigadores agregue.

Qué también está fascinando es que el mismo lampazo nasofaríngeo se puede utilizar para recopilar una abundancia de datos humanos de la genómica, y rinde a menudo la suficiente DNA para perseguir profundamente la secuencia del tipo de HLA, que es un componente crucial de la inmunorespuesta del ordenador principal.

Un asiento multi-omic fuerte para la integración de datos y distribución a través de las instituciones globales. Usando estos métodos conjuntamente con la abstracción electrónica del historial médico, y el remedio digital, los métodos descritos aquí construyen el asiento para un depósito de datos permitiendo el acceso rápido a los datos críticos sobre CoVID19 o cualquier otro pandémico vía la distribución de fuente abierta.
Un asiento multi-omic fuerte para la integración de datos y distribución a través de las instituciones globales. Usando estos métodos conjuntamente con la abstracción electrónica del historial médico, y el remedio digital, los métodos descritos aquí construyen el asiento para un depósito de datos permitiendo el acceso rápido a los datos críticos sobre CoVID19 o cualquier otro pandémico vía la distribución de fuente abierta.

La subida de depósitos de datos multi-omic

“Aunque nuestra colección inicial del lampazo no reveló ninguna co-infecciones viral, especialmente como el pandémico actual incorpora la gripe regular y la estación fría, nuestro método tiene en cuenta la aceleración del análisis del metagenomics,” los autores del estudio acentúa la importancia de sus conclusión.

El uso más importante del flujo de trabajo propuesto es discutible que permita el revelado rápido del gran escala, multicentric, e incluso el ordenador principal global y los depósitos de datos multi-omic virales.

Con este método, el número de genomas virales comparables a las presentaciones de los datos SARS-CoV-2 desde el comienzo del pandémico se podía producir por menos que cientos centros de secuencia dentro de semanas, junto con el genoma del ordenador principal, el transcriptome y pulsar igualados de HLA.

Y esto es básicamente un andamio imprescindible para integrar tales entradas complejas a los depósitos de datos centralizados, habilitando, a su vez, la rapidez incomparable del descubrimiento y la puesta en vigor necesaria para vencer un pandémico devastador COVID-19.

Advertencia *Important

el medRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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