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Mutation nouvelle recensée en protéine de la pointe SARS-CoV-2 de Suède

Les chercheurs de Suède et du Brésil ont recensé une mutation nouvelle dans une tension du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère obtenu à partir d'un patient à Stockholm, Suède, fin avril.

Tatiany Soratto et collègues le Karolinska Institutet, de Suède, et l'université fédérale de Santa Catarina, au Brésil, indiquent qu'il est possible la mutation inconnue pourrait affecter la capacité du virus de gripper aux cellules hôte.

La mutation est située sur la surface de la sous-unité S1 de la protéine de la pointe SARS-CoV-2, la structure extérieure principale que le virus emploie pour gagner l'entrée aux cellules hôte. La sous-unité S1 contient le domaine obligatoire pour l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) de récepteur de membrane de cellule hôte.

L'étude a également constaté que de quatre génomes proche-complets assemblés à partir des patients infectés, trois appartenus à un des groupes génétiques que l'agence de santé publique de la Suède a eu précédemment rapporté comme après s'être baissé dans la prévalence avant fin avril.

L'équipe avertit que l'enquête postérieure est nécessaire pour s'assurer que l'écart des différentes tensions SARS-CoV-2 est correctement caractérisé.

Une version de prétirage du papier est procurable sur le bioRxiv* de serveur, alors que l'article subit l'inspection professionnelle.

SARS-CoV-2 pointe (s) modélisée avec SWISS-MODEL (château d
SARS-CoV-2 pointe (s) modélisée avec SWISS-MODEL (château d'eau et autres, 2018) utilisant la structure 6ZGH comme matrice, entraînée et colorée dans la chimère d'UCSF (Pettersen et autres, 2004). Le domaine de N-terminal (NTD) est vert coloré et le domaine Récepteur-grippant/domaine de Cterminal (RBD/CTD) est rouge. La vignette agrandie montre l'emplacement de la mutation de R634H (bleue).

Surveillant et analysant SARS-CoV-2

Depuis la maladie 2019 de coronavirus la manifestation (COVID-19) a commencé la première fois à Wuhan, Chine, tard l'année dernière, il a écarté aux régimes sans précédent et a affecté presque chaque pays dans le monde.

L'écart viral rapide et les conséquences de santé et socio-économiques dévastatrices mondial ont mené aux efforts urgents pour caractériser le virus, pour suivre son écart et pour étudier ses caractéristiques biologiques pour aider à recenser des stratégies potentielles de demande de règlement et à surveiller l'efficacité des mesures d'atténuation.

Vérifier les génomes SARS-CoV-2

En Suède, avant fin avril, le virus était rapporté infecter approximativement 600 personnes par jour et détruire environ 90 par jour.

Le 26 avril, Soratto et l'équipe ont rassemblé et ont vérifié les écouvillons nasopharyngaux de 23 patients avec COVID-19 soupçonné au centre hospitalier universitaire de Karolinska à Stockholm, Suède.

Dix-sept des patients ont été confirmés en tant que positif pour SARS-CoV-2 par le contrôle inverse de réaction en chaîne de transcriptase-polymérase (RT-PCR). Après avoir extrait l'ARN viral et le synthésisation de l'ADN complémentaire, des bibliothèques avec des éclats de 350 (bp) paires de bases ont été produites et préparées pour l'ordonnancement de fusil de chasse.

Après avoir retiré les compteurs séquentiels et les adaptateurs de basse qualité et la référence de génome humain, les chercheurs ont tracé rester s'affiche au génome complet de SARS-CoV-2 Whuan-Hu-1, comme consulté dans le GenBank.

Une fois que tracé, le virus révélateur de génome que l'outil a été utilisé pour assembler s'affiche avec le génome du GenBank SARS-CoV-2 utilisé comme référence, et des variantes uniques de nucléotide ont été affectées à chaque génome.

Les chercheurs pouvaient assembler quatre génomes proche-complets qui ont couvert 99,7 à 99,8% du génome de référence de GenBank et de toute les région codante.

On a recensé une variante qui pourrait avoir des effets de déstabilisation

Avec le génome de référence, les quatre ont assemblé des génomes que chacun a eus entre 9 et 14 variantes de nucléotide.

L'équipe enregistre que chacun des quatre génomes a eu des mutations dans la position noncoding 241 C (cytosine) à T (thymine) et trois mutations dans les régions codantes, qui étaient deux C T à 3037bp et 14408bp, et un A (adénine) à G (guanine) à 23403bp.

Dans un des génomes, une variante a été trouvée à 23463bp qui n'a été trouvé en aucun autre génome du GenBank SARS-CoV-2. La mutation change un résidu d'arginine en résidu d'histidine à la position 364 dans la sous-unité S1 de la protéine virale de pointe.

Les chercheurs disent que cette variante dans la protéine de pointe pourrait avoir des effets de déstabilisation.

« La variante est située sur la surface de la sous-unité S1, et pourrait probablement affecter la pièce d'assemblage du virion à la cellule, quoiqu'elle ne change pas le domaine récepteur-grippant lui-même, » écrit l'équipe.

Trois génomes étaient des tensions ont précédemment pensé pour s'être baissés en Suède

Sur comparer les quatre génomes SARS-CoV-2 obtenus à partir des patients à Stockholm à ceux trouvés mondial, les chercheurs ont constaté qu'ils ont appartenu aux tensions génétiques 20C/B.1/G et 20B/B.1.1/GR.

L'agence de santé publique de la Suède a eu précédemment rapporté ces groupes génétiques pendant que deux des trois tensions principales trouvaient en Suède.

Cependant, trois des génomes sont du groupe B.1/G, qui était également rapporté par l'agence de santé publique de la Suède pour s'être baissé dans la prévalence avant fin avril, de dire Soratto et équipe.

« Cette lignée s'est écartée à plus de 20 pays en Europe, les Amériques, l'Asie, et Australie et correspond à la manifestation italienne, » écrivent les chercheurs.

« Plus d'enquête est nécessaire afin de les assurer que l'écart de différents types de SARS-CoV-2 est entièrement caractérisé, » concluent.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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