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Mutazione novella identificata in proteina della punta SARS-CoV-2 dalla Svezia

I ricercatori dalla Svezia e dal Brasile hanno identificato una mutazione novella in uno sforzo del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo ottenuto da un paziente a Stoccolma, Svezia, alla fine d'aprile.

Tatiany Soratto e colleghi dal Karolinska Institutet, dalla Svezia e dall'università federale di Santa Catarina, nel Brasile, dice che è possibile la mutazione sconosciuta potrebbe pregiudicare la capacità del virus di legare alle cellule ospiti.

La mutazione è situata alla superficie dell'sottounità S1 della proteina della punta SARS-CoV-2, la struttura che di superficie principale il virus usa per guadagnare l'entrata alle cellule ospiti. L'sottounità S1 contiene il dominio obbligatorio per l'enzima di conversione dell'angiotensina 2 (ACE2) del ricevitore della membrana cellulare ospite.

Lo studio egualmente ha trovato che di quattro genoma quasi-completi montati dai pazienti infettati, tre appartenuti ad uno dei gruppi genetici che l'agenzia di salute pubblica della Svezia precedentemente aveva riferito come essendo diminuendo nella prevalenza da ora alla fine d'aprile.

Il gruppo avverte che l'indagine successiva è necessaria assicurare che la diffusione degli sforzi differenti SARS-CoV-2 sia caratterizzata correttamente.

Una versione della pubblicazione preliminare del documento è disponibile sul bioRxiv* del " server ", mentre l'articolo subisce la revisione tra pari.

SARS-CoV-2 punta (s) modellistica con SWISS-MODEL (Waterhouse et al., 2018) facendo uso della struttura 6ZGH come modello, ritirata e colorata nella chimera di UCSF (Pettersen et al., 2004). il dominio del N-terminale è colorato verde ed il dominio dell
SARS-CoV-2 punta (s) modellistica con SWISS-MODEL (Waterhouse et al., 2018) facendo uso della struttura 6ZGH come modello, ritirata e colorata nella chimera di UCSF (Pettersen et al., 2004). il dominio del N-terminale (NTD) è colorato verde ed il dominio dell'Ricevitore-associazione/dominio di Cterminal (RBD/CTD) è rossi. L'inserzione ingrandetta mostra la posizione della mutazione di R634H (blu).

Riflettendo ed analizzando SARS-CoV-2

Dalla malattia 2019 di coronavirus lo scoppio (COVID-19) in primo luogo ha cominciato a Wuhan, Cina, tardi l'anno scorso, si è sparso alle tariffe senza precedenti ed ha pregiudicato quasi ogni paese nel mondo.

La diffusione virale rapida e le conseguenze socioeconomiche devastanti e di salubrità globalmente piombo agli sforzi urgenti per caratterizzare il virus, per tenere la carreggiata la sua diffusione e per studiare le sue funzionalità biologiche per contribuire ad identificare le strategie potenziali del trattamento ed a riflettere l'efficacia delle misure di diminuzione.

Controllo dei genoma SARS-CoV-2

In Svezia, da ora alla fine d'aprile, il virus è stato riferito infettare approssimativamente 600 persone al giorno ed uccidere circa 90 al giorno.

Il 26 aprile, Soratto ed il gruppo hanno raccolto e collaudato i tamponi rinofaringei da 23 pazienti con COVID-19 sospettato all'ospedale universitario di Karolinska a Stoccolma, Svezia.

Diciassette dei pazienti sono stati confermati come positivo per SARS-CoV-2 dalla prova inversa di reazione a catena della transcriptase-polimerasi (RT-PCR). Dopo l'estrazione del RNA virale e la sintetizzazione del DNA complementare, le librerie con i frammenti di 350 (bp) coppie di basi sono state generate e preparato state per l'ordinamento del fucile da caccia.

Dopo l'eliminazione dei sequenziatori e convertitori di bassa qualità ed il riferimento del genoma umano, i ricercatori hanno mappato rimanere legge al genoma completo di SARS-CoV-2 Whuan-Hu-1, come raggiunto in GenBank.

Una volta che mappato, il virus che dell'agente investigativo del genoma lo strumento è stato utilizzato per montare legge con il genoma di GenBank SARS-CoV-2 usato come riferimento e le singole varianti del nucleotide sono state definite ad ogni genoma.

I ricercatori potevano montare quattro genoma quasi-completi che hanno coperto 99,7 - 99,8% del genoma di riferimento di GenBank e di tutta sequenza codificante.

Una variante è stata identificata che potrebbe avere effetti di destabilizzazione

Rispetto al genoma di riferimento, i quattro hanno montato i genoma che ciascuno ha avuto fra 9 e 14 varianti del nucleotide.

Il gruppo riferisce che tutti e quattro i genoma ha avuto mutazioni nella posizione noncoding 241 C (citosina) a T (timina) e tre mutazioni nelle sequenze codificante, che erano due C - T a 3037bp e 14408bp ed un A (adenina) al G (guanina) a 23403bp.

In uno dei genoma, una variante è stata trovata a 23463bp che non è stato trovato in qualunque altro genoma di GenBank SARS-CoV-2. La mutazione cambia un residuo dell'arginina ad un residuo dell'istidina alla posizione 364 nell'sottounità S1 della proteina virale della punta.

I ricercatori dicono che questa variante nella proteina della punta potrebbe avere effetti di destabilizzazione.

“La variante è situata alla superficie dell'sottounità S1 e potrebbe possibilmente pregiudicare il collegamento del virion alla cella, anche se non cambia il dominio stesso dell'ricevitore-associazione,„ scrive il gruppo.

Tre genoma erano sforzi precedentemente hanno pensato per diminuire in Svezia

Sul paragonare i quattro genoma SARS-CoV-2 ottenuti dai pazienti a Stoccolma a quelli individuati globalmente, i ricercatori hanno trovato che hanno appartenuto agli sforzi genetici 20C/B.1/G e 20B/B.1.1/GR.

L'agenzia di salute pubblica della Svezia precedentemente aveva riferito questi gruppi genetici mentre due dei tre sforzi principali hanno trovato in Svezia.

Tuttavia, tre dei genoma provengono dal gruppo B.1/G, che egualmente è stato riferito dall'agenzia di salute pubblica della Svezia per diminuire nella prevalenza da ora alla fine d'aprile, di dire Soratto ed il gruppo.

“Questo stirpe si è sparso a più di 20 paesi Europa, in Americhe, in Asia ed in Australia e corrisponde allo scoppio italiano,„ scrive i ricercatori.

“Più ricerca è necessaria per assicurarle che la diffusione dei tipi differenti di SARS-CoV-2 completamente sia caratterizzata,„ conclude.

Avviso *Important

il bioRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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