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Mutação nova identificada na proteína do ponto SARS-CoV-2 da Suécia

Os pesquisadores da Suécia e do Brasil identificaram uma mutação nova em uma tensão do coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) obtido de um paciente em Éstocolmo, Suécia, ao fim de abril.

Tatiany Soratto e colegas do Karolinska Institutet, Suécia, e a universidade federal de Santa Catarina, em Brasil, diz que é possível a mutação desconhecida poderia afectar a capacidade do vírus para ligar às pilhas de anfitrião.

A mutação é ficada situada na superfície da subunidade S1 da proteína do ponto SARS-CoV-2, a estrutura que de superfície principal o vírus se usa para ganhar a entrada às pilhas de anfitrião. A subunidade S1 contem o domínio obrigatório para a enzima deconversão 2 do receptor da membrana de pilha do anfitrião (ACE2).

O estudo igualmente encontrou que de quatro genomas próximo-completos montados dos pacientes contaminados, três pertencidos a um dos grupos genéticos que a agência da saúde pública da Suécia tinha relatado previamente como sendo diminuído na predominância ao fim de abril.

A equipe adverte que a posterior investigação é necessário se assegurar de que a propagação das tensões SARS-CoV-2 diferentes esteja caracterizada correctamente.

Uma versão da pré-impressão do papel está disponível no bioRxiv* do server, quando o artigo se submeter à revisão paritária.

SARS-CoV-2 ponto (s) modelado com o SWISS-MODEL (Waterhouse e outros, 2018) usando a estrutura 6ZGH como um molde, desenhado e colorido na quimera de UCSF (Pettersen e outros, 2004). o domínio do N-terminal é colorido verde e o domínio Receptor-obrigatório/domínio de Cterminal (RBD/CTD) é vermelhos. Inserir ampliado mostra o lugar da mutação de R634H (azul).
SARS-CoV-2 ponto (s) modelado com o SWISS-MODEL (Waterhouse e outros, 2018) usando a estrutura 6ZGH como um molde, desenhado e colorido na quimera de UCSF (Pettersen e outros, 2004). o domínio do N-terminal (NTD) é colorido verde e o domínio Receptor-obrigatório/domínio de Cterminal (RBD/CTD) é vermelhos. Inserir ampliado mostra o lugar da mutação de R634H (azul).

Monitorando e analisando SARS-CoV-2

Desde a doença 2019 do coronavirus a manifestação (COVID-19) começou primeiramente em Wuhan, China, tarde no ano passado, ele espalhou em taxas inauditas e afectou quase cada país no mundo.

A propagação viral rápida e as conseqüências devastadores do saúde e as sócio-económicas global conduziram aos esforços urgentes para caracterizar o vírus, para seguir sua propagação e para estudar suas características biológicas para ajudar a identificar estratégias potenciais do tratamento e a monitorar a eficácia de medidas da mitigação.

Verificando os genomas SARS-CoV-2

Na Suécia, ao fim de abril, o vírus foi relatado contaminar aproximadamente 600 povos pelo dia e matar aproximadamente 90 pelo dia.

O 26 de abril, Soratto e a equipe recolheram e testaram cotonetes nasopharyngeal de 23 pacientes com o COVID-19 suspeitado no hospital da universidade de Karolinska em Éstocolmo, Suécia.

Dezessete dos pacientes foram confirmados como o positivo para SARS-CoV-2 pelo teste reverso da reacção em cadeia da transcriptase-polimerase (RT-PCR). Após ter extraído o RNA viral e ter sintetizado o ADN complementar, as bibliotecas com 350 fragmentos baixos (bp) dos pares foram geradas e preparadas para arranjar em seqüência da espingarda.

Após ter removido os sequenceres da baixo-qualidade e os adaptadores e a referência do genoma humano, os pesquisadores traçaram permanecer lêem ao genoma completo de SARS-CoV-2 Whuan-Hu-1, como alcançado em GenBank.

Uma vez que traçado, o vírus que do detective do genoma a ferramenta foi usada para montar lê com o genoma de GenBank SARS-CoV-2 usado como uma referência, e as únicas variações do nucleotide foram atribuídas a cada genoma.

Os pesquisadores podiam montar quatro genomas próximo-completos que cobriram 99,7 a 99,8% do genoma da referência de GenBank e de toda a região da codificação.

Uma variação foi identificada que poderia ter efeitos de desestabilização

Comparado com o genoma da referência, os quatro montaram genomas que cada um teve entre 9 e 14 variações do nucleotide.

A equipe relata que todos os quatro genomas teve mutações na posição noncoding 241 C (cytosine) a T (thymine) e três mutações nas regiões da codificação, que eram dois C T em 3037bp e 14408bp, e um A (adenina) a G (guanina) em 23403bp.

Em um dos genomas, uma variação foi encontrada em 23463bp que não foi encontrado em nenhum outro genoma de GenBank SARS-CoV-2. A mutação muda um resíduo da arginina a um resíduo do histidine na posição 364 na subunidade S1 da proteína viral do ponto.

Os pesquisadores dizem que esta variação na proteína do ponto poderia ter efeitos de desestabilização.

“A variação é ficada situada na superfície da subunidade S1, e poderia possivelmente afectar o acessório do virion à pilha, mesmo que não mude o domínio receptor-obrigatório próprio,” escreve a equipe.

Três genomas eram tensões pensaram previamente para ter diminuído na Suécia

Ao comparar os quatro genomas SARS-CoV-2 obtidos dos pacientes em Éstocolmo com os aqueles detectados global, os pesquisadores encontraram que pertenceram às tensões genéticas 20C/B.1/G e 20B/B.1.1/GR.

A agência da saúde pública da Suécia tinha relatado previamente estes grupos genéticos enquanto duas das três tensões principais encontraram na Suécia.

Contudo, três dos genomas são do grupo B.1/G, que foi relatado igualmente pela agência da saúde pública da Suécia para ter diminuído na predominância ao fim de abril, dizer Soratto e equipe.

“Esta linhagem espalhou a mais de 20 países em Europa, nos Americas, em Ásia, e em Austrália e correspondeu à manifestação italiana,” escreve os pesquisadores.

“Mais investigação é necessário a fim assegurá-los que a propagação de tipos diferentes de SARS-CoV-2 está caracterizada inteiramente,” conclui.

Observação *Important

o bioRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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