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Mutación nueva determinada en proteína del pico SARS-CoV-2 de Suecia

Los investigadores de Suecia y del Brasil han determinado una mutación nueva en una deformación del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática obtenido de un paciente en Estocolmo, Suecia, a finales de abril.

Tatiany Soratto y colegas del Karolinska Institutet, de Suecia, y de la universidad federal de Santa Catarina, en el Brasil, dice que es posible la mutación desconocida podría afectar a la capacidad del virus de atar a las células huesped.

La mutación está situada en la superficie de la subunidad S1 de la proteína del pico SARS-CoV-2, la estructura superficial principal que el virus utiliza para ganar el asiento a las células huesped. La subunidad S1 contiene el dominio obligatorio para la enzima angiotensina-que convierte 2 (ACE2) del receptor de la membrana de la célula huesped.

El estudio también encontró que de cuatro genomas cercano-completos montados de los pacientes infectados, tres pertenecidos a uno de los grupos genéticos que la dependencia de la salud pública de Suecia había denunciado previamente como siendo disminuido en incidencia a finales de abril.

Las personas advierten que la posterior investigación sea necesaria asegurarse de que la extensión de diversas deformaciones SARS-CoV-2 está caracterizada correctamente.

Una versión de la prueba preliminar del papel está disponible en el bioRxiv* del servidor, mientras que el artículo experimenta la revisión paritaria.

SARS-CoV-2 pico (s) modelado con SWISS-MODEL (Waterhouse y otros, 2018) usando la estructura 6ZGH como patrón, drenado y coloreado en la quimera de UCSF (Pettersen y otros, 2004). el dominio de la N-terminal se colorea verde y el dominio Receptor-obligatorio/el dominio de Cterminal (RBD/CTD) es rojos. La inserción aumentada muestra la situación de la mutación de R634H (azul).
SARS-CoV-2 pico (s) modelado con SWISS-MODEL (Waterhouse y otros, 2018) usando la estructura 6ZGH como patrón, drenado y coloreado en la quimera de UCSF (Pettersen y otros, 2004). el dominio de la N-terminal (NTD) se colorea verde y el dominio Receptor-obligatorio/el dominio de Cterminal (RBD/CTD) es rojos. La inserción aumentada muestra la situación de la mutación de R634H (azul).

Vigilando y analizando SARS-CoV-2

Desde la enfermedad 2019 del coronavirus el brote (COVID-19) primero comenzó en Wuhan, China, tarde el año pasado, él se ha extendido a los regímenes sin precedentes y ha afectado a casi cada país en el mundo.

La extensión viral rápida y las consecuencias devastadoras del salud y socioeconómicas global han llevado a los esfuerzos urgentes de caracterizar el virus, de rastrear su extensión y de estudiar sus características biológicas para ayudar a determinar estrategias potenciales del tratamiento y a vigilar la eficacia de las dimensiones de la mitigación.

Verificación de los genomas SARS-CoV-2

En Suecia, a finales de abril, el virus fue denunciado para infectar a aproximadamente 600 personas por día y el matar de cerca de 90 por día.

El 26 de abril, Soratto y las personas cerco y probaron los lampazos nasofaríngeos a partir de 23 pacientes con COVID-19 sospechoso en el hospital de la universidad de Karolinska en Estocolmo, Suecia.

Diecisiete de los pacientes fueron confirmados como positivo para SARS-CoV-2 por la prueba reversa de la reacción en cadena de la transcriptase-polimerasa (RT-PCR). Después de extraer el ARN viral y de sintetizar la DNA complementaria, las bibliotecas con 350 fragmentos bajos (bp) de los pares fueron generadas y preparadas para la secuencia de la escopeta.

Después de quitar los secuenciadores y los adaptadores de baja calidad y la referencia del genoma humano, los investigadores correlacionaron permanecer leen al genoma completo de SARS-CoV-2 Whuan-Hu-1, según lo alcanzado en GenBank.

Una vez que está correlacionado, el virus detective del genoma que la herramienta fue utilizada para montar lee con el genoma de GenBank SARS-CoV-2 usado como referencia, y las únicas variantes del nucleótido fueron destinadas a cada genoma.

Los investigadores podían montar cuatro genomas cercano-completos que revistieron 99,7 a 99,8% del genoma de la referencia de GenBank y de toda la región de la codificación.

Una variante fue determinada que podría tener efectos de desestabilización

Comparado con el genoma de la referencia, los cuatro montaron los genomas que cada uno tenía entre 9 y 14 variantes del nucleótido.

Las personas denuncian que los cuatro genomas tenían mutaciones en la posición noncoding 241 C (citosina) a T (thymine) y tres mutaciones en las regiones de la codificación, que eran dos C a T en 3037bp y 14408bp, y una A (adenina) a G (guanina) en 23403bp.

En uno de los genomas, una variante fue encontrada en 23463bp que no fue encontrado en ningún otro genoma de GenBank SARS-CoV-2. La mutación cambia un residuo de la arginina a un residuo de la histidina en la posición 364 en la subunidad S1 de la proteína viral del pico.

Los investigadores dicen que esta variante en la proteína del pico podría tener efectos de desestabilización.

“La variante está situada en la superficie de la subunidad S1, y podría afectar posiblemente a la agregación del virion a la célula, aunque no cambia el dominio receptor-obligatorio sí mismo,” escribe a las personas.

Tres genomas eran deformaciones pensaron previamente para haber disminuido en Suecia

Al comparar los cuatro genomas SARS-CoV-2 obtenidos de pacientes en Estocolmo con ésos descubiertos global, los investigadores encontraron que pertenecieron a las deformaciones genéticas 20C/B.1/G y 20B/B.1.1/GR.

La dependencia de la salud pública de Suecia había denunciado previamente a estos grupos genéticos mientras que dos de las tres deformaciones principales encontraron en Suecia.

Sin embargo, tres de los genomas son del grupo B.1/G, que también fue denunciado por la dependencia de la salud pública de Suecia para haber disminuido en incidencia a finales de abril, decir Soratto y a las personas.

“Este linaje se ha extendido a más de 20 países en Europa, las Américas, Asia, y Australia y corresponde al brote italiano,” escribe a los investigadores.

“Más investigación es necesaria para asegurarlos que la extensión de diversos tipos de SARS-CoV-2 está caracterizada completo,” concluye.

Advertencia *Important

el bioRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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