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La recombinaison d'expositions d'étude parmi les tensions SARS-CoV-2 se produit déjà, mais demeure rare

Une étude récente des chercheurs des États-Unis, actuellement disponibles sur le serveur de prétirage de bioRxiv*, indique que les événements de recombinaison parmi les souches virales du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère se produisent déjà - cependant, considérant des niveaux actuels de diversité génétique virale, ils ne sont ni répandus ni promptement détectables.

Depuis le début de la pandémie de la maladie de coronavirus (COVID-19), le virus causal SARS-CoV-2 a été sous la recherche forte et l'examen minutieux épidémiologique. Ce dernier est principalement dû important au potentiel de la recombinaison virale, qui peut avoir comme conséquence des génotypes viraux avec des caractéristiques phénotypiques modifiées - comprenant le transmissibility, la pathogénicité, et la virulence modifiés.

Mais quoique la propension pour la recombinaison parmi le groupe plus large de Betacoronaviruses soit bien établie, SARS-CoV-2 avait diffusé chez l'homme pendant seulement huit mois, qui signifie qu'il y avait une occasion fournie relativement courte pour l'augmentation de la recombinaison.

De plus, plutôt un petit nombre de polymorphe, phylogénétique sites d'information dans le génome SARS-CoV-2 implique cela qui trouve les génomes recombinés dépend encombrant et hautement de l'identité des clades de parent. En dépit de ces inconvénients, deux études ont les recombinants déjà rapportés parmi les différentes tensions SARS-CoV-2.

C'est pourquoi les chercheurs de l'université d'Emory et du centre d'excellence d'Emory-UGA pour la recherche de grippe et le contrôle (CEIRS) à Atlanta (Etats-Unis) ont décidé de revisiter ces découvertes en utilisant une approche neuve d'analyse afin d'élucider la recombinaison potentielle dans SARS-CoV-2.

La structure de clade de SARS-CoV-2 est structurée principalement par 37 SNP de clade-définition. (a) Phylogénie de maximum de vraisemblance basée sur le modèle réversible de temps général avec les sites invariables de 9783 seules séquences de haute qualité de génome avec <1% NS. 14 clades monophyletic ont été recensés manuellement. Ces clades correspondent généralement aux clades SARS-CoV-2 définis dans Nextstrain (Hadfield et autres, 2018), bien qu
La structure de clade de SARS-CoV-2 est structurée principalement par 37 SNP de clade-définition. (a) Phylogénie de maximum de vraisemblance basée sur le modèle réversible de temps général avec les sites invariables de 9783 seules séquences de haute qualité de génome avec <1% NS. 14 clades monophyletic ont été recensés manuellement. Ces clades correspondent généralement aux clades SARS-CoV-2 définis dans Nextstrain (Hadfield et autres, 2018), bien qu'une fraction de eux soient à plus de haute résolution que des clades de Nextstrain. Clades a défini ici sont nommés par la nomination de clade de Nextstrain (par exemple, 20B) suivie d'un subclade le numéro (par exemple, -1). La barre d'écaille est dans les remplacements selon le site. (b) Par paires différences entre les profils de clade-définition de SNP de chacun des 14 clades. (c) Emplacement et identité de nucléotide des SNP de clade-définition et (d) de leur fréquence parmi les génomes SARS-CoV-2.

Une approche à quatre phases systématique

Cette étude a utilisé une approche à quatre phases pour indiquer exactement les génomes SARS-CoV-2 recombinés. D'abord, des mutations qui définissent la configuration clonale de l'hérédité ont été caractérisées, suivi de l'identification des génomes qui violent cette configuration. Alors les chercheurs ont recensé et ont raffiné les limites de transfert génétique et finalement ont évalué la plausibilité du transfert en déterminant la Co-circulation potentielle des clades parentaux prévus.

Tous les génomes ont été téléchargés des bases de données de génome de GISAID et par la suite filtrés pour exclure les séquences de basse qualité. En outre, des génomes ont été alignés selon le génome de séquence de référence de NCBI utilisant un programme d'alignement multiple de séquences connu sous le nom de MAFFT.

Clades ont été recensés en tant que groupes monophyletic situés dans un arbre phylogénétique de maximum de vraisemblance établi de 9.783 seules séquences de haute qualité de génome par l'utilisation de PhyML (c.-à-d., un progiciel qui analyse des cadrages de nucléotide ou de séquences des acides aminés dans un cadre phylogénétique avec l'utilisation des approches statistiques modernes).

Afin de concevoir le soutien empirique de la recombinaison, les chercheurs ont exécuté l'analyse phylogénétique sur les sous-ensembles du génome viral SARS-CoV-2, qui marquent avec des extensions du génome lié par des régions impliquées de transfert.

Ils ont ensuite visé à évaluer, basé sur des considérations géographiques, la faisabilité des événements priés de transfert entre les clades parentaux prévus pour produire des recombinants qui ont été observés dans cette étude. Les résultats qu'ils ont obtenus étaient plutôt perspicaces.

Recombinaison en cinq génomes SARS-CoV-2

« Au total, nous avons examiné 47.390 seuls génomes et avons recensé cinq génomes qui sont les candidats intenses pour avoir évolué par recombinaison entre le clade deux parental lointainement associé », disons des auteurs d'étude en leur papier de bioRxiv.

Cependant, la fraction des génomes recombinés dans l'ensemble de séquences analysées était exceptionnellement inférieure (c.-à-d., 0,007%), qui est en conformité avec les états précédents qui n'ont trouvé aucune preuve ferme de recombinaison répandue parmi les génomes SARS-CoV-2.

En tous cas, les séquences ont été liées aux infections des Etats-Unis, Royaume-Uni et de Chine ; en outre, chacun de ces génomes héberge les bornes phylogénétiques de deux clades SARS-CoV-2 distincts, et chaque génome recombiné s'est avéré pour grouper fortement avec les clades prévus de parent en travers des régions du transfert.

Vu ce dernier, les clades prévus de parent des génomes recombinés mentionnés ci-dessus étaient (à une exception) rapportés Co-diffuser dans le pays de l'infection pendant les deux semaines avant au procédé de ramassage témoin.

« En recensant les modifications de nucléotide qui soutiennent la phylogénie clonale de SARS-CoV-2, nous avons déterminé des critères pour recenser les génomes recombinés putatifs, et pour évaluer leur plausibilité », les auteurs d'étude expliquent les aspects pratiques de leurs résultats.

La nécessité de surveiller des recombinants de haut-forme physique

« Éventuel, nos résultats proposent que la recombinaison entre les tensions SARS-CoV-2 se produise, mais ces génotypes chimériques demeurent rares », disent des auteurs d'étude. « Car la pandémie continue à augmenter, la diversité génétique de population de SARS-CoV-2 augmentera, la facilitant pour trouver les génomes recombinés », ils ajoutent.

Les génomes recombinés que les chercheurs ont recensé dans cette étude peuvent ne pas appartenir aux lignées recombinées persistantes et plus grandes. Au lieu de cela, ils ont pu représenter des observations passagères dans les lignées qui n'ont pas été avec succès déterminées ou avoir disparu éteints.

Mais le nombre de plus en plus important des mutations augmentera également la possibilité que le document recombiné de génomes a modifié les caractéristiques phénotypiques qui peuvent influencer la forme physique. D'autre part, le moyen d'hétérogénéité de boîte de vitesses il y a une occasion beaucoup inférieure pour que n'importe quel viral infection donné forme une lignée de persistance.

En bref, puisque cette étude prouve que la recombinaison a lieu déjà dans SARS-CoV-2, le temps réel analyse et a augmenté des efforts de contrôle (tels que celui-ci) devrait être encouragé afin de surveiller la circulation et l'écart possible des génotypes viraux recombinés de haut-forme physique.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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