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La recombinación de las demostraciones del estudio entre las deformaciones SARS-CoV-2 está ocurriendo ya, pero sigue siendo rara

Un estudio reciente de los investigadores de los E.E.U.U., actualmente disponibles en el servidor de la prueba preliminar del bioRxiv*, indica que están ocurriendo las acciones de la recombinación entre las deformaciones virales del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática ya - sin embargo, en vista de niveles actuales de diversidad genética viral, son ni dispersas ni fácilmente perceptibles.

Desde el comienzo del pandémico de la enfermedad del coronavirus (COVID-19), el virus causativo SARS-CoV-2 ha estado bajo la investigación intensa y escrutinio epidemiológico. Este último es sobre todo importante debido al potencial de la recombinación viral, que puede dar lugar a genotipos virales con características fenotípicas modificadas - incluyendo transmisibilidad, patogenicidad, y virulencia alteradas.

Pero aunque la propensión para la recombinación entre el grupo más ancho de Betacoronaviruses es establecida, SARS-CoV-2 ha estado circulando en los seres humanos por solamente ocho meses, que significa que había una oportunidad relativamente corta para la subida de la recombinación.

Además, un número bastante pequeño de sitios polimórficos, filogenético informativos en el genoma SARS-CoV-2 implica eso que descubre los genomas recombinantes es incómodo y altamente relacionado en la identidad de los clades del padre. A pesar de estas desventajas, dos estudios han denunciado ya recombinants entre diversas deformaciones SARS-CoV-2.

Esta es la razón por la cual los investigadores de la universidad de Emory y del centro de Emory-UGA de la excelencia para la investigación y la vigilancia (CEIRS) de la gripe en Atlanta (Estados Unidos) decidían revisitar estas conclusión utilizando una nueva aproximación del análisis para aclarar la recombinación potencial dentro de SARS-CoV-2.

La estructura del clade de SARS-CoV-2 es estructurada predominante por 37 SNPs de clade-definición. (a) Filogenia de la toda probabilidad basada en el modelo reversible del tiempo general con los sitios invariantes de 9783 series únicas de alta calidad del genoma con el <1% Ns. 14 clades monofiléticos fueron determinados manualmente. Estos clades corresponden generalmente a los clades SARS-CoV-2 definidos en Nextstrain (Hadfield y otros, 2018), aunque una parte estén en más de alta resolución que los clades de Nextstrain. Clades definió aquí es nombrado por la designación del clade de Nextstrain (e.g., 20B) seguida por un subclade número (e.g., -1). La barra de la escala está en substituciones por sitio. (b) En parejas diferencias entre los perfiles de clade-definición de SNP de los 14 clades. (c) Situación e identidad del nucleótido de SNPs de clade-definición y (d) de su frecuencia entre los genomas SARS-CoV-2.
La estructura del clade de SARS-CoV-2 es estructurada predominante por 37 SNPs de clade-definición. (a) Filogenia de la toda probabilidad basada en el modelo reversible del tiempo general con los sitios invariantes de 9783 series únicas de alta calidad del genoma con el <1% Ns. 14 clades monofiléticos fueron determinados manualmente. Estos clades corresponden generalmente a los clades SARS-CoV-2 definidos en Nextstrain (Hadfield y otros, 2018), aunque una parte estén en más de alta resolución que los clades de Nextstrain. Clades definió aquí es nombrado por la designación del clade de Nextstrain (e.g., 20B) seguida por un subclade número (e.g., -1). La barra de la escala está en substituciones por sitio. (b) En parejas diferencias entre los perfiles de clade-definición de SNP de los 14 clades. (c) Situación e identidad del nucleótido de SNPs de clade-definición y (d) de su frecuencia entre los genomas SARS-CoV-2.

Una aproximación sistemática del cuatro-paso

Este estudio empleó una aproximación del cuatro-paso para establecer claramente los genomas recombinantes SARS-CoV-2. Primero, las mutaciones que definen la configuración clónica de la herencia fueron caracterizadas, seguido por la identificación de los genomas que violan esta configuración. Después los investigadores determinaron y refinaron los límites de la transferencia genética y finalmente fijaron la plausibilidad de la transferencia determinando la co-circulación potencial de clades parentales previstos.

Todos los genomas fueron transferidos directamente de las bases de datos del genoma de GISAID y filtrados posteriormente para excluir las series de baja calidad. Además, los genomas fueron alineados de acuerdo con el genoma de la serie de la referencia de NCBI usando un programa múltiple de la alineación de la serie conocido como MAFFT.

Clades fue determinado como grupos monofiléticos situados dentro de un árbol filogenético de la toda probabilidad construido a partir de 9.783 series de alta calidad únicas del genoma empleando PhyML (es decir, un paquete de programas informáticos que analiza alineaciones de las series del nucleótido o de aminoácido en un marco filogenético con el uso de aproximaciones estadísticas modernas).

Para visualizar el apoyo empírico para la recombinación, los investigadores han realizado análisis filogenético en los subconjuntos del genoma viral SARS-CoV-2, que correlacionan a los alargamientos del genoma limitado por regiones deducidas de transferencia.

Apuntaron después valorar, sobre la base de consideraciones geográficas, la viabilidad de las acciones requeridas de la transferencia entre los clades parentales previstos para generar los recombinants que fueron observados en este estudio. Los resultados que han obtenido eran bastante profundos.

Recombinación en cinco genomas SARS-CoV-2

“En total, revisamos 47.390 genomas únicos y determinamos cinco genomas que son candidatos fuertes al desarrollar con la recombinación entre el clade parental distante relacionado dos”, decimos a autores del estudio en su papel del bioRxiv.

Sin embargo, la fracción de genomas recombinantes en el equipo de series analizadas era excepcionalmente inferior (es decir, 0,007%), que coincide con los partes anteriores que no han encontrado ninguna prueba firme de la recombinación dispersa entre los genomas SARS-CoV-2.

En todo caso, las series fueron conectadas a las infecciones de los Estados Unidos, Reino Unido y de China; además, cada uno de estos genomas abriga los marcadores filogenéticos de dos clades distintos SARS-CoV-2, y cada genoma recombinante fue encontrado para agruparse apretado con los clades previstos del padre a través de las regiones de transferencia.

En vista de estes último, los clades previstos del padre de genomas recombinantes ya mencionados (con una anomalía) fueron denunciados co-para circular en el país de la infección en las dos semanas antes al proceso de la colección de la muestra.

“Determinando los cambios del nucleótido que apuntalan la filogenia clónica de SARS-CoV-2, establecimos las consideraciones para determinar los genomas recombinantes supuestos, y para evaluar su plausibilidad”, los autores del estudio explican los aspectos prácticos de sus resultados.

La necesidad de vigilar recombinants de la alto-aptitud física

“Final, nuestros resultados sugieren que esté ocurriendo la recombinación entre las deformaciones SARS-CoV-2, pero estos genotipos quiméricos siguen siendo raros”, dicen a autores del estudio. “A medida que el pandémico continúa desplegarse, la diversidad genética de la población de SARS-CoV-2 aumentará, haciéndolo más fácil descubrir los genomas recombinantes”, ellos agrega.

Los genomas recombinantes que los investigadores han determinado en este estudio pueden no pertenecer a los linajes recombinantes persistentes, más grandes. En lugar, pudieron representar observaciones efímeras en los linajes que no fueron establecidos con éxito o haber ido extintos.

Pero el número creciente de mutaciones también aumentará la posibilidad que la pieza de convicción recombinante de los genomas modificó las características fenotípicas que pueden afectar aptitud física. Por otra parte, los medios de la heterogeneidad de la transmisión allí son una ocasión mucho más inferior para que cualquier infección viral dada forme un linaje de persistencia.

En fin, puesto que este estudio muestra que la recombinación está ocurriendo ya en SARS-CoV-2, animase al tiempo real analiza y aumentó esfuerzos de la vigilancia (tales como éste) se debe que para vigilar la circulación y la extensión posible de los genotipos virales recombinantes de la alto-aptitud física.

Advertencia *Important

el bioRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

Written by

Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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