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« Une liste courte » de peptides de signature pour dépister le virus SARS-CoV-2

Les chercheurs de SPI (Marcoule) avaient l'habitude la protéomique pour recenser des peptides de signature du virus SARS-CoV-2 exprimé in vitro. « Une liste courte » de 14 recensés et de peptides caractérisés laisse considérer des développements en spectrométrie de masse visée, effectuant cette approche de grande puissance directe et rapide, implantable dans les hôpitaux, un outil potentiel de choix dans le dépistage du virus responsable de Covid-19.

« Une liste courte » de peptides de signature pour dépister le virus SARS-CoV-2
Complotez en représentant les protéines de structure principales de S (pointe), de M (protéine de membrane) et de N (nucléoprotéine) de SARS-CoV-2, duquel 14 peptides ont été recensés et caractérisés. Crédit d'image : Jean Armengaud/CEA

Résumé

Le dépistage du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère est un outil essentiel pour combattre la pandémie COVID-19. Ce dossier d'ensemble de données présente l'exploration d'un ensemble de données de protéomique de fusil de chasse acquis sur les cellules infectées de SARS-CoV-2 Vero. Des protéines des échantillons inactivés de virus ont été extraites, assimilé avec de la trypsine, et les peptides donnants droit ont été recensés par spectrométrie de masse caractéristique-dépendante de tandem d'acquisition.

Les 101 peptides enregistrant pour six protéines virales se sont particulièrement analysés en termes de leurs caractéristiques analytiques, spécificité et conservation de substance, et leur propension aux modifications structurelles. Basé sur ces résultats, une liste succincte de 14 peptides des protéines de structure principales de N, de S, et de M qui pourraient être employées pour le développement visé de méthode de spectrométrie de masse et la diagnose du SARS-CoV-2 neuf est proposée et des meilleurs candidats sont commentées.

Source:
Journal reference:

Gouveia, D., et al. (2020) Shortlisting SARS‐CoV‐2 Peptides for Targeted Studies from Experimental Data‐Dependent Acquisition Tandem Mass Spectrometry Data. Proteomicsdoi.org/10.1002/pmic.202000107.