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Il nuovo protocollo ottimizzato permette l'identificazione rapida delle interazioni della proteina-proteina

Un gruppo di ricerca dall'università di Helsinki introduce un nuovo protocollo ottimizzato ed integrato di proteomics di interazione che combina due metodi avanzati per permettere l'identificazione rapida delle interazioni e di più della proteina-proteina.

Le proteine in cellule umane non funzionano in isolamento e le loro interazioni con altre proteine definiscono le loro funzioni cellulari. Di conseguenza, la comprensione dettagliata delle interazioni della proteina-proteina (PPIs) è il tasto per il regolamento decifrante delle reti e delle vie cellulari, sia nella salubrità che nella malattia.

In uno studio pubblicato in dell'emissione di settembre (online 10 avanzatith di augusto) dei protocolli della natura, un gruppo di ricerca piombo dal direttore di ricerca Markku Varjosalo dall'istituto di biotecnologia & HiLIFE, università di Helsinki, introduce un protocollo ottimizzato ed integrato di proteomics di interazione (nominato tecnologia del Mackintosh-tag).

Il protocollo combina la depurazione avanzata di affinità di due metodi - la spettrometria di massa (AP-MS) e l'identificazione prossimità-dipendente della biotina (BioID per permettere identificazione rapida delle interazioni e di più della proteina-proteina.

La tecnologia del Mackintosh-tag permette un modo semplice di sondare la localizzazione livellata molecolare di proteina di interesse (una risorsa online accompagnante di microscopia del ms è disponibile a www.proteomics.fi).

Il Mackintosh-tag sviluppato e l'approccio integrato autorizzeranno, non solo la comunità di proteomics di interazione, ma anche cella/biologi molecolari/strutturali, con un flusso di lavoro integrato sperimentalmente provato per la mappatura dettagliatamente le interazioni fisiche e funzionali e del contesto molecolare delle proteine.

La tecnologia del Mackintosh-tag proviene dagli sforzi a lungo termine sullo sviluppare i nuovi strumenti di biologia di sistemi per sistematicamente lo studio delle interazioni molecolari delle proteine. L'identificazione delle interazioni della proteina-proteina e dei loro cambiamenti nelle impostazioni di malattia, quale cancro, ha provato in nostre mani uno strumento potente e che ha permesso noi scoprissimo che i meccanismi molecolari esatti sono alla base di queste malattie. In linea di principio, il nostro protocollo può essere utilizzato in tanti modi diversi che probabilmente nemmeno abbiamo preveduto la metà loro.„

Markku Varjosalo, direttore di ricerca, istituto di biotecnologia & HiLIFE, università di Helsinki

La tecnologia del Mackintosh-tag è corrente in uso dal Dott. Varjosalo ed i suoi consorzi dei virologi, dei chimici medicinali e di altri ricercatori “di omics„ nella ricerca delle proteine druggable novelle ospite come obiettivi terapeutici inibire l'infezione SARS-CoV-2 e quindi combattere Covid-19.

Source:
Journal reference:

Liu, X., et al. (2020) Combined proximity labeling and affinity purification−mass spectrometry workflow for mapping and visualizing protein interaction networks. Nature Protocols. doi.org/10.1038/s41596-020-0365-x.