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El nuevo protocolo optimizado permite la identificación rápida de las acciones recíprocas de la proteína-proteína

Un equipo de investigación de la universidad de Helsinki introduce un nuevo protocolo optimizado e integrado del proteomics de la acción recíproca que combine dos métodos avanzados para permitir la identificación rápida de las acciones recíprocas y más de la proteína-proteína.

Las proteínas en células humanas no funcionan en el aislamiento y sus acciones recíprocas con otras proteínas definen sus funciones celulares. Por lo tanto, la comprensión detallada de las acciones recíprocas de la proteína-proteína (PPIs) es la llave para la regla que descifra de redes y de caminos celulares, en salud y enfermedad.

En un estudio publicado en de la entrega de septiembre (en línea 10 avanzadosth de agosto) de los protocolos de la naturaleza, un equipo de investigación llevado por el director de investigación Markku Varjosalo del instituto de la biotecnología y HiLIFE, universidad de Helsinki, introduce un protocolo optimizado e integrado del proteomics de la acción recíproca (nombrado tecnología de la Mac-etiqueta).

El protocolo combina la purificación avanzada de la afinidad de dos métodos - espectrometría de masa (AP-MS) e identificación proximidad-relacionada de la biotina (BioID para permitir la identificación rápida de las acciones recíprocas y más de la proteína-proteína.

La tecnología de la Mac-etiqueta permite una manera fácil de sondar la localización nivelada molecular de la proteína del interés (un recurso en línea acompañante de la microscopia del ms está disponible en www.proteomics.fi).

La Mac-etiqueta desarrollada y la aproximación integrada autorizarán, no sólo la comunidad del proteomics de la acción recíproca, pero también célula/los biólogos moleculares/estructurales, con un flujo de trabajo integrado experimental probado para correlacionar detalladamente las acciones recíprocas físicas y funcionales y el contexto molecular de proteínas.

La tecnología de la Mac-etiqueta proviene esfuerzos a largo plazo en desarrollar las nuevas herramientas de la biología de sistemas para sistemáticamente estudiar las acciones recíprocas moleculares de proteínas. La identificación de las acciones recíprocas de la proteína-proteína y de sus cambios en fijaciones de la enfermedad, tales como cáncer, ha probado en nuestras manos una herramienta potente y ha permitido que encontremos mecanismos moleculares exactos el ser la base de estas enfermedades. En principio, nuestro protocolo se puede utilizar en tan muchas maneras diferentes que ni siquiera hemos previsto probablemente la mitad de ellas.”

Markku Varjosalo, director de investigación, instituto de la biotecnología y HiLIFE, universidad de Helsinki

La tecnología de la Mac-etiqueta es actualmente funcionando por el Dr. Varjosalo y sus consorcios de virólogos, de químicos medicinales y de otros investigadores del “omics” en la búsqueda para las proteínas druggable nuevas del ordenador principal como objetivos terapéuticos inhibir la infección SARS-CoV-2 y por lo tanto luchar Covid-19.

Source:
Journal reference:

Liu, X., et al. (2020) Combined proximity labeling and affinity purification−mass spectrometry workflow for mapping and visualizing protein interaction networks. Nature Protocols. doi.org/10.1038/s41596-020-0365-x.