Avertissement : Cette page est une traduction automatique de cette page à l'origine en anglais. Veuillez noter puisque les traductions sont générées par des machines, pas tous les traduction sera parfaite. Ce site Web et ses pages Web sont destinés à être lus en anglais. Toute traduction de ce site et de ses pages Web peut être imprécis et inexacte, en tout ou en partie. Cette traduction est fournie dans une pratique.

Les aides d'analyse de génome trouvent 568 gènes qui pilotent le cancer

L'analyse des génomes de 28.000 tumeurs de 66 types de cancer a mené à l'identification de 568 gènes de gestionnaire de cancer

Exécuté par le laboratoire génomique biomédical à IRB Barcelone, l'étude a permis une modification majeure de la plate-forme intégratrice (IntOGen) d'OncoGenomics, destinée à recenser les gènes mutationnels de gestionnaire de cancer.

Publié en nature observe le cancer, les résultats fournissent l'instantané le plus complet de l'abrégé des gènes de gestionnaire de cancer jusqu'à présent.

Le cancer est un groupe des maladies caractérisées par la croissance des cellules excessive provoquée par des mutations, et toute autre altération dans le génome des cellules. Une tumeur peut présenter des centaines aux milliers de mutations, mais seulement quelques uns sont indispensables pour sa capacité tumorigène.

Ces mutations principales affectent le fonctionnement des gènes de gestionnaire de cancer. La conclusion des gènes qui hébergent des mutations de ce gestionnaire de cancer est l'un des objectifs principaux dans la cancérologie.

Les chercheurs du laboratoire génomique biomédical d'IRB Barcelone, abouti par le chercheur Núria López-Bigas d'ICREA, ont exécuté une analyse de calcul considérable d'environ 28.000 tumeurs de 66 types de cancer et ont recensé 568 gènes de gestionnaire de cancer.

Ces gènes pivotalement jouent des rôles spécifiques dans le règlement de la croissance des cellules, du cycle cellulaire et de la réplication de l'ADN, notamment. Les mutations en ces gènes, s'entretiennent les cellules malignes la capacité de se reproduire rapidement et sans fin, d'éluder le système immunitaire et d'autres systèmes de défense, de répandre et envahir d'autres tissus, et de modifier l'environnement selon leur avantage, entre d'autres capacités.

L'abrégé des gènes de gestionnaire fournit des chercheurs de cancer, dans le clinique et le réglage de recherche fondamentale, avec la connaissance essentielle et lui a un choc important sur la prise de décision clinique,

Par exemple, si nous savons que la capacité tumorigène d'une tumeur se fonde sur une protéine spécifique, un traitement visé approuvé - c.-à-d., des anticorps ou d'autres inhibiteurs gênant son fonctionnement peuvent être utilisés par des oncologistes pour soigner le patient », il ajoute.

Núria López-Bigas, chercheur d'ICREA

La plupart des gènes de gestionnaire de cancer sont hautement spécifiques

Avec l'identification des 568 gènes de gestionnaire de cancer, les chercheurs ont observé que les la plupart sont hautement spécifiques et avec leurs mutations capables de déclencher seulement quelques types de tumeur. Cependant, il y a un petit groupe, représentant moins de 2% de ceux recensés, qui est très polyvalent et peut piloter plus de 20 types de cancer différents.

« Bien qu'on l'a su que les gènes de gestionnaire de cancer ont le degré différent de spécificité puisqu'ils ont été recensés la première fois, avoir cet instantané de l'abrégé nous a permis d'aborder cette question il d'une voie impartiale, » dit Abel González Perez, associé de recherches dans le laboratoire génomique biomédical, qui a également abouti l'étude.

Les études précédentes par d'autres groupes ont prouvé que des cancers sont provoqués par une moyenne de 4 mutations principales en gènes de gestionnaire de cancer.

Quelques types de cancer, caractérisés par un nombre peu élevé des mutations, présentent seulement une mutation en ces gènes, alors que d'autres qui présentent type beaucoup de mutations, telles que les tumeurs côlorectales et d'utérus, supportent à 10. L'autre altération génomique, telle que des variantes structurelles, change dans le nombre de copies de gènes, et les mutations affectant des endroits de non-codage du génome contribuent également à la tumorigenèse.

Choix positif comme indicateur

Les configurations mutationnelles étonnantes dans un gène, différent du prévu sous la neutralité, constituent des signes qu'elles sont sous le choix positif dans la tumorigenèse. Les chercheurs d'IRB Barcelone emploient ces signes de choix positif de recenser les gènes mutationnels de gestionnaire.

Pour calculer ces signes, l'accumulation de mutations sous la neutralité doit être exactement modélisée pour tous les gènes, de sorte que des écarts de n'importe quel gène de la configuration prévue puissent être promptement repérés.

Les signes de choix positif qui sont exploités pour recenser les gènes mutationnels de gestionnaire sont, par exemple, le nombre anormalement élevé de mutations dans un gène ou une distribution inattendue des mutations le long de la séquence d'un gène.

En ce dernier article, publié dans la nature de tourillon observe le cancer, le présent de chercheurs une mise à jour de la plate-forme d'IntOGen d'ouvert-accès, y compris les valeurs calculées pour ces signes en travers de tous les gènes mutationnels de gestionnaire.

« La plate-forme d'IntOGen fournit l'infrastructure idéale pour la mise à jour systématique de l'abrégé, pendant que plus de tumeur ordonnançant des caractéristiques sont déchargées dans le domaine public, » dit le premier l'auteur Francisco Martínez-Jiménez, chercheur post-doctoral dans le laboratoire génomique biomédical.

Enrichir l'interprète de génome de cancer

Le laboratoire génomique biomédical a précédemment développé une plate-forme appelée l'interprète de génome de cancer, destiné à supporter la prise de décision clinique en oncologie.

L'abrégé récent publié des gènes de gestionnaire dans chaque type de cancer, ainsi que leurs configurations mutationnelles en travers des tumeurs, alimenteront la version neuve de l'interprète de génome de cancer, en cours de développement, de ce fait raffinant sa capacité de recenser les mutations qui peuvent être principales pour la tumeur d'une personne, et qui constituent les objectifs thérapeutiques.

L'instantané de l'abrégé des gènes de gestionnaire, et le système de calcul employé pour le produire sont librement à la disposition des chercheurs cliniques et fondamentaux de cancer pour l'exploration et le téléchargement.

Source:
Journal reference:

Martínez-Jiménez, F., et al. (2020) A compendium of mutational cancer driver genes. Nature Reviews Cancer. doi.org/10.1038/s41568-020-0290-x.