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As ajudas da análise do genoma detectam 568 genes que conduzem o cancro

A análise dos genomas de 28.000 tumores de 66 tipos de cancro conduziu à identificação de 568 genes do motorista do cancro

Executado pelo laboratório biomedicável da genómica em IRB Barcelona, o estudo permitiu uma actualização principal da plataforma Integrative (IntOGen) de OncoGenomics, visada identificar genes mutational do motorista do cancro.

Publicado no cancro das revisões da natureza, os resultados fornecem o instantâneo o mais completo do compêndio de genes do motorista do cancro até agora.

O cancro é um grupo de doenças caracterizadas por crescimento descontrolado da pilha causado por mutações, e outras alterações no genoma das pilhas. Um tumor pode apresentar das centenas aos milhares de mutações, mas somente alguns são vitais para sua capacidade tumorigenic.

Estas mutações chaves afectam a função de genes do motorista do cancro. Encontrar os genes que abrigam mutações deste motorista do cancro é um dos objectivos principais na investigação do cancro.

Os pesquisadores do laboratório biomedicável da genómica de IRB Barcelona, conduzido pelo pesquisador Núria López-Bigas de ICREA, executaram uma análise computacional extensiva de ao redor 28.000 tumores de 66 tipos de cancro e identificaram 568 genes do motorista do cancro.

Estes genes giratórios jogam papéis específicos no regulamento do crescimento da pilha, do ciclo de pilha e da réplica do ADN, entre outros. Mutações nestes genes, pilhas confer malignos a capacidade reproduzir ràpida e infinita, iludir o sistema imunitário e outros sistemas de defesa, espalhar e invadir outros tecidos, e alterar o ambiente a seu benefício, entre outras capacidades.

O compêndio de genes do motorista fornece pesquisadores do cancro, no clínico e o ajuste da investigação básica, com conhecimento crucial e ele tem um impacto importante na tomada de decisão clínica,

Por exemplo, se nós sabemos que a capacidade tumorigenic de um tumor confia em uma proteína específica, uma terapia visada aprovada - isto é, os anticorpos ou outros inibidores que impedem sua função podem ser empregados por oncologistas para tratar o paciente”, ela adicionam.

Núria López-Bigas, pesquisador de ICREA

A maioria de genes do motorista do cancro são altamente específicos

Com a identificação dos 568 genes do motorista do cancro, os pesquisadores observaram que a maioria são altamente específicos e com suas mutações capazes de provocar somente alguns tipos do tumor. Contudo, há um grupo pequeno, esclarecendo menos de 2% daqueles identificados, que é muito versátil e pode conduzir mais de 20 tipos diferentes de cancro.

“Embora se soube que os genes do motorista do cancro têm o grau diferente de especificidade desde que foram identificados primeiramente, ter este instantâneo do compêndio permitiu que nós enderecem esta pergunta ele em uma maneira imparcial,” diz Abel González Pérez, investigador associado no laboratório biomedicável da genómica, que igualmente conduziu o estudo.

Os estudos precedentes por outros grupos mostraram que os cancros estão causados por uma média de 4 mutações chaves em genes do motorista do cancro.

Alguns tipos de cancro, caracterizados por um baixo número de mutações, presente somente uma mutação nestes genes, quando outro que apresenta tipicamente muitas mutações, tais como tumores colorectal e do útero, sustentar a 10. Outras alterações genomic, tais como variações estruturais, mudam no número de cópias dos genes, e as mutações que afetam áreas da não-codificação do genoma igualmente contribuem ao tumorigenesis.

Selecção positiva como um indicador

Os testes padrões mutational surpreendentes em um gene, diferente do esperado sob a neutralidade, constituem sinais que estão sob a selecção positiva no tumorigenesis. Os pesquisadores de IRB Barcelona usam estes sinais da selecção positiva identificar genes mutational do motorista.

Para computar estes sinais, a acumulação de mutações sob a neutralidade precisa de ser modelada exactamente para todos os genes, de modo que os desvios de todo o gene do teste padrão previsto possam prontamente ser manchados.

Os sinais da selecção positiva que são explorados para identificar genes mutational do motorista são, por exemplo, o número anormalmente alto de mutações em um gene ou uma distribuição inesperada das mutações ao longo da seqüência de um gene.

Neste artigo o mais atrasado, publicado na natureza do jornal revê o cancro, o presente dos pesquisadores uma actualização da plataforma de IntOGen do aberto-acesso, incluindo os valores computados para estes sinais através de todos os genes mutational do motorista.

“A plataforma de IntOGen fornece a infra-estrutura ideal para a actualização sistemática do compêndio, enquanto mais tumor que arranja em seqüência dados é liberado no public domain,” diz primeiro autor Francisco Martínez-Jiménez, pesquisador pos-doctoral no laboratório biomedicável da genómica.

Enriquecendo o intérprete do genoma do cancro

O laboratório biomedicável da genómica desenvolveu previamente uma plataforma chamada o intérprete do genoma do cancro, visado apoiar a tomada de decisão clínica na oncologia.

O compêndio recentemente publicado de genes do motorista em cada tipo do cancro, assim como seus testes padrões mutational através dos tumores, alimentarão a versão nova do intérprete do genoma do cancro, em desenvolvimento, assim refinando sua capacidade de identificar as mutações que podem ser chaves para o tumor de um indivíduo, e que constituem alvos terapêuticos.

O instantâneo do compêndio de genes do motorista, e o sistema computacional usado para produzi-lo estão livremente disponíveis aos pesquisadores clínicos e básicos do cancro para a exploração e a transferência.

Source:
Journal reference:

Martínez-Jiménez, F., et al. (2020) A compendium of mutational cancer driver genes. Nature Reviews Cancer. doi.org/10.1038/s41568-020-0290-x.