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L'étude génomique montre les introductions multiples SARS-CoV-2 et diverses dans la région de capitale des USA

Une étude récente aboutie par les chercheurs à partir de l'Université John Hopkins indique les introductions multiples et diverses des coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère dans la région de capitaux nationaux des Etats-Unis pendant la première étape de la pandémie de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-19). L'étude est actuellement disponible sur le serveur de prétirage de medRxiv*.

Peu après son émergence en Chine fin décembre 2019, SARS-CoV-2 écarté rapidement partout dans le monde, provoquant plus de 22,25 millions a confirmé des cas de l'infection SARS-CoV-2 et plus de 783.000 a associé les morts, à partir du 20 août 2020th . À cause des éditions de réglementation, il y avait un déficit dans la capacité diagnostique pour COVID-19 aux Etats-Unis jusqu'à début mars 2020. Cependant, l'analyse rétrospective des cas de COVID propose maintenant l'établissement de la boîte de vitesses de communauté aux Etats-Unis à partir de janvier février 2020.

Modèle actuel d'étude

Dans l'étude actuelle, les chercheurs ont effectué le séquençage du génome entier de 620 échantillons SARS-CoV-2 cliniques, qui ont été rassemblés par le système de santé de Johns Hopkins entre les 11-31 mars 2020, pour vérifier l'écart initial de SARS-CoV-2 dans la région de capitaux nationaux des Etats-Unis. Le nombre d'échantillons analysés dans l'étude a couvert presque 37% de tous les cas diagnostiqués dans la région au cours de la période donnée. De plus, les chercheurs ont exécuté une analyse entre les caractéristiques de ordonnancement génomiques et les phénotypes de la maladie pour comprendre si le génotype viral est marqué avec la gravité de la maladie ou le transmissibility viral.  

Corrélation entre la diversité génétique et la gravité de la maladie virales

Des échantillons expérimentaux totaux, les chercheurs ont sélecté 143 pour l'ordonnancement génomique, qui a produit 114 génomes SARS-CoV-2 complets. Ils ont utilisé un amplicon de carrelage ordonnançant la méthode pour obtenir les génomes viraux complets. Tout en analysant, ils ont constaté que les échantillons avec un titre viral élevé, ainsi que les échantillons se sont rassemblés pendant la phase précoce d'infection, sont plus efficaces en produisant des génomes complets.

Ensuite, eux comparés ces caractéristiques génomiques virales avec des phénotypes de la maladie et entrées multiples trouvées de SARS-CoV-2 dans la région. D'une manière primordiale, les chercheurs ont observé que pour beaucoup de patients, il n'y avait aucune histoire de course ou histoire de contact avec les personnes infectées. Ceci indique que la boîte de vitesses de communauté avait été déjà commencée dans cette région en mars 2020. Cependant, ils n'ont observé aucun lien spécifique entre les variations génétiques de SARS-CoV-2 et les résultats de la maladie en termes d'hospitalisation ou admission aux unités de soins intensifs (ICUs). Ceci indique qu'en dépit de avoir la diversité génétique, il n'y a aucune corrélation entre le génotype et la gravité de la maladie viraux.

En analysant des caractéristiques de ordonnancement génomiques des échantillons cliniques rassemblés de 40 patients hospitalisés et de 22 ICU a admis des patients, les chercheurs a indiqué que la présentation clinique de la maladie n'est pas seulement associée aux mutations virales (diversité). Il peut y avoir d'autres facteurs qui modulent collectivement des résultats patients. Cette observation a été encore renforcée par le fait que les échantillons prélevés des patients sévèrement affectés, y compris ceux exigeant la ventilation artificielle, ont eu les virus qui appartiennent à chacun des cinq clades phylogénétiques importants.

Le bas débit de variabilité génétique de SARS-CoV-2 peut être dû à la présence de la polymérase ARN avec corriger sur épreuves l'activité. D'ailleurs, il y a moins de pression évolutionnaire sur SARS-CoV-2 à cause de la transmission du virus très rapide ainsi que de l'immunité minimale d'hôte de contrecarrer le virus. Tous ces facteurs ensemble peuvent être responsables des variations génétiques limitées trouvées en génomes SARS-CoV-2.   

Réaction COVID-19 diagnostique pendant le contrôle SARS-CoV-2 initial dans le système de santé de Johns Hopkins. (a) Nombre cumulatif des tests positifs dans la condition du Maryland (barres blanches) et dans le système de santé de Johns Hopkins (JHHS ; barres noires). (b) Valeur de CT du RT-PCR SARS-CoV-2 (S-gène) contre des jours de début patient de sympt40me. Équiper de caractéristiques de la courbure de LOESS (ligne de régression blanche). Deux massifs détachés (jours de début = 5 semaines, valeur de CT = 30 et jours de début = 28 jours, valeur de CT = 31) ne sont pas montrés. (c) Répartition par âges des patients SARS-CoV-2 dans le JHHS.
Réaction COVID-19 diagnostique pendant le contrôle SARS-CoV-2 initial dans le système de santé de Johns Hopkins. (a) Nombre cumulatif des tests positifs dans la condition du Maryland (barres blanches) et dans le système de santé de Johns Hopkins (JHHS ; barres noires). (b) Valeur de CT du RT-PCR SARS-CoV-2 (S-gène) contre des jours de début patient de sympt40me. Équiper de caractéristiques de la courbure de LOESS (ligne de régression blanche). Deux massifs détachés (jours de début = 5 semaines, valeur de CT = 30 et jours de début = 28 jours, valeur de CT = 31) ne sont pas montrés. (c) Répartition par âges des patients SARS-CoV-2 dans le JHHS.
Échantillons SARS-CoV-2 sélectés pour le séquençage du génome entier. Distribution (a) de valeur de CT, (b) âge, (c) sexe, et (d) date de ramassage pour des spécimens sélectés pour le séquençage du génome entier (barres blanches), et des spécimens qui ont produit des génomes complets (barres noires). Seulement des spécimens avec des valeurs connues sont compris dans chaque plot. (e) Mutations en travers du génome SARS-CoV-2 en chacun des 114 génomes complets (rangées), binned dans 60 hublots de nucléotide. Rouge = variante unique de nucléotide, bleu-clair = base masquée comme N dû à l
Échantillons SARS-CoV-2 sélectés pour l'ordonnancement d'entier-génome. Distribution (a) de valeur de CT, (b) âge, (c) sexe, et (d) date de ramassage pour des spécimens sélectés pour l'entier-génome ordonnançant (barres blanches), et des spécimens qui ont produit des génomes complets (barres noires). Seulement des spécimens avec des valeurs connues sont compris dans chaque plot. (e) Mutations en travers du génome SARS-CoV-2 en chacun des 114 génomes complets (rangées), binned dans 60 hublots de nucléotide. Rouge = variante unique de nucléotide, bleu-clair = base masquée comme N dû à l'abandon scolaire d'amplicon ; la base bleu-foncé = ambiguë (n) due à variante-appeler publie dans des régions de homopolymère. Des rangées sont groupées par la distance de Hamming entre les séquences et coloré par les clades phylogénétiques (19A-20C, voient la figue 3). (f) Compte de génomes complets (sur 114) avec une variante à chaque site. Des mutations de clade-définition principales sont marquées.

Signification d'étude

Les chercheurs croient que les découvertes actuelles d'étude permettront une meilleure compréhension de l'évolution SARS-CoV-2 ainsi que de sa relation toujours changeante avec des résultats patients. De plus, pour comprendre la diversité génomique virale à la première étape de la pandémie COVID-19, il est essentiel de suivre ces variations génétiques et de trouver des rectifications entre la génétique et la gravité de la maladie virales pour assurer l'efficacité des contre-mesures (des vaccins et des médicaments thérapeutiques) qui deviennent procurables pour aborder la pandémie.     

Dans l'étude actuelle, les chercheurs également comparés la diversité génomique virale entre différentes villes des États-Unis. Les caractéristiques ont indiqué que les variations génétiques de SARS-CoV-2 observé à New York City semble être assimilées à cela observée dans la région de capitaux nationaux parce que les entrées virales se sont produites des périodes multiples dans les deux régions.     

Approche future

Les chercheurs planification pour continuer leur enquête en comparant les caractéristiques de ordonnancement génomiques des échantillons viraux rassemblés pendant et après la période d'arrêt. Ceci aidera à comprendre le choc de l'arrêt ainsi que les modes de l'écart viral dans cette région.     

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Source:
Journal reference:
Dr. Sanchari Sinha Dutta

Written by

Dr. Sanchari Sinha Dutta

Dr. Sanchari Sinha Dutta is a science communicator who believes in spreading the power of science in every corner of the world. She has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree and a Master's of Science (M.Sc.) in biology and human physiology. Following her Master's degree, Sanchari went on to study a Ph.D. in human physiology. She has authored more than 10 original research articles, all of which have been published in world renowned international journals.

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