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O estudo da genómica mostra as introduções SARS-CoV-2 múltiplas e diversas na região da capital dos E.U.

Um estudo recente conduzido pelos pesquisadores da Universidade Johns Hopkins revela introduções múltiplas e diversas do coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) na região do capital nacional dos Estados Unidos durante a fase inicial de pandemia da doença 2019 do coronavirus (COVID-19). O estudo está actualmente disponível no server da pré-impressão do medRxiv*.

Logo após sua emergência em China fim de dezembro de 2019, SARS-CoV-2 espalhado ràpida pelo mundo inteiro, causando sobre 22,25 milhões confirmou casos da infecção SARS-CoV-2 e sobre 783.000 relacionou mortes, o 20 de agosto de 2020th . Devido às edições reguladoras, havia um deficit na capacidade diagnóstica para COVID-19 nos Estados Unidos até o princípio de março de 2020. Contudo, a análise retrospectiva de casos de COVID sugere agora o estabelecimento da transmissão da comunidade nos Estados Unidos desde janeiro-fevereiro de 2020.

Projecto actual do estudo

No estudo actual, os pesquisadores realizaram arranjar em seqüência inteiro do genoma de 620 amostras SARS-CoV-2 clínicas, que foram recolhidas pelo sistema da saúde de Johns Hopkins entre os 11-31 de março de 2020, para investigar a propagação inicial de SARS-CoV-2 na região do capital nacional dos Estados Unidos. O número de amostras analisadas no estudo cobriu quase 37% dos casos totais diagnosticados na região durante o período dado. Além, os pesquisadores executaram uma análise entre dados e fenótipos arranjando em seqüência genomic da doença para compreender se o genótipo viral é correlacionado com a severidade da doença ou o transmissibility viral.  

Correlação entre a diversidade genética viral e a severidade da doença

De amostras experimentais totais, os pesquisadores seleccionaram 143 para arranjar em seqüência genomic, que produziu 114 genomas SARS-CoV-2 completos. Empregaram um amplicon da telha que arranja em seqüência o método para obter genomas virais completos. Ao analisar, encontraram que as amostras com um titer viral alto, assim como as amostras recolheram na fase adiantada de infecção, são mais eficazes em gerar genomas completos.

Em seguida, compararam estes dados genomic virais com os fenótipos da doença e encontraram entradas múltiplas de SARS-CoV-2 na região. Importante, os pesquisadores observaram que para muitos pacientes, não havia nenhuma história do curso ou história do contacto com pessoas contaminadas. Isto indica que a transmissão da comunidade tinha sido começada já nessa região em março de 2020. Contudo, não observaram nenhuma conexão específica entre variações genéticas de SARS-CoV-2 e resultados da doença em termos da hospitalização ou da admissão às unidades de cuidados intensivos (ICUs). Isto indica que apesar de ter a diversidade genética, não há nenhuma correlação entre o genótipo viral e a severidade da doença.

Analisando dados arranjando em seqüência genomic das amostras clínicas recolhidas de 40 hospitalizou pacientes e 22 ICU admitiram pacientes, pesquisadores revelaram que a apresentação clínica da doença não está associada unicamente com as mutações virais (diversidade). Pode haver outros factores que modulam colectivamente resultados pacientes. Esta observação foi reforçada mais pelo facto de que as amostras tomadas dos pacientes severamente afetados, incluindo aqueles que exigem a ventilação mecânica, tiveram os vírus que pertencem a todos os cinco clades filogenéticas principais.

O mais desprezado da variabilidade genética de SARS-CoV-2 pode ser devido à presença de polimerase de RNA com correcção da actividade. Além disso, há menos pressão evolucionária em SARS-CoV-2 devido à transmissão viral muito rápida assim como à imunidade mínima do anfitrião neutralizar o vírus. Todos estes factores junto podem ser responsáveis para as variações genéticas limitadas encontradas nos genomas SARS-CoV-2.   

Resposta COVID-19 diagnóstica durante a fiscalização SARS-CoV-2 inicial no sistema da saúde de Johns Hopkins. (a) Número cumulativo de testes positivos no estado de Maryland (barras brancas) e dentro do sistema da saúde de Johns Hopkins (JHHS; barras pretas). (b) Valor de SARS-CoV-2 RT-PCR CT (S-gene) contra dias do início paciente do sintoma. Dados cabidos com a curva do LOESS (linha de regressão branca). Dois outliers (dias do início = 5 semanas, valor do CT = 30 e dias do início = 28 dias, valor do CT = 31) não são mostrados. (c) Distribuição de idade dos pacientes SARS-CoV-2 dentro do JHHS.
Resposta COVID-19 diagnóstica durante a fiscalização SARS-CoV-2 inicial no sistema da saúde de Johns Hopkins. (a) Número cumulativo de testes positivos no estado de Maryland (barras brancas) e dentro do sistema da saúde de Johns Hopkins (JHHS; barras pretas). (b) Valor de SARS-CoV-2 RT-PCR CT (S-gene) contra dias do início paciente do sintoma. Dados cabidos com a curva do LOESS (linha de regressão branca). Dois outliers (dias do início = 5 semanas, valor do CT = 30 e dias do início = 28 dias, valor do CT = 31) não são mostrados. (c) Distribuição de idade dos pacientes SARS-CoV-2 dentro do JHHS.
Amostras SARS-CoV-2 selecionadas para arranjar em seqüência inteiro do genoma. Distribuição (a) do valor do CT, (b) idade, (c) sexo, e (d) tâmara da coleção para os espécimes selecionados para o genoma inteiro que arranja em seqüência (barras brancas), e os espécimes que produziram genomas completos (barras pretas). Somente os espécimes com valores conhecidos são incluídos em cada lote. (e) Mutações através do genoma SARS-CoV-2 em todos os 114 genomas completos (fileiras), binned em 60 indicadores do nucleotide. Vermelho = única variação do nucleotide, luz - azul = base mascarada como N devido à saída do amplicon; escuro - azul = base ambígua (N) devido às edições dechamada em regiões do homopolymer. As fileiras são aglomeradas pela distância de Hamming entre seqüências e coloridas por clades filogenéticas (19A-20C, vêem o figo 3). (f) Contagem de genomas completos (fora de 114) com uma variação em cada local. As mutações dedefinição chaves são etiquetadas.
Amostras SARS-CoV-2 selecionadas para arranjar em seqüência do inteiro-genoma. Distribuição (a) do valor do CT, (b) idade, (c) sexo, e (d) tâmara da coleção para os espécimes selecionados para o inteiro-genoma que arranja em seqüência (barras brancas), e os espécimes que produziram genomas completos (barras pretas). Somente os espécimes com valores conhecidos são incluídos em cada lote. (e) Mutações através do genoma SARS-CoV-2 em todos os 114 genomas completos (fileiras), binned em 60 indicadores do nucleotide. Vermelho = única variação do nucleotide, luz - azul = base mascarada como N devido à saída do amplicon; escuro - azul = base ambígua (N) devido às edições dechamada em regiões do homopolymer. As fileiras são aglomeradas pela distância de Hamming entre seqüências e coloridas por clades filogenéticas (19A-20C, vêem o figo 3). (f) Contagem de genomas completos (fora de 114) com uma variação em cada local. As mutações dedefinição chaves são etiquetadas.

Significado do estudo

Os pesquisadores acreditam que os resultados actuais do estudo permitirão uma compreensão melhor da evolução SARS-CoV-2 assim como de seu relacionamento nunca-em mudança com resultados pacientes. Além, para compreender a diversidade genomic viral na fase inicial da pandemia COVID-19, é essencial seguir estas variações genéticas e detectar correcções entre genéticas virais e severidade da doença para assegurar a eficácia das medidas defensivas (vacinas e medicinas terapêuticas) que se estão tornando disponíveis para abordar a pandemia.     

No estudo actual, os pesquisadores igualmente compararam a diversidade genomic viral entre cidades diferentes dos E.U. Os dados revelaram que as variações genéticas de SARS-CoV-2 observado em New York City parecem ser similares àquela observada na região do capital nacional porque as entradas virais ocorreram épocas múltiplas em ambas as regiões.     

Aproximação futura

Os pesquisadores estão planeando continuar sua investigação comparando os dados arranjando em seqüência genomic das amostras virais recolhidas durante e depois do período da parada programada. Isto ajudará a compreender o impacto da parada programada assim como os modos de propagação viral dentro desta região.     

Observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Source:
Journal reference:
Dr. Sanchari Sinha Dutta

Written by

Dr. Sanchari Sinha Dutta

Dr. Sanchari Sinha Dutta is a science communicator who believes in spreading the power of science in every corner of the world. She has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree and a Master's of Science (M.Sc.) in biology and human physiology. Following her Master's degree, Sanchari went on to study a Ph.D. in human physiology. She has authored more than 10 original research articles, all of which have been published in world renowned international journals.

Citations

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