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El estudio de la genómica muestra las introducciones múltiples y diversas SARS-CoV-2 en la región de la capital de los E.E.U.U.

Un estudio reciente llevado por los investigadores de la Universidad John Hopkins revela las introducciones múltiples y diversas del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática en la región de la capital nacional de Estados Unidos durante la fase inicial del pandémico de la enfermedad 2019 del coronavirus (COVID-19). El estudio está actualmente disponible en el servidor de la prueba preliminar del medRxiv*.

Pronto después de su aparición en China finales de diciembre de 2019, SARS-CoV-2 extendido rápidamente por todo el mundo, dando lugar sobre 22,25 millones confirmó casos de la infección SARS-CoV-2 y sobre 783.000 relacionó muertes, el 20 de agosto de 2020th . Debido a entregas reguladoras, había un déficit en la capacidad diagnóstica para COVID-19 en los Estados Unidos hasta principios de marzo de 2020. Sin embargo, el análisis retrospectivo de los casos de COVID ahora sugiere los efectivoses de la transmisión de la comunidad en los Estados Unidos a partir de enero-febrero de 2020.

Diseño actual del estudio

En el estudio actual, los investigadores realizaron la secuencia entera del genoma de 620 muestras clínicas SARS-CoV-2, que cerco por el sistema de la salud de Johns Hopkins entre el 11-31 de marzo de 2020, para investigar la extensión inicial de SARS-CoV-2 en la región de la capital nacional de Estados Unidos. El número de muestras analizadas en el estudio revistió el casi 37% de los casos totales diagnosticados en la región durante el período dado. Además, los investigadores realizaron un análisis entre los datos y los fenotipos de secuencia genomic de la enfermedad para entender si el genotipo viral se correlaciona con severidad de la enfermedad o transmisibilidad viral.  

Correlación entre la diversidad genética y la severidad virales de la enfermedad

De muestras experimentales totales, los investigadores seleccionaron 143 para la secuencia genomic, que produjo 114 genomas completos SARS-CoV-2. Emplearon un amplicon del embaldosado que ordenaba método para obtener los genomas virales completos. Mientras que analizaban, encontraron que las muestras con un alto título viral, así como las muestras cerco en la fase temprana de la infección, son más efectivos en generar los genomas completos.

Después, compararon estos datos genomic virales con fenotipos de la enfermedad y encontraron asientos múltiples de SARS-CoV-2 en la región. Importantemente, los investigadores observaron que para muchos pacientes, no había historia del viaje o historia del contacto con las personas infectadas. Esto indica que la transmisión de la comunidad había sido comenzada ya en esa región en marzo de 2020. Sin embargo, no observaron ninguna conexión específica entre las variaciones genéticas de SARS-CoV-2 y los resultados de la enfermedad en términos de hospitalización o admisión a las Unidades de Cuidados Intensivos (ICUs). Esto indica que a pesar de tener diversidad genética, no hay correlación entre el genotipo y la severidad virales de la enfermedad.

Analizando datos de secuencia genomic de las muestras clínicas cerco a partir del 40 hospitalizó a pacientes y 22 ICU admitieron a los pacientes, los investigadores revelaron que la presentación clínica de la enfermedad no está asociada solamente a las mutaciones virales (diversidad). Puede haber otros factores que modulan colectivamente resultados pacientes. Esta observación fue fortalecida más a fondo por el hecho de que las muestras recogidas de pacientes seriamente afectados, incluyendo ésos que requerían la ventilación mecánica, tenían virus que pertenecen a los cinco clades filogenéticos importantes.

El más de tarifa reducida de la variabilidad genética de SARS-CoV-2 puede ser debido a la presencia de polimerasa de ARN con corregir actividad. Por otra parte, hay menos presión evolutiva sobre SARS-CoV-2 debido a la transmisión viral muy rápida así como la inmunidad mínima del ordenador principal para contrarrestar el virus. Todos estos factores juntos pueden ser responsables de las variaciones genéticas limitadas encontradas en los genomas SARS-CoV-2.   

Reacción diagnóstica COVID-19 durante la vigilancia inicial SARS-CoV-2 en el sistema de la salud de Johns Hopkins. (a) Número acumulativo de pruebas positivas en el estado de Maryland (barras blancas) y dentro del sistema de la salud de Johns Hopkins (JHHS; barras negras). (b) Valor de SARS-CoV-2 RT-PCR CT (S-gen) comparado con días del inicio paciente del síntoma. Datos ajustados con la curva del LOESS (línea de regresión blanca). Dos afloramientos (días del inicio = 5 semanas, valor del CT = 30 y los días del inicio = 28 días, valor del CT = 31) no se muestran. (c) Distribución de edad de los pacientes SARS-CoV-2 dentro del JHHS.
Reacción diagnóstica COVID-19 durante la vigilancia inicial SARS-CoV-2 en el sistema de la salud de Johns Hopkins. (a) Número acumulativo de pruebas positivas en el estado de Maryland (barras blancas) y dentro del sistema de la salud de Johns Hopkins (JHHS; barras negras). (b) Valor de SARS-CoV-2 RT-PCR CT (S-gen) comparado con días del inicio paciente del síntoma. Datos ajustados con la curva del LOESS (línea de regresión blanca). Dos afloramientos (días del inicio = 5 semanas, valor del CT = 30 y los días del inicio = 28 días, valor del CT = 31) no se muestran. (c) Distribución de edad de los pacientes SARS-CoV-2 dentro del JHHS.
Muestras SARS-CoV-2 seleccionadas para la secuencia entera del genoma. Distribución (a) del valor del CT, (b) edad, (c) sexo, y (d) fecha de la colección para los especímenes seleccionados para el genoma entero que ordena (barras blancas), y los especímenes que produjeron los genomas completos (barras negras). Solamente los especímenes con valores conocidos se incluyen en cada gráfico. (e) Mutaciones a través del genoma SARS-CoV-2 en los 114 genomas completos (filas), binned en 60 ventanas del nucleótido. Rojo = única variante del nucleótido, azul clara = base encubierta como N debido al marginado del amplicon; la base azul marino = ambigua (n) debido a la variante-llamada publica en regiones del homopolímero. Las filas son agrupadas por la distancia de Hamming entre las series y coloreadas por los clades filogenéticos (19A-20C, ven el higo 3). (f) Cuenta de los genomas completos (de 114) con una variante en cada sitio. Las mutaciones de clade-definición dominantes etiqueta.
Muestras SARS-CoV-2 seleccionadas para la secuencia del entero-genoma. Distribución (a) del valor del CT, (b) edad, (c) sexo, y (d) fecha de la colección para los especímenes seleccionados para el entero-genoma que ordena (barras blancas), y los especímenes que produjeron los genomas completos (barras negras). Solamente los especímenes con valores conocidos se incluyen en cada gráfico. (e) Mutaciones a través del genoma SARS-CoV-2 en los 114 genomas completos (filas), binned en 60 ventanas del nucleótido. Rojo = única variante del nucleótido, azul clara = base encubierta como N debido al marginado del amplicon; la base azul marino = ambigua (n) debido a la variante-llamada publica en regiones del homopolímero. Las filas son agrupadas por la distancia de Hamming entre las series y coloreadas por los clades filogenéticos (19A-20C, ven el higo 3). (f) Cuenta de los genomas completos (de 114) con una variante en cada sitio. Las mutaciones de clade-definición dominantes etiqueta.

Significación del estudio

Los investigadores creen que las conclusión actuales del estudio permitirán una mejor comprensión de la evolución SARS-CoV-2 así como de su lazo siempre cambiante con resultados pacientes. Además, para entender la diversidad genomic viral en la fase inicial del pandémico COVID-19, es esencial seguir estas variaciones genéticas y descubrir correcciones entre las genéticas y la severidad virales de la enfermedad para asegurar la eficacia de las contramedidas (las vacunas y remedio terapéutico) que están estando disponibles para abordar el pandémico.     

En el estudio actual, los investigadores también compararon la diversidad genomic viral entre diversas ciudades de los E.E.U.U. Los datos revelaron que las variaciones genéticas de SARS-CoV-2 observado en New York City parecen ser similares a ésa observada en la región del capital nacional porque ocurrieron los asientos virales las épocas múltiples en ambas regiones.     

Planteamiento futuro

Los investigadores están proyectando continuar su investigación comparando los datos de secuencia genomic de las muestras virales cerco durante y después del período del paro. Esto ayudará a entender el impacto del paro así como las maneras de la extensión viral dentro de esta región.     

Advertencia *Important

el medRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Source:
Journal reference:
Dr. Sanchari Sinha Dutta

Written by

Dr. Sanchari Sinha Dutta

Dr. Sanchari Sinha Dutta is a science communicator who believes in spreading the power of science in every corner of the world. She has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree and a Master's of Science (M.Sc.) in biology and human physiology. Following her Master's degree, Sanchari went on to study a Ph.D. in human physiology. She has authored more than 10 original research articles, all of which have been published in world renowned international journals.

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    Dutta, Sanchari Sinha. (2020, August 19). El estudio de la genómica muestra las introducciones múltiples y diversas SARS-CoV-2 en la región de la capital de los E.E.U.U.. News-Medical. Retrieved on November 28, 2020 from https://www.news-medical.net/news/20200819/Genomics-study-shows-multiple-and-diverse-SARS-CoV-2-introductions-in-the-US-capital-region.aspx.

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