Avertissement : Cette page est une traduction automatique de cette page à l'origine en anglais. Veuillez noter puisque les traductions sont générées par des machines, pas tous les traduction sera parfaite. Ce site Web et ses pages Web sont destinés à être lus en anglais. Toute traduction de ce site et de ses pages Web peut être imprécis et inexacte, en tout ou en partie. Cette traduction est fournie dans une pratique.

L'étude suit le taux de mutation du virus SARS-Cov-2

Depuis que COVID-19 a commencé sa marche menaçante en travers de Wuhan, Chine, en décembre 2019, et puis en travers du monde, le virus SARS-CoV-2 a pris une stratégie de « Qu'est ce que travaux » pour assurer sa réplication et écart.

Mais dans une étude neuve subissant l'inspection professionnelle, les chercheurs d'Université de l'Illinois et l'exposition de stagiaires le virus rectifie la tactique qui peut le rendre plus couronné de succès et plus stable.

Un groupe d'étudiants de troisième cycle dans une bio-informatique de premier semestre et un cours de Biologie de systèmes chez l'Illinois a suivi le taux de mutation dans le protéome du virus - la collection de protéines codée par le matériel génétique - par le temps, commençant par le premier génome SARS-CoV-2 publié en janvier et finissant plus de 15.300 génomes plus tard en mai.

L'équipe a trouvé quelques régions se défaire toujours activement des mutations neuves, indiquant l'adaptation continue à l'environnement d'hôte. Mais le taux de mutation dans d'autres régions a montré des signes de ralentissement, fusionnant autour des versions uniques des protéines principales.

C'est mauvaise nouvelle. Le virus est changeant et changeant, mais il maintient les choses qui sont les plus utiles ou intéressantes pour se. »

Gustavo Caetano-Anolles, auteur d'étude et professeur supérieurs de la bio-informatique, service des sciences de collecte, l'Illinois

D'une manière primordiale, cependant, la stabilisation de certaines protéines a pu être de bonnes nouvelles pour la demande de règlement de COVID-19.

Selon le premier Tre Tomaszewski auteur, un étudiant au doctorat dans l'école d'information Sciencesat l'Illinois, « dans la mise au point de vaccin, par exemple, vous devez savoir à ce que les anticorps fixent. Les mutations neuves pourraient changer tout, y compris la voie que des protéines sont construites, leur forme. Un objectif d'anticorps pourrait aller de la surface d'une protéine à être plié à l'intérieur de lui, et vous ne pouvez lui obtenir plus. Connaître quelles protéines et structure collent autour fournira des analyses importantes pour des vaccins et d'autres traitements. »

L'équipe de recherche a documenté un défilement ralenti général dans le taux de mutation du virus commençant en avril, après une première période d'évolution rapide. Cette stabilisation incluse dans la protéine de pointe, ces annexes de pokey qui donnent à des coronaviruses leur apparence couronnée.

Dans la pointe, les chercheurs ont constaté qu'un acide aminé au site 614 a été remplacé par des des autres (acide aspartique à la glycine), une mutation qui a succédé la population entière de virus pendant mars et avril.

« La pointe était une protéine complet différente au tout début qu'elle est maintenant. Vous pouvez à peine trouver cette première version maintenant, » Tomaszewski dit.

La protéine de pointe, qui est dispensée en deux domaines principaux, est responsable de fixer aux cellules humaines et de l'aide injectent le matériel génétique du virus, ARN, intérieur à reproduire. La mutation 614 brise une obligation importante entre les domaines et les sous-unités distincts de protéine dans la pointe.

« Pour quelque raison, ceci doit aider le virus à augmenter son étendre et pouvoir infectant en écrivant l'hôte. Ou bien la mutation ne serait pas maintenue, » Caetano-Anolles dit.

La mutation 614 a été associée aux charges virales accrues et au pouvoir infectant plus élevé dans une étude précédente, sans l'effet sur la gravité de la maladie. Cependant, dans une autre étude, la mutation a été jointe avec des régimes de fatalité de cas plus élevés. Tomaszewski dit bien que son rôle dans la virulence ait besoin de confirmation, la mutation négocie clairement l'entrée dans des cellules hôte et est pour cette raison critique pour la boîte de vitesses et l'écart de compréhension de virus.

Remarquablement, les sites à moins de deux autres protéines notables sont également devenus commencer plus stable en avril, y compris la protéine de la polymérase NSP12, qui reproduit l'ARN, et la protéine de la hélicase NSP13, qui corrige sur épreuves les boucles reproduites d'ARN.

« Chacune des trois mutations semble être coordonnées les uns avec les autres, » Caetano-Anolles dit. « Elles sont dans différentes molécules, mais elles suivent le même processus évolutif. »

Les chercheurs ont également noté des régions du protéome de virus devenant un temps traversant plus variable, qui peut nous donner un signe de quoi prévoir ensuite avec COVID-19. Particulièrement, ils ont trouvé des mutations croissantes dans la protéine de nucleocapsid, qui empaquette l'ARN du virus après avoir présenté une cellule hôte, et la protéine du viroporin 3a, qui produit des pores en cellules hôte pour faciliter le desserrage, la réplication, et la virulence viraux.

L'équipe de recherche dit ce sont des régions à observer, parce que la variabilité non-faite au hasard croissante en ces protéines propose que le virus recherche activement des voies d'améliorer son écart. Caetano-Anolles explique ces deux protéines nuisent la façon dont nos fuselages combattent le virus.

Ils sont les inhibiteurs principaux de la voie de bêta-interféron qui composent nos défenses antivirales. Leur mutation a pu expliquer les réactions immunitaires excessives responsables de tant de morts COVID-19.

« Considérer ce virus sera à notre milieu pendant quelque temps, nous espérons que l'exploration des voies mutationnelles peut anticiper des objectifs en mouvement pour la thérapeutique rapide et mise au point de vaccin pendant que nous nous préparons à la prochaine onde, » Tomaszewski dit. « Nous, avec des milliers d'autres chercheurs ordonnançant, chargement, et échantillons curating de génome par l'initiative de GISAID, continuerons à maintenir ce virus. »

Source:
Journal reference:

Tomaszewski, T., et al. (2020) New pathways of mutational change in SARS-CoV-2 proteomes involve regions of intrinsic disorder important for virus replication and release. BioRxiv. doi.org/10.1101/2020.07.31.231472.