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Deux objectifs viraux de gène ont eu besoin dans le dépistage SARS-CoV-2 par ACP, disent des chercheurs

Les chercheurs le Chan Zuckerberg Biohub, à San Francisco, et les collaborateurs ont mis en garde contre viser seulement un gène viral en effectuant le contrôle inverse de réaction en chaîne de transcriptase-polymérase (RT-PCR) pour le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère.

L'équipe a conduit une apparence d'étude qu'une mutation avait surgi dans le gène de N du virus qui a nui l'adoucissement d'une amorce utilisée généralement de RT-PCR.

Manu Vanaerschot et collègues indiquent que l'Organisation Mondiale de la Santé (WHO) recommande que dans quelques endroits où l'écart de communauté de SARS-CoV-2 est élevé, examiner de RT-PCR de juste un objectif discriminatoire soit considéré suffisamment.

Cependant, l'étude actuelle a recensé un changement de nucléotide d'une séquence d'amorce de gène de N qui a perturbé l'adoucissement et l'amplification, réduisant de ce fait la sensibilité diagnostique.

Les chercheurs disent que les découvertes supportent fortement l'utilisation courante au moins de deux objectifs en déterminant SARS-CoV-2 utilisant le RT-PCR, même dans les endroits où les débits de transmission sont élevés.

Une version de prétirage du papier est procurable sur le bioRxiv* de serveur, alors que l'article subit l'inspection professionnelle.

Image à microscope électronique de boîte de vitesses d
Image à microscope électronique de boîte de vitesses d'un isolat du premier cas des États-Unis de COVID-19, ancien connu sous le nom de 2019-nCoV. Les particules virales sphériques, bleu colorized, contiennent des coupes transversales par le génome viral, vu en tant que points noirs. Crédit d'image : CDC Hannah Bullock ; Azaibi Tamin

Le contrôle normal vise généralement plus d'un gène viral

L'essai individuel de série pour SARS-CoV-2 concerne utilisant le RT-PCR pour déterminer le génome viral dans les échantillons respiratoires, et ceci est habituellement effectué utilisant les paires d'amorce qui visent plus d'un gène viral.

Cependant, on pourrait adopter l'OMS recommande cela « dans les endroits où le virus COVID-19 est largement écarté, un algorithme plus simple dans lequel, par exemple, examiner par RT-PCR d'un objectif discriminatoire unique est considéré suffisamment. »

Des autorisations approuvées par le FDA d'utilisation de secours qui existent actuel, seulement l'écran 36 pour un objectif dans le RT-PCR analyse.

Le laboratoire COVID-19 diagnostique chez le Chan Zuckerberg Biohub et l'Université de Californie San Francisco (CLIAHUB) avait reçu des échantillons pour le NO--coût vérifiant des comtés variés en Californie depuis le 7 avril 2020th.

Le protocole concerne les analyses qui visent le gène de N et le gène d'E dans SAR-VoV-2, et d'autres groupes emploient couramment ces analyses.

Que l'étude a-t-elle concerné ?

En juillet, les chercheurs ont recensé le groupement de 35 échantillons provenant du comté de Madera qui a montré le rendement faible d'analyse pour le gène de N, mais provenant pas du gène d'E, et l'équipe s'est maintenant mise à recenser des raisons potentielles pour lesquelles.

Les chercheurs ont évalué la concordance des valeurs de seuil de cycle (Ct) pour les deux analyses dans 3.957 tests de SARS-CoV-2-positive qui ont été effectués entre le 27 mai et le 7 août. La valeur de Ct est une mesure relative de la concentration d'un objectif pendant l'ACP.

De 3.629 échantillons qui étaient positifs pour le gène d'E et le gène de N, la différence en valeur de Ct entre le gène de N et d'E (ΔCt [nord-est]) était 0,40.

L'équipe a défini deux jeux témoin de mutant de potentiel.

Le premier jeu (réglez A), qui a comporté 42 échantillons rassemblés du comté de Madera entre le 30 juinth et le 4 aoûtth, les échantillons inclus qui ont eu une valeur de ΔCt (nord-est) de 2,96 ou plus et une valeur 30 ou moins de Ct de gène d'E.

L'équipe enregistre que dans l'échantillon réglez A, le ΔCt (nord-est) était une moyenne de 5,35, représentant un handicap environ de 41 fois d'amplification du gène de N.

Le deuxième jeu témoin (réglez B), qui a comporté 19 échantillons rassemblés du comté de Madera au cours de la même période de temps, les échantillons inclus dont a eu une valeur de Ct de gène d'E plus de 30 et un ΔCt (nord-est) de plus de 2,96 ou une valeur de Ct de gène d'E de plus de 30 et aucune valeur de Ct de gène de N trouvée.

L'ordonnancement a recensé une mutation

Ordonnancement de l'éclat trouvé de gène de N dans les échantillons provenant du jeu A, recensé 34 échantillons qui ont eu une mutation unique dans l'accepteur d'amorce avant dans le gène de N, qui correspond à G29140T dans le génome SARS-CoV-2.

Les huit autres échantillons ont eu un éclat de gène du type sauvage N, indiquant que le ΔCt moyen plus élevé (nord-est) de 5,99 qui a été observé dans ces échantillons étaient des corps étrangers.

De 17 fait au hasard-a sélecté les échantillons témoins à partir du comté de Madera a eu une valeur de ΔCt (nord-est) dont moins de 2,96, aucun a contenu la mutation de G29140T.

L'ordonnancement de l'éclat trouvé de gène dans les échantillons provenant du jeu B a recensé douze échantillons qui ont eu la mutation de G29140T.

D'une manière primordiale, le RT-PCR visant le gène de N n'a pas trouvé SARS-COV-2 dans cinq de dix 10 échantillons, dit l'équipe.  

« Heureusement, ces cas pourraient encore être identifiés comme infecté au moyen de l'analyse de gène d'E, » écrivez les chercheurs.

Pour évaluer l'effet que la mutation de G29140T a eu sur la désignation d'objectifs d'ACP du gène de N, les chercheurs ont synthétisé une amorce avant de gène neuf de N qui a eu la complémentarité complète à la séquence mutée et comparé le rendement de cette amorce à l'amorce originelle parmi 16 14 de type sauvage échantillons de mutant et.

Parmi les échantillons de mutant, le ΔCt (nord-est) est tombé de 5,44 avec l'amorce originelle à 0,19 avec l'amorce mutée. Parmi des échantillons de type sauvage, le ΔCt (nord-est) a grimpé de 0,46 avec l'amorce originelle jusqu'à 7,34 avec l'amorce mutée.

« Ces caractéristiques valident que la mutation de G29140T est causale pour les valeurs anormales observées de Ct de gène de N, » disent l'équipe.

Au moins deux objectifs devraient être employés

Vanaerschot et collègues indiquent que les découvertes expliquent que même dans les endroits où l'écart de communauté de SARS-CoV-2 est élevé, les mutations puissent surgir qui nuisent la reconnaissance des amorces de RT-PCR et diminuent la sensibilité diagnostique. Ceci pourrait mener au sous-diagnostic si les laboratoires employaient seulement un objectif pour le dépistage SARS-CoV-2.

« Nos découvertes supportent fortement l'utilisation courante au moins de deux objectifs pour le dépistage SARS-CoV-2 par RT-PCR, » conclut l'équipe.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
  • Vanaerschot M, et al. Identification of a polymorphism in the N gene of SARS-CoV-2 that adversely impacts detection by a widely-used RT-PCR assay. bioRxiv 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.25.265074
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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