Aviso: Esta página é uma tradução automática da página original em inglês. Por favor note uma vez que as traduções são geradas por máquinas, não tradução tudo será perfeita. Este site e suas páginas da Web destinam-se a ler em inglês. Qualquer tradução deste site e suas páginas da Web pode ser imprecisas e imprecisos no todo ou em parte. Esta tradução é fornecida como uma conveniência.

Dois alvos virais do gene necessários na detecção SARS-CoV-2 pelo PCR, dizem pesquisadores

Os pesquisadores no Chan Zuckerberg Biohub, em San Francisco, e em colaboradores advertiram contra somente a escolha de objectivos de um gene viral ao realizar o teste reverso da reacção em cadeia da transcriptase-polimerase (RT-PCR) para o coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2).

A equipe conduziu uma exibição do estudo que uma mutação tinha elevarado no gene de N do vírus que danificou o recozimento de uma primeira demão de uso geral de RT-PCR.

Manu Vanaerschot e colegas diz que a Organização Mundial de Saúde (WHO) recomenda que em algumas áreas onde a propagação da comunidade de SARS-CoV-2 é alta, a selecção de RT-PCR de apenas um alvo discriminatório está considerada suficiente.

Contudo, o estudo actual identificou uma mudança do nucleotide em uma seqüência da primeira demão do gene de N que interrompesse o recozimento e a amplificação, reduzindo desse modo a sensibilidade diagnóstica.

Os pesquisadores dizem que os resultados apoiam fortemente o uso corrente pelo menos de dois alvos ao testar para SARS-CoV-2 usando RT-PCR, mesmo nas áreas onde as taxas de transmissão são altas.

Uma versão da pré-impressão do papel está disponível no bioRxiv* do server, quando o artigo se submeter à revisão paritária.

Elétron da transmissão - imagem microscópica de um isolado do primeiro exemplo dos E.U. de COVID-19, conhecido anteriormente como 2019-nCoV. As partículas virais esféricas, azul colorized, contêm secções transversais através do genoma viral, considerado como pontos pretos.
Elétron da transmissão - imagem microscópica de um isolado do primeiro exemplo dos E.U. de COVID-19, conhecido anteriormente como 2019-nCoV. As partículas virais esféricas, azul colorized, contêm secções transversais através do genoma viral, considerado como pontos pretos. Crédito de imagem: CDC/Hannah um boi; Azaibi Tamin

O teste padrão visa geralmente mais de um gene viral

O teste rotineiro para SARS-CoV-2 envolve usar RT-PCR para testar para o genoma viral em amostras respiratórias, e este é realizado geralmente usando os pares da primeira demão que visam mais de um gene viral.

Contudo, o WHO recomenda aquele “nas áreas onde o vírus COVID-19 é espalhado extensamente, um algoritmo mais simples pôde ser adotado em que, por exemplo, selecionar por RT-PCR de um único alvo discriminatório é considerado suficiente.”

Das autorizações aprovados pelo FDA do uso da emergência que existem actualmente, somente a tela 36 para um alvo em RT-PCR analisa.

O laboratório COVID-19 diagnóstico no Chan Zuckerberg Biohub e a Universidade da California San Francisco (CLIAHUB) tem recebido amostras para o nenhum-custo que testa dos vários condados em Califórnia desde o 7 de abril de 2020th.

O protocolo envolve os ensaios que visam o gene de N e o gene de E em SAR-VoV-2, e outros grupos usam geralmente estes ensaios.

Que o estudo envolveu?

Em julho, os pesquisadores identificaram uma aglomeração de 35 amostras de Madera County que mostrou o desempenho deficiente do ensaio para o gene de N, mas não do gene de E, e a equipe tem expor agora para identificar razões potenciais pelas quais.

Os pesquisadores avaliaram a concordância dos valores de ponto inicial (Ct) do ciclo para os dois ensaios em 3.957 testes de SARS-CoV-2-positive que foram conduzidos entre o 27 de maio e o 7 de agosto. O valor do Ct é uma medida relativa da concentração de um alvo durante o PCR.

De 3.629 amostras que eram positivas para o gene de E e o gene de N, a diferença no valor do Ct entre o gene de N e de E (ΔCt [nordeste]) era 0,40.

A equipe definiu dois grupos da amostra do mutante do potencial.

O primeiro grupo (ajuste A), que compreendeu 42 amostras recolhidas de Madera County entre o 30 de junhoth e o 4 de agostoth, as amostras incluídas que tiveram um valor de ΔCt (nordeste) de 2,96 ou mais e um valor 30 ou menos do Ct do gene de E.

A equipe relata que na amostra ajuste A, o ΔCt (nordeste) era uma média de 5,35, representando um prejuízo aproximado de 41 dobras da amplificação do gene de N.

O segundo grupo da amostra (ajuste B), que compreenderam 19 amostras recolhidas de Madera County durante o mesmo período de tempo, as amostras incluídas de que teve um valor do Ct do gene de E mais de 30 e um ΔCt (nordeste) de mais de 2,96 ou um valor do Ct do gene de E de mais de 30 e nenhum valor do Ct do gene de N detectado.

Arranjar em seqüência identificou uma mutação

Arranjar em seqüência do fragmento detectado do gene de N nas amostras do grupo A, identificado 34 amostras que tiveram uma única mutação no local obrigatório da primeira demão dianteira no gene de N, que corresponde a G29140T no genoma SARS-CoV-2.

Outras oito amostras tiveram um selvagem-tipo fragmento do gene de N, indicando que o ΔCt médio mais alto (nordeste) de 5,99 que foi observado nestas amostras era um produto manufacturado.

De 17 aleatório-seleccionou amostras de controle de Madera County de que teve um valor de ΔCt (nordeste) menos de 2,96, nenhum conteve a mutação de G29140T.

Arranjar em seqüência do fragmento detectado do gene nas amostras do grupo B identificou doze amostras que tiveram a mutação de G29140T.

Importante, RT-PCR que visa o gene de N não detectou SARS-COV-2 em cinco de dez 10 amostras, diz a equipe.  

“Felizmente, estes casos poderiam ainda ser reconhecidos como contaminado por meio do ensaio do gene de E,” escreva os pesquisadores.

Para avaliar o efeito que a mutação de G29140T teve na escolha de objectivos do PCR do gene de N, os pesquisadores sintetizaram uma primeira demão dianteira do gene novo de N que tivesse a complementaridade completa à seqüência transformada e compararam o desempenho desta primeira demão à primeira demão original entre 16 o mutante e 14 o tipo selvagem amostras.

Entre as amostras do mutante, o ΔCt (nordeste) caiu de 5,44 com a primeira demão original a 0,19 com a primeira demão transformada. Entre o selvagem-tipo amostras, o ΔCt (nordeste) aumentou de 0,46 com a primeira demão original a 7,34 com a primeira demão transformada.

“Estes dados validam que a mutação de G29140T é causal para os valores aberrantes observados do Ct do gene de N,” dizem a equipe.

Pelo menos dois alvos devem ser usados

Vanaerschot e os colegas dizem que os resultados demonstram que mesmo nas áreas onde a propagação da comunidade de SARS-CoV-2 é alta, as mutações podem elevarar que danificam o reconhecimento de primeiras demão de RT-PCR e diminuem a sensibilidade diagnóstica. Isto poderia conduzir ao sob-diagnóstico se os laboratórios usaram somente um alvo para a detecção SARS-CoV-2.

“Nossos resultados apoiam fortemente o uso corrente pelo menos de dois alvos para a detecção SARS-CoV-2 por RT-PCR,” concluem a equipe.

Observação *Important

o bioRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
  • Vanaerschot M, et al. Identification of a polymorphism in the N gene of SARS-CoV-2 that adversely impacts detection by a widely-used RT-PCR assay. bioRxiv 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.25.265074
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Robertson, Sally. (2020, August 27). Dois alvos virais do gene necessários na detecção SARS-CoV-2 pelo PCR, dizem pesquisadores. News-Medical. Retrieved on September 25, 2021 from https://www.news-medical.net/news/20200827/Two-viral-gene-targets-needed-in-SARS-CoV-2-detection-by-PCR-say-researchers.aspx.

  • MLA

    Robertson, Sally. "Dois alvos virais do gene necessários na detecção SARS-CoV-2 pelo PCR, dizem pesquisadores". News-Medical. 25 September 2021. <https://www.news-medical.net/news/20200827/Two-viral-gene-targets-needed-in-SARS-CoV-2-detection-by-PCR-say-researchers.aspx>.

  • Chicago

    Robertson, Sally. "Dois alvos virais do gene necessários na detecção SARS-CoV-2 pelo PCR, dizem pesquisadores". News-Medical. https://www.news-medical.net/news/20200827/Two-viral-gene-targets-needed-in-SARS-CoV-2-detection-by-PCR-say-researchers.aspx. (accessed September 25, 2021).

  • Harvard

    Robertson, Sally. 2020. Dois alvos virais do gene necessários na detecção SARS-CoV-2 pelo PCR, dizem pesquisadores. News-Medical, viewed 25 September 2021, https://www.news-medical.net/news/20200827/Two-viral-gene-targets-needed-in-SARS-CoV-2-detection-by-PCR-say-researchers.aspx.