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Dos objetivos virales del gen necesitaron en la detección SARS-CoV-2 por la polimerización en cadena, dicen a investigadores

Los investigadores en el Chan Zuckerberg Biohub, San Francisco, y los colaboradores han advertido contra solamente el alcance de un gen viral al realizar la prueba reversa de la reacción en cadena de la transcriptase-polimerasa (RT-PCR) para el coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática.

Las personas conducto una demostración del estudio que una mutación se había presentado en el gen de N del virus que empeoró la esmaltación de una pintura de fondo de uso general de RT-PCR.

Manu Vanaerschot y colegas dice que la Organización Mundial de la Salud (WHO) recomienda que en algunas áreas donde está alta la extensión de la comunidad de SARS-CoV-2, la investigación de RT-PCR de apenas un objetivo discriminatorio está considerada suficiente.

Sin embargo, el estudio actual determinó un cambio del nucleótido en una serie de la pintura de fondo del gen de N que rompió la esmaltación y la amplificación, de tal modo reduciendo sensibilidad diagnóstica.

Los investigadores dicen que las conclusión soportan fuertemente el uso rutinario por lo menos de dos objetivos al probar para SARS-CoV-2 usando RT-PCR, incluso en áreas donde están altos los regímenes de transmisión.

Una versión de la prueba preliminar del papel está disponible en el bioRxiv* del servidor, mientras que el artículo experimenta la revisión paritaria.

Imagen de microscopio electrónico de la transmisión de un aislante del primer caso de los E.E.U.U. de COVID-19, conocido antes como 2019-nCoV. Las partículas virales esféricas, azul colorized, contienen cortes transversales a través del genoma viral, considerado como puntos negros.
Imagen de microscopio electrónico de la transmisión de un aislante del primer caso de los E.E.U.U. de COVID-19, conocido antes como 2019-nCoV. Las partículas virales esféricas, azul colorized, contienen cortes transversales a través del genoma viral, considerado como puntos negros. Haber de imagen: CDC Hannah Bullock; Azaibi Tamin

La prueba estándar apunta generalmente más de un gen viral

La prueba rutinaria para SARS-CoV-2 implica usando RT-PCR para probar para el genoma viral en muestras respiratorias, y esto se realiza generalmente usando los pares de la pintura de fondo que apuntan más de un gen viral.

Sin embargo, el WHO recomienda eso “en las áreas donde el virus COVID-19 se extiende extensamente, un algoritmo más simple pudo ser adoptado en el cual, por ejemplo, el blindaje por RT-PCR de un único objetivo discriminatorio se considere suficiente.”

De las autorizaciones aprobadas por la FDA del uso de la emergencia que existen actualmente, solamente la pantalla 36 para un objetivo en RT-PCR ensaya.

El laboratorio diagnóstico COVID-19 en el Chan Zuckerberg Biohub y la Universidad de California San Francisco (CLIAHUB) ha estado recibiendo las muestras para el ninguno-costo que probaba de diversos condados en California desde el 7 de abril de 2020th.

El protocolo implica los análisis que apuntan el gen de N y el gen de E en SAR-VoV-2, y otros grupos utilizan común estos análisis.

¿Qué el estudio implicó?

En julio, los investigadores determinaron el agrupamiento de 35 muestras del condado de Madera que mostró el funcionamiento pobre del análisis para el gen de N, pero no del gen de E, y las personas ahora se han establecido para determinar razones potenciales por las que.

Los investigadores fijaron la concordancia de los valores de umbral (Ct) del ciclo para los dos análisis en 3.957 pruebas de SARS-CoV-2-positive que conducto entre el 27 de mayo y el 7 de agosto. El valor del Ct es una dimensión relativa de la concentración de un objetivo durante la polimerización en cadena.

De 3.629 muestras que eran positivas para el gen y el gen de N, la diferencia de E en valor del Ct entre el gen de N y de E (ΔCt [noreste]) era 0,40.

Las personas definieron dos equipos de la muestra del mutante del potencial.

El primer equipo (fije A), que comprendió 42 muestras cerco del condado de Madera entre el 30 de junioth y 4 de agostoth, las muestras incluidas que tenían un valor de ΔCt (noreste) de 2,96 o más y un valor 30 o menos del Ct del gen de E.

Las personas denuncian que en muestra fije A, el ΔCt (noreste) eran un promedio de 5,35, representando una debilitación aproximada de 41 dobleces de la amplificación del gen de N.

El segundo equipo de la muestra (fije B), que comprendieron 19 muestras cerco del condado de Madera durante el mismo plazo, las muestras incluidas de las cuales tenía un valor del Ct del gen de E más de 30 y un ΔCt (noreste) de más de 2,96 o un valor del Ct del gen de E de más de 30 y ningún valor del Ct del gen de N descubierto.

La secuencia determinó una mutación

Secuencia del fragmento descubierto del gen de N en muestras del equipo A, determinada 34 muestras que tenían una única mutación en el punto de enlace delantero de la pintura de fondo en el gen de N, que corresponde a G29140T en el genoma SARS-CoV-2.

Las otras ocho muestras tenían un salvaje-tipo fragmento del gen de N, indicando que el ΔCt medio más alto (noreste) de 5,99 que fue observado en estas muestras era un artefacto.

De 17 al azar-seleccionó muestras de mando del condado de Madera del cual tenía un valor de ΔCt (noreste) menos de 2,96, ninguno contuvo la mutación de G29140T.

La secuencia del fragmento descubierto del gen en muestras del equipo B determinó doce muestras que tenían la mutación de G29140T.

Importantemente, RT-PCR que apuntaba el gen de N no descubrió SARS-COV-2 en cinco de diez 10 muestras, dice a las personas.  

“Afortunadamente, estos casos podrían todavía ser reconocidos como infectado por medio del análisis del gen de E,” escriba a los investigadores.

Para fijar el efecto que la mutación de G29140T tenía en el alcance de la polimerización en cadena del gen de N, los investigadores sintetizaron una pintura de fondo delantera del nuevo gen de N que tenía complementariedad completa a la serie transformada y compararon el funcionamiento de esta pintura de fondo a la pintura de fondo original entre 16 el mutante y 14 el tipo salvaje muestras.

Entre las muestras del mutante, el ΔCt (noreste) bajó a partir del 5,44 con la pintura de fondo original a 0,19 con la pintura de fondo transformada. Entre el salvaje-tipo muestras, el ΔCt (noreste) aumentó a partir de la 0,46 con la pintura de fondo original a 7,34 con la pintura de fondo transformada.

“Estos datos validan que la mutación de G29140T es causativa para los valores aberrantes observados del Ct del gen de N,” dicen a las personas.

Por lo menos dos objetivos deben ser utilizados

Vanaerschot y los colegas dicen que las conclusión demuestran que incluso en áreas donde está alta la extensión de la comunidad de SARS-CoV-2, las mutaciones pueden presentarse que empeoran el reconocimiento de las pinturas de fondo de RT-PCR y disminuyen sensibilidad diagnóstica. Esto podría llevar a la bajo-diagnosis si los laboratorios utilizaron solamente un objetivo para la detección SARS-CoV-2.

“Nuestras conclusión soportan fuertemente el uso rutinario por lo menos de dos objetivos para la detección SARS-CoV-2 por RT-PCR,” concluyen a las personas.

Advertencia *Important

el bioRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
  • Vanaerschot M, et al. Identification of a polymorphism in the N gene of SARS-CoV-2 that adversely impacts detection by a widely-used RT-PCR assay. bioRxiv 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.25.265074
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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