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Capacité mise en commun de contrôle des augmentations COVID-19 de contrôle de salive

Pendant que la pandémie COVID-19 aux USA continue à écarter agressivement, le contrôle reste quelque peu dysfonctionnel et désordonné. Ceci l'a effectué contestant pour déterminer le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère et pour obtenir des résultats pour l'action à prendre pour contenir l'écart du virus. Maintenant, une étude neuve par les chercheurs à l'École de Médecine de Yale et l'école de Yale de la santé publique et publié sur le medRxiv* de serveur de prétirage prouve en septembre 2020 que les échantillons mis en commun de salive peuvent économiser des moyens et augmenter la capacité de contrôle, effectuant une différence important dans le management de la pandémie.

Contrôle de gisement

La contrainte la plus significative en arrêtant le virus a été la disponibilité limitée des laboratoires de tests et de contrôle des nécessaires, des réactifs, et. Cependant, le contrôle est essentiel non seulement de diagnostiquer mais également d'examiner pour la maladie et de surveiller et prévoir des manifestations. Pour augmenter la capacité de contrôle dans toutes les places où les rassemblements des gens sont nécessaires pour le renvoi à la durée presque normale, telle que des écoles et des lieux de travail, les échantillons mis en commun sont devenus la voie d'aller.

L'essai par lots en outre appelé, la mise en commun des échantillons de test permet aux gens multiples d'être examinés ensemble pour trouver la présence du virus dans un ou plusieurs des échantillons. Si le résultat est négatif, toutes les personnes sont rapportées pour être négatives, alors que si le positif, chaque échantillon doit alors être individuellement essayé de nouveau.

Jusqu'ici, les échantillons mis en commun ont employé la réaction en chaîne inverse de transcriptase-polymérase (RT-PCR) de trouver l'ARN viral, après l'avoir d'abord extraite de différents échantillons. Cependant, le contrôle mis en commun peut être commencé après avoir mélangé les échantillons et avoir extrait l'ARN mis en commun aussi bien.  Des études plus tôt ont prouvé que ces approches économisent des moyens, mais la caractéristique de laboratoire est encore nécessaire pour sauvegarder de futures modifications.

Comme augmentations de taille de gisement, plus d
Comme augmentations de taille de gisement, plus d'échantillons seraient classifiés comme négatif par rapport aux échantillons essayés individuellement (unpooled). Chaque point représente un des échantillons de salive de CHOC de Yale qui ont produit du signe une fois déterminés par Droite-qPCR SARS-CoV-2 N1. De ces derniers, 135 sont tombés en dessous du seuil de cycle (Ct) de 38 et ont été classifiés en tant que positif pour le virus. Le coefficient de régression (représentant s'est attendu à l'augmentation de Ct) pour chacune des tailles de gisement a été ajouté à la valeur de Ct produite de l'échantillon non dilué (montré dans le noir) pour déterminer le niveau relatif de la sensibilité pour chaque taille de gisement.

Salive pour le dépistage d'ARN viral

Récent, la salive s'est avérée par l'équipe de recherche actuelle une option efficace pour le dépistage d'ARN viral. Est non seulement il facile auto-de se rassembler, mais elle n'exige pas les tampons stabilisants ou la maintenance de chaîne du froid pendant le transport.

Différentes tailles de gisement

L'étude actuelle se concentre sur mettre 5, 10, et 20 échantillons de salive pour un flux de travail de contrôle de haut-débit. Les échantillons sont venus des malades hospitalisés COVID-19 et des professionnels de la santé. Les échantillons contenant le virus ont été combinés pour toutes les valeurs de seuil de cycle en-dessous de 38 Ct avec la salive négative. Par la suite, ils ont exécuté l'extraction d'ARN et le dépistage.

Tout échantillonne inclus dans le gisement déjà avait été vérifié individuellement. La comparaison entre les résultats d'essai de gisement et le dernier prouve qu'avec l'augmentation de la taille de gisement, sensibilité de test baissée de ~2, 3, et 3,6 Ct avec un gisement de 5, de 10, et de 15, respectivement. Cet effet ne varie pas avec la valeur de Ct pour l'échantillon non dilué, et pour cette raison n'entraînera pas un déclin dans la sensibilité à différentes valeurs de Ct. En d'autres termes, il reste également sensible aux charges virales variées.

Ces résultats sont conformes aux découvertes mises en commun précédentes de recherches de contrôle d'écouvillon. Cependant, le volume accru également utilisé actuel d'extraction d'étude, du μL 300 au μL 400, mais sans changer le volume d'élution, pour améliorer la sensibilité à un niveau comparable à celui pour les échantillons non dilués.

De nouveau, l'effet de mettre les échantillons après extraction d'ARN, et d'employer les matrices mises en commun d'ARN des échantillons non dilués de salive, dans les ensembles de 5 et de 10, a montré que la diminution de la sensibilité était assimilé à cela obtenu avec la mise en commun d'extraction préalable. Cependant, avec ce dernier, le degré de liberté d'échantillon individuel était plus petit.

L'analyse des valeurs de Ct pour tous les échantillons positifs provenant de leur étude précédente a montré cela avec un gisement de 5, 10, et 20 échantillons, environ 93%, 90% et 85% d'échantillons seraient correctement trouvés, respectivement, par rapport au dépistage individuel des échantillons. En d'autres termes, la sensibilité réduit de 12-15% avec à contrôle individuel relatif mis en commun de contrôle.

La rentabilité du contrôle mis en commun de salive

Une méthode d'essai variée doit également être peu coûteuse afin d'atteindre son objectif de recenser les gens infectieux pour les isoler de la population. La rentabilité de cette stratégie était, pour cette raison, comparée au contrôle individuel d'échantillon. Les chercheurs ont modélisé le nombre de tests priés pour une population de 10.000 aux niveaux de variation de la prévalence, utilisant des gisements de 5, de 10, ou de 20.

Ceci a prouvé que le nombre de gisements positifs augmenterait avec la prévalence de montée, qui signifie que des tests plus différents seront exigés pour confirmer la présence de l'infection dans les personnes.

Nombre réduit de tests

Quand la prévalence est 3% ou plus, pour cette raison, de plus petits gisements de 5 auront comme conséquence le nombre optimal de tests globalement. Mais avec la prévalence inférieure, de plus grandes tailles de gisement de 10 ou de 20 réduiront le nombre de tests exigés, sauvegardant sur des alimentations de coût et de test. Par exemple, avec une prévalence de 0,8%, une taille de gisement de 20 serait idéale pour s'assurer que le contrôle de population et l'identification précoce actuels des manifestations neuves sont faisables.

Généralement une fois que la population examinée a une prévalence de 30% ou moins, les échantillons mis en commun réduiraient le nombre de tests requis. Au delà de cette prévalence, des tailles mises en commun n'ont pas été vérifiées. Cependant, à la prévalence réduite, les économies de coûts se sont associées aux augmentations mises en commun de contrôle.

Pour illustrer ceci, les chercheurs ont trouvé cela avec une prévalence de 0,5%, juste plus de 1.300 tests seraient assez pour couvrir une population de 10.000 personnes. Ceci signifierait sauvegarder plus de $260.000 par le contrôle mis en commun contre le contrôle individuel, donné que les tests type ont coûté à $30, tout en recensant toujours 43-50 infections.

Fréquence de contrôle accrue

Un avantage encore plus grand est que la fréquence de contrôle accrue est laissée, qui signifie que des personnes plus infectieuses sont recensées et isolées, évitant l'écart viral. Ainsi, même dans les endroits de la prévalence inférieure, le contrôle mis en commun a toujours les avantages économiques significatifs, introduisant le contrôle prolongé.

Les chercheurs commentent, « notre modèle explique que pendant que les manifestations locales flottent, la variation des tailles de gisement dans la réaction aura des avantages de la moyen-épargne. Pris ensemble, le contrôle mis en commun du type non envahissant et rentable témoin de salive facilite la durée et la largeur étendues des stratégies de test de dépistage. »

Examen critique pour le contrôle, pas diagnostic pour la demande de règlement

La stratégie de contrôle mise en commun reconnue par les USA Food and Drug Administration (FDA) sera de valeur la plus grande dans une population avec une forte prévalence de l'infection. Cependant, depuis les gouttes de sensibilité par ~12-15% avec des gisements de 10 ou 20 échantillons, l'autorisation de FDA peut se produire seulement si ceci est identifiée pour être une stratégie d'examen critique plutôt qu'un outil de diagnostic, et si la capacité pour offrir un contrôle plus fréquent et plus répété est également considérée.

De nouveau, ils disent, « la probabilité d'un faux négatif ne devrait pas être considérée selon le test, mais plutôt pour un régime donné de contrôle sur un laps de temps spécifique. » Ils considèrent également le nombre réel de tests probablement toujours priés pour être plus bas, car il y est susceptible d'être plus d'un résultat positif dans un gisement unique. Des protocoles de test peuvent également être tordus pour fournir le la plupart des nombre important de positifs vrais en réduisant l'effet de la dilution d'échantillon. Par exemple, le volume témoin pourrait être grimpé jusqu'au maximum, ou au volume d'élution d'ARN réduit, alors qu'un ordre de grandeur augmente le seuil de positivité de Ct. L'opération d'extraction d'ARN peut également être manquée jusqu'après la mise en commun.

L'étude conclut, « avec la facilité du ramassage de salive, cette stratégie devrait être considérée comme comme stratégie efficace de contrôle pour augmentere la largeur du contrôle et du contrôle prolongé pendant la pandémie COVID-19 actuelle. »

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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