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Capacità riunita di prova di aumenti COVID-19 di prova della saliva

Mentre la pandemia COVID-19 negli Stati Uniti continua a spargersi aggressivamente, provare rimangono in qualche modo disfunzionali e non coordinate. Ciò la ha fatta che sfida per provare a coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo e per ottenere i risultati in tempo per atto essere catturato per contenere la diffusione del virus. Ora, un nuovo studio dai ricercatori alla scuola di medicina di Yale e dal banco di Yale della salute pubblica e pubblicato sul medRxiv* del " server " della pubblicazione preliminare nel settembre 2020 indica che i campioni riuniti della saliva possono salvare le risorse ed aumentare la capacità di prova, facente una differenza significativa nella gestione della pandemia.

Prova del raggruppamento

Il vincolo più significativo nella fermata del virus è stato la disponibilità limitata dei laboratori di prove e delle prove di kit, di reagenti e. Tuttavia, provare sono cruciali non solo da diagnosticare ma anche da schermare per la malattia e da riflettere e predire gli scoppi. Per aumentare la capacità di prova in tutti i posti in cui le riunioni della gente sono necessarie per il rendimento a vita quasi normale, quali i banchi ed i posti di lavoro, i campioni riuniti si sono trasformati nel modo andare.

La prova a batch inoltre chiamata, la riunione dei campioni permette che la gente multipla sia esaminata insieme per individuare la presenza del virus in uno o più dei campioni. Se il risultato è negativo, tutte le persone sono riferite per essere negative, mentre se il positivo, ogni campione deve poi essere riprovato determinato.

Finora, i campioni riuniti hanno usato la reazione a catena della transcriptase-polimerasi inversa (RT-PCR) per individuare il RNA virale, dopo in primo luogo l'estrazione dai campioni diversi. Tuttavia, la prova riunita può essere iniziata dopo la mescolanza dei campioni e l'estrazione del RNA riunito parimenti.  Gli studi più iniziali hanno indicato che questi approcci salvano le risorse, ma i dati del laboratorio sono necessari ancora da fare un backup le modifiche future.

Poichè la dimensione di raggruppamento aumenta, più campioni sarebbero classificati come quantità negativa rispetto ai campioni collaudati determinato (unpooled). Ogni punto rappresenta uno dei campioni della saliva di IMPATTO di Yale che hanno generato il segnale una volta provati dal RT-qPCR a SARS-CoV-2 N1. Di questi, 135 sono sceso sotto la soglia del ciclo di 38 e sono stati classificati come positivo per il virus. Il coefficiente di regressione (che rappresenta ha preveduto l
Poichè la dimensione di raggruppamento aumenta, più campioni sarebbero classificati come quantità negativa rispetto ai campioni collaudati determinato (unpooled). Ogni punto rappresenta uno dei campioni della saliva di IMPATTO di Yale che hanno generato il segnale una volta provati dal RT-qPCR a SARS-CoV-2 N1. Di questi, 135 sono sceso sotto la soglia del ciclo (Ct) di 38 e sono stati classificati come positivo per il virus. Il coefficiente di regressione (che rappresenta ha preveduto l'aumento di Ct) per ciascuna delle dimensioni di raggruppamento si è aggiunto al valore di Ct generato dal campione non diluito (indicato nel nero) per determinare il livello relativo di sensibilità per ogni dimensione di raggruppamento.

Saliva per rilevazione virale del RNA

Recentemente, la saliva è stata indicata dal gruppo corrente dei ricercatori per essere un'opzione efficiente per rilevazione virale del RNA. Non solo è facile auto-da raccogliersi, ma non richiede i buffer di stabilizzazione o la manutenzione della catena del freddo durante il trasporto.

Dimensioni di raggruppamento differenti

Lo studio corrente mette a fuoco sulla riunioni dei 5, 10 e 20 campioni della saliva per un flusso di lavoro di prova di alto-capacità di lavorazione. I campioni sono venuto dai ricoverati COVID-19 e dai professionisti di sanità. I campioni che contengono il virus si sono combinati per tutti i valori di soglia del ciclo inferiore a 38 Ct con la saliva negativa. Successivamente, hanno realizzato l'estrazione del RNA e la rilevazione.

Tutto campiona incluso nel raggruppamento già era stato provato determinato. Il confronto fra i risultati della prova del raggruppamento ed il posteriore indica che con l'aumento della dimensione di raggruppamento, la sensibilità della prova in diminuzione da ~2, 3 e 3,6 Ct con un raggruppamento di 5, di 10 e di 15, rispettivamente. Questo effetto non varia con il valore di Ct per il campione non diluito e quindi non causerà un declino nella sensibilità ai valori differenti di Ct. Cioè rimane ugualmente sensibile ai vari caricamenti virali.

Questi risultati sono d'accordo con i risultati riuniti precedenti della ricerca di prova del tampone. Tuttavia, il volume aumentato anche usato corrente dell'estrazione di studio, da μL 300 a μL 400, ma senza cambiare il volume di eluizione, per migliorare sensibilità ad un livello comparabile a quello per i campioni non diluiti.

Di nuovo, l'effetto di riunione dei campioni dopo l'estrazione di RNA e di utilizzare i modelli riuniti del RNA dai campioni non diluiti della saliva, negli insiemi di 5 e di 10, ha mostrato la diminuzione nella sensibilità per essere simile a quello ottenuto con la riunione di preestrazione. Tuttavia, con gli ultimi, la varianza di campione determinata era più piccola.

L'analisi dei valori di Ct per tutti i campioni positivi dal loro studio precedente ha mostrato quella con un raggruppamento di 5, 10 e 20 campioni, circa 93%, 90% e 85% dei campioni sarebbero individuati correttamente, rispettivamente, rispetto alla rilevazione determinata dei campioni. Cioè la sensibilità riduce di 12-15% con la prova determinata relativa riunita di prova.

La redditività della prova riunita della saliva

Una tecnica di collaudo ad ampia base deve anche essere economica per raggiungere il suo obiettivo dell'identificazione della gente contagiosa per isolarle dalla popolazione. La redditività di questa strategia, quindi, è stata confrontata alla prova determinata del campione. I ricercatori hanno modellato il numero delle prove richieste per una popolazione di 10.000 ai livelli di variazione di prevalenza, facendo uso dei raggruppamenti di 5, di 10, o di 20.

Ciò ha indicato che il numero dei raggruppamenti positivi sarebbe aumentato con prevalenza aumentante, che significa che le prove più diverse saranno richieste per confermare la presenza dell'infezione in persone.

Numero diminuito delle prove

Quando la prevalenza è 3% o più, quindi, i più piccoli raggruppamenti di 5 provocheranno il numero ottimale delle prove globalmente. Ma con prevalenza più bassa, le più grandi dimensioni di raggruppamento di 10 o di 20 diminuiranno il numero delle prove richieste, risparmiando sia sulle offerte della prova che costo. Per esempio, con una prevalenza di 0,8%, una dimensione di raggruppamento di 20 sarebbe ideale da assicurarsi che quelle sorveglianza in corso della popolazione ed identificazione in anticipo di nuovi scoppi fosse fattibile.

Generalmente una volta che la popolazione esaminata ha una prevalenza di 30% o di meno, i campioni riuniti diminuirebbero il numero delle prove state necessarie. Oltre questa prevalenza, le dimensioni riunite non sono state provate. Tuttavia, con prevalenza diminuita, le riduzioni dei costi si sono associate con gli aumenti riuniti di prova.

Per illustrare questo, i ricercatori hanno trovato quello con una prevalenza di 0,5%, appena al disopra 1.300 prove sarebbero abbastanza per coprire una popolazione di 10,000 persone. Ciò significherebbe il risparmio oltre $260.000 dalla prova riunita contro la prova determinata, dato che le prove hanno costato tipicamente $30 ciascuno, mentre ancora identificando 43-50 infezioni.

Frequenza difficile aumentata

Un vantaggio ancora maggior è che la frequenza difficile aumentata si concede, che significa che le persone più contagiose sono identificate ed isolate, impedicenti la diffusione virale. Quindi, anche nelle aree di prevalenza bassa, la prova riunita ancora ha vantaggi economici significativi, promuoventi la sorveglianza continuata.

I ricercatori commentano, “il nostro modello dimostra che mentre gli scoppi locali oscillano, variare le dimensioni di raggruppamento nella risposta avrà vantaggi di risorsa-risparmio. Catturata insieme, la prova riunita del tipo non invadente e redditizio del campione della saliva facilita la durata e la larghezza estese delle strategie della prova di selezione.„

Selezione per la sorveglianza, non diagnosi per il trattamento

La strategia difficile riunita approvata dagli Stati Uniti Food and Drug Administration (FDA) sarà più grande utile in una popolazione con un'alta prevalenza dell'infezione. Tuttavia, dalle gocce della sensibilità da ~12-15% con i raggruppamenti di 10 o 20 campioni, l'autorizzazione di FDA può accadere soltanto se questa è riconosciuta per essere una strategia della selezione piuttosto che uno strumento diagnostico e se la capacità per offrire la prova più frequente e ripetuta egualmente è considerata.

Di nuovo, dicono, “la probabilità di un falso negativo non dovrebbe essere considerata per prova, ma piuttosto per un regime difficile dato su un periodo specificato.„ Egualmente considerano il numero reale delle prove tenute probabilmente ancora per essere più in basso, poichè c'è probabile essere più di un risultato positivo in un singolo raggruppamento. I protocolli della prova possono anche essere tweaked per rendere il numero più significativo dei positivi veri diminuendo l'effetto di diluizione del campione. Per esempio, il volume di campione potrebbe essere aumentato al massimo, o al volume di eluizione del RNA diminuito, mentre un ordine di grandezza aumenta la soglia della positività di Ct. Il punto dell'estrazione del RNA può anche essere omesso fino a dopo riunirsi.

Lo studio conclude, “insieme alla facilità della raccolta della saliva, questa strategia dovrebbe essere considerata come efficace strategia di prova per ampliare la larghezza della prova e della sorveglianza continuata durante la pandemia in corso COVID-19.„

Avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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