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Capacidade associada do teste dos aumentos COVID-19 do teste da saliva

Enquanto a pandemia COVID-19 nos E.U. continua a espalhar agressivelmente, testar permanece um tanto disfuncional e não coordenado. Isto fê-lo que desafia para testar para o coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) e para obter resultados a tempo para a acção a ser tomada para conter a propagação do vírus. Agora, um estudo novo por pesquisadores na Faculdade de Medicina de Yale e por escola de Yale da saúde pública e publicada no medRxiv* do server da pré-impressão mostra em setembro de 2020 que as amostras associadas da saliva podem salvar recursos e aumentar a capacidade do teste, fazendo uma diferença significativa na gestão da pandemia.

Teste da associação

A limitação a mais significativa em parar o vírus foi a disponibilidade limitada de laboratórios dos testes e do teste de jogos, de reagentes, e. Contudo, testar é crucial diagnosticar mas também seleccionar para a doença e monitorar e prever não somente manifestações. Para aumentar a capacidade do teste em todos os lugares onde os recolhimentos dos povos são necessários para o retorno à vida quase normal, tal como escolas e locais de trabalho, as amostras associadas transformaram-se a maneira de ir.

O teste batched igualmente chamado, a associação de amostras do teste permite que os povos múltiplos sejam testados junto para detectar a presença do vírus em umas ou várias das amostras. Se o resultado é negativo, todos os indivíduos estiverem relatados para ser negativos, quando se o positivo, cada amostra deve então individualmente ser reexaminado.

Até agora, as amostras associadas usaram a reacção em cadeia reversa da transcriptase-polimerase (RT-PCR) detectar o RNA viral, após primeiramente ter extraído o das amostras individuais. Contudo, o teste associado pode ser iniciado após ter misturado as amostras e ter extraído o RNA associado assim como.  Uns estudos mais adiantados mostraram que estas aproximações salvar recursos, mas os dados do laboratório são ainda necessários para suportar as alterações futuras.

Porque o tamanho de associação aumenta, mais amostras seriam classificadas como o negativo em comparação com as amostras testadas individualmente (unpooled). Cada ponto representa uma das amostras da saliva do IMPACTO de Yale que geraram o sinal quando testadas pelo RT-qPCR para SARS-CoV-2 N1. Destes, 135 caíram abaixo do ponto inicial do ciclo de 38 e foram classificados como o positivo para o vírus. O coeficiente de regressão (que representa esperou o aumento do Ct) para cada um dos tamanhos de associação foi adicionado ao valor do Ct gerado da amostra pura (mostrada no preto) para determinar o nível relativo de sensibilidade para cada tamanho de associação.
Porque o tamanho de associação aumenta, mais amostras seriam classificadas como o negativo em comparação com as amostras testadas individualmente (unpooled). Cada ponto representa uma das amostras da saliva do IMPACTO de Yale que geraram o sinal quando testadas pelo RT-qPCR para SARS-CoV-2 N1. Destes, 135 caíram abaixo do ponto inicial do ciclo (Ct) de 38 e foram classificados como o positivo para o vírus. O coeficiente de regressão (que representa esperou o aumento do Ct) para cada um dos tamanhos de associação foi adicionado ao valor do Ct gerado da amostra pura (mostrada no preto) para determinar o nível relativo de sensibilidade para cada tamanho de associação.

Saliva para a detecção viral do RNA

Recentemente, a saliva foi mostrada pela equipe actual dos pesquisadores para ser uma opção eficiente para a detecção viral do RNA. É não somente fácil auto-recolher, mas não exige amortecedores de estabilização ou manutenção da corrente fria durante o transporte.

Tamanhos de associação diferentes

O estudo actual centra-se sobre a associação de 5, 10, e 20 amostras da saliva para uns trabalhos do teste da alto-produção. As amostras vieram das pacientes internado COVID-19 e dos profissionais dos cuidados médicos. As amostras que contêm o vírus foram combinadas para todos os valores de ponto inicial do ciclo abaixo de 38 Ct com a saliva negativa. Subseqüentemente, executaram a extracção do RNA e a detecção.

Tudo prova incluído na associação tinha sido testado já individualmente. A comparação entre os resultados de teste da associação e o último mostra que com tamanho de associação crescente, sensibilidade do teste diminuída por ~2, 3, e 3,6 Ct com uma associação de 5, de 10, e de 15, respectivamente. Este efeito não varia com o valor do Ct para a amostra pura, e conseqüentemente não causará uma diminuição na sensibilidade em valores diferentes do Ct. Ou seja permanece ingualmente sensível em várias cargas virais.

Estes resultados concordam com os resultados associados precedentes da pesquisa do teste do cotonete. Contudo, o volume aumentado igualmente usado actual da extracção do estudo, do μL 300 ao μL 400, mas sem mudar o volume de eluição, para aumentar a sensibilidade a um nível comparável àquele para amostras puras.

Além disso, o efeito de associar as amostras após a extracção do RNA, e de usar moldes associados do RNA das amostras puras da saliva, nos grupos de 5 e de 10, mostrou a diminuição na sensibilidade para ser similar àquele obtido com associação da pre-extracção. Contudo, com os últimos, a variação de amostra individual era menor.

A análise dos valores do Ct para todas as amostras positivas de seu estudo precedente mostrou aquela com uma associação de 5, 10, e 20 amostras, aproximadamente 93%, 90% e 85% das amostras seriam detectadas correctamente, respectivamente, em comparação com a detecção individual das amostras. Ou seja a sensibilidade reduz-se por 12-15% com o teste individual relativo a associado do teste.

A rentabilidade do teste associado da saliva

Uma técnica de teste variada deve igualmente ser barata a fim conseguir seu objetivo de identificar povos infecciosos para isolá-los da população. A rentabilidade desta estratégia, foi comparada conseqüentemente ao teste individual da amostra. Os pesquisadores modelaram o número de testes exigidos para uma população de 10.000 a níveis da variação de predominância, usando associações de 5, de 10, ou de 20.

Isto mostrou que o número de associações positivas aumentaria com predominância de aumentação, que significa que uns testes mais individuais estarão exigidos para confirmar a presença da infecção nos indivíduos.

Número reduzido de testes

Quando a predominância é 3% ou mais, conseqüentemente, as associações menores de 5 conduzirão ao número óptimo de testes em geral. Mas com mais baixa predominância, os tamanhos de associação maiores de 10 ou de 20 reduzirão o número de testes exigidos, salvar em fontes custado e do teste. Por exemplo, com uma predominância de 0,8%, um tamanho de associação de 20 seria ideal de assegurar-se de que essas fiscalização em curso da população e identificação adiantada de manifestações novas fosse praticável.

Geralmente, uma vez que a população testada tem uma predominância de 30% ou menos, as amostras associadas reduziriam o número de testes necessários. Além desta predominância, os tamanhos associados não foram testados. Contudo, com a predominância reduzida, as poupanças de despesas associaram com os aumentos associados do teste.

Para ilustrar este, os pesquisadores encontraram aquele com uma predominância de 0,5%, apenas sobre 1.300 testes seriam bastante para cobrir uma população de 10.000 povos. Isto significaria o salvamento sobre $260.000 pelo teste associado contra o teste individual, dado que os testes custaram tipicamente $30 cada, ao ainda identificar 43-50 infecções.

Freqüência de teste aumentada

Uma vantagem mesmo maior é que a freqüência de teste aumentada está reservada, que significa que uns indivíduos mais infecciosos estão identificados e isolados, impedindo a propagação viral. Assim, mesmo nas áreas da baixa predominância, o teste associado ainda tem os benefícios econômicos significativos, promovendo a fiscalização continuada.

Os pesquisadores comentam, “nosso modelo demonstram que como as manifestações locais flutuam, variar tamanhos de associação na resposta terá benefícios das recurso-economias. Tomado junto, o teste associado do tipo não invasor e eficaz na redução de custos da amostra da saliva facilita duração e largura prolongadas de estratégias do teste de selecção.”

Selecção para a fiscalização, não diagnóstico para o tratamento

A estratégia de teste associada aprovada pelos E.U. Food and Drug Administration (FDA) será do grande valor em uma população com uma predominância alta da infecção. Contudo, desde as gotas da sensibilidade por ~12-15% com as associações de 10 ou 20 amostras, a autorização do FDA pode ocorrer somente se esta está reconhecida para ser uma estratégia da selecção um pouco do que uma ferramenta diagnóstica, e se a capacidade para oferecer um teste mais freqüente e mais repetido está considerada igualmente.

Além disso, dizem, “a probabilidade de um negativo falso não deve ser considerada pelo teste, mas um pouco para um regime de teste dado durante um período especificado de tempo.” Igualmente consideram o número real de testes exigidos para ser provavelmente ainda mais baixo, porque há provável estar mais de um resultado positivo em uma única associação. Os protocolos do teste podem igualmente ser tweaked para render o número o mais significativo de positivos verdadeiros reduzindo o efeito da diluição da amostra. Por exemplo, o volume de amostra poderia ser aumentado ao máximo, ou ao volume de eluição do RNA reduzido, quando um ordem de grandeza aumentar o ponto inicial da positividade do Ct. A etapa da extracção do RNA pode igualmente ser omitida até depois da associação.

O estudo conclui, “junto com a facilidade da coleção da saliva, esta estratégia deve ser considerada como uma estratégia eficaz do teste para expandir a largura do teste e da fiscalização continuada durante a pandemia COVID-19 em curso.”

Observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

Citations

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