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L'étude indique les facteurs qui pourraient avoir contribué au dépistage retardé de SARS-Cov-2 aux USA, l'Europe

SARS-CoV-2 a obtenu dans l'état de Washington Quelque part entre fin janvier et début février 2020, suscitant la boîte de vitesses rapide de communauté du virus qui est allé non détecté pendant plusieurs semaines avant que cet écart de communauté soit devenu évident, incitant un changement des critères de contrôle pour mettre l'accent sur des personnes sans l'histoire de course.

C'est le scénario proposé par Trevor Bedford et collègues après que leur analyse des séquences génétiques de 455 virus SARS-CoV-2 de la manifestation de l'état de Washington Se soit rassemblée entre le 19 janvier et le 15 mars 2020. Leurs résultats mettent en valeur le besoin critique de contrôle répandu pour la communauté que la boîte de vitesses de SARS-CoV-2, même après que la pandémie est maîtrisée, indiquent les auteurs.

Ils notent que plusieurs facteurs pourraient avoir contribué au dépistage retardé de la communauté présumée étendu à Washington, y compris le contrôle limité parmi des non-voyageurs.

Leur analyse de 455 virus SARS-CoV-2 de l'état de Washington Indique que 84% des génomes étudiés tombent dans un groupe étroitement lié que les chercheurs appellent le clade de manifestation de l'état de Washington, Et ils sont dérivés d'une variante du virus de Chine.

Cette configuration propose que la plupart des cas SARS-CoV-2 tôt dans la condition soient venues d'une introduction unique du virus, probablement entre le 22 janvier et le 10 février, Bedford concluent et autres.

Le premier a confirmé le cas de SARS-CoV-2 aux Etats-Unis, recensé dans l'état de Washington Le 19 janvier dans un retour individuel de Wuhan, appartient au clade de manifestation de l'état de Washington, Mais les chercheurs disent que l'information génomique est trop inachevée pour savoir si ce cas était l'introduction unique que cela a mené à la communauté pour répandre, ou si l'introduction pourrait être venue des variantes très étroitement liées de virus échantillonnées en Colombie-Britannique.

Le premier cas de l'écart de communauté a été trouvé le 28 février. Pour comprendre mieux le réseau de boîte de vitesses que cela a mené à lui, Bedford et les collègues ont analysé plus de 10.000 spécimens rassemblés en tant qu'élément de l'étude de grippe de Seattle entre le 1er janvier et du 15 mars 2020. Ils trouvent la preuve pour SARS-CoV-2 quelques jours avant le premier cas précédemment rapporté de communauté à Washington.

Le raffinage de la période et de l'origine géographique de l'introduction dans l'état de Washington Exigera une combinaison de premiers échantillons et les échantillons provenant d'autres situations géographiques, les auteurs indiquent.

Ils notent que d'autres conditions aux États-Unis ont montré différentes histoires génétiques de l'état de Washington, Avec une majorité de séquences SARS-CoV-2 de New York et de Connecticut groupant dans des lignées européennes, par exemple.

Michael Worobey et collègues a analysé des collections de génomes SARS-CoV-2 de partout dans le monde pour déchiffrer leurs arbres généalogiques viraux et pour déterminer si les introductions du virus début janvier 2020 dans l'état de Washington Et en Allemagne ont mené aux manifestations importantes aux États-Unis et l'Europe.

Aux États-Unis, leur reconstruction des événements propose que le premier ait confirmé le cas des États-Unis dans l'état de Washington Ait début janvier préparé la réaction de gens du pays et de condition de sorte que les fonctionnaires aient été relativement couronnés de succès au commencement en ralentissant l'écart des virus, comparée aux places comme New York City.

Cependant, un afflux des voyageurs de retour fin janvier ou début février, qui seulement ont été desserré surveillés par les agents de la Santé publics, a pu avoir mené aux introductions multiples du virus qui a suscité la communauté étendue en état de Washington et Californie, Les chercheurs disent.

Worobey et autres a également jeté un oeil plus attentif au premier SARS-CoV-2 confirmé en Europe, et si ce cas de fin janvier en Bavière, Allemagne, pourrait être a suscité la manifestation principale de l'Italie en Lombardie en février. Ils concluent que la variante bavaroise de virus est peu susceptible d'être la cause de la manifestation du nord de l'Italie.

Tandis que les caractéristiques génomiques ont proposé des différences dans le calage, origines spatiales et dynamique de boîte de vitesses des manifestations SARS-CoV-2 tôt, en particulier aux États-Unis, Worobey et collègues indiquent que leurs découvertes mettent l'accent sur que les liens épidémiologiques impliqués de SARS-CoV-2 génétiquement assimilé lié aux manifestations dans l'emplacement différent peuvent être « hautement fragiles, » les concentrations faibles données de la diversité génétique virale échantillonnée et les caractéristiques insuffisantes de mouvement propre de l'emplacement principal.

Ils disent leur point culminant de découvertes la valeur potentielle de déterminer l'intensif, architectures au niveau de la communauté de contrôle de virus respiratoire, telles que l'étude de grippe de Seattle, au cours d'une période pré-universelle.

Source:
Journal reference:

Bedford, T., et al. (2020) Cryptic transmission of SARS-CoV-2 in Washington state. Science. doi.org/10.1126/science.abc0523.