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L'étude montre comment la pandémie a dévoilé en travers du monde

Une étude neuve combine la génomique évolutionnaire des échantillons de coronavirus avec des épidémies simulées par ordinateur et des dossiers détaillés de course pour reconstruire l'écart du coronavirus en travers du monde dans le petit groupe sans précédent.

Publié en la Science de tourillon, les résultats proposent une période étendue d'opportunité manquée quand le contrôle et le traçage intensifs de contact pourraient avoir empêché SARS-CoV-2 de devenir déterminé en Amérique du Nord et l'Europe.

Le papier conteste également les suggestions qui ont lié les cas connus les plus tôt de COVID-19 sur chaque continent en janvier aux manifestations ont trouvé des semaines plus tard, et fournit les analyses précieuses qui pourraient aviser la réaction de santé publique et aider avec anticiper et éviter de futures manifestations de COVID-19 et d'autres maladies zoonotiques.

Notre aspiration était de développer et appliquer la technologie neuve puissante pour réaliser une analyse définitive de la façon dont la pandémie a dévoilé dans le temps et espace, en travers du globe. Avant, il y avait un bon nombre de possibilités flottant autour dans un méli-mélo de la science, des medias sociaux et d'un numéro sans précédent des publications de prétirage attendant toujours l'inspection professionnelle. »

Michael Worobey, chercheur, Université d'Arizona

Worobey a également abouti une équipe interdisciplinaire des scientifiques à partir de 13 institutions de recherche aux États-Unis, la Belgique, le Canada et le R-U.

L'équipe a basé leur analyse sur des résultats du génome viral ordonnançant les efforts, qui ont commencé juste après que le virus a été recensé. Ces efforts se sont rapidement développés dans un effort mondial sans précédent dans l'écaille et le rythme et ont fourni des dizaines de milliers de séquences de génome, publiquement - procurable dans les bases de données.

Le contraire aux récits répandus, le premier a documenté des arrivées des personnes infectées se déplaçant de Chine aux États-Unis et l'Europe n'a pas lancé des boules de neige dans des manifestations continentales, les chercheurs trouvés.

Au lieu de cela, les mesures rapides et décisives ont visé à tracer et contenant ces incursions initiales du virus étaient couronnés de succès et devraient servir de réactions modèles dirigeant de futures actions et les polices par des gouvernements et des agences de santé publique, les auteurs de l'étude concluent.

Comment le virus a obtenu aux États-Unis et l'Europe

Un vol national chinois dans Seattle de Wuhan, Chine est le 15 janvier allé bien au premier patient aux États-Unis avéré infecté avec le coronavirus nouveau et le premier pour faire ordonnancer un génome SARS-CoV-2. Ce patient a été montré « WA1. » Ce n'était pas jusque six semaines à plus tard que plusieurs cas complémentaires ont été trouvés dans l'état de Washington.

« Et tandis que tout ce que le temps va au delà, chacun est l'obscurité et en se demandant, « que se produit ? «  » Worobey a dit. « Nous espérons nous sommes BIEN, nous espérons qu'il n'y a aucun autre cas, et alors il devient clair, d'un programme d'échantillonnage viral de communauté remarquable à Seattle, qu'il y a plus de cas à Washington et ils sont génétiquement très assimilés au virus de WA1. »

Worobey et ses collaborateurs ont évalué l'hypothèse actuelle proposant que le patient WA1 ait déterminé un boîtier de boîte de vitesses qui a disparu non détecté pendant six semaines.

Bien que les génomes aient échantillonné en février et mars des similitudes de part avec WA1, ils sont assez différents que l'idée de WA1 déterminant la manifestation de suite est très peu probable, ils ont déterminé. Les découvertes des chercheurs indiquent que le saut de Chine vers les États-Unis vraisemblablement s'est produit en circuit ou vers le 1er février au lieu.

Les résultats met également pour poser la spéculation que cette manifestation, le boîtier de boîte de vitesses considérable le plus tôt aux États-Unis, a pu avoir été commencée indirectement par la dispersion du virus de Chine à la Colombie-Britannique, Canada, juste au nord de l'état de Washington, Et a puis écarté du Canada aux États-Unis.

Les génomes SARS-CoV-2 multiples publiés par le Centre de Contrôle des Maladies de Colombie-Britannique ont semblé être héréditaires aux variantes virales échantillonnées dans l'état de Washington, Proposant fortement une origine canadienne de l'épidémie des États-Unis. Cependant, la présente étude a indiqué des erreurs d'ordonnancement en ces génomes, de ce fait éliminant ce scénario.

Au lieu de cela, l'étude neuve implique une source de la direct-de-Chine de manifestation des États-Unis, droite autour du temps où la gestion des États-Unis a mis en application une interdiction de course pour des voyageurs de Chine début février.

La nationalité du « cas d'index » de la manifestation des États-Unis ne peut pas être connue pour certain parce que les dizaines de milliers de citoyens des États-Unis et de supports de visa se sont déplacées de Chine aux États-Unis même après que l'interdiction est entrée en vigueur.

Un scénario assimilé marque la première introduction connue du coronavirus dans l'Europe. Le 20 janvier, un employé d'une compagnie automobile d'alimentation en Bavière, Allemagne, a volé dedans pour une réunion d'affaires de Changhaï, Chine, étant porteur unknowingly du virus, menant éventuel à l'infection de 16 collègues.

Dans ce cas, aussi, une réaction impressionnante du contrôle rapide et l'isolement ont empêché la manifestation d'écarter pas plus, l'étude conclut. Le contraire à la spéculation, cette manifestation allemande n'était pas la source de manifestation en Italie du nord qui éventuellement a écarté largement en travers de l'Europe et éventuellement à New York City et au reste des États-Unis.

Les auteurs prouvent également que cette route de la dispersion Chine-à-Italie-USA a enflammé des boîtiers de boîte de vitesses sur la Côte Est légèrement plus tard en février que le mouvement Chine-à-USA du virus qui a déterminé la manifestation de l'état de Washington. Le boîtier de boîte de vitesses de Washington a également antidaté de petits boîtiers de boîte de vitesses de communauté en février en Californie, lui effectuant le plus tôt n'importe où en Amérique du Nord.

Travaux tôt d'endiguement

Les auteurs disent des interventions intensives, comportant le contrôle, traçage de contact, mesures d'isolement et un niveau élevé de conformité des personnes infectées, que rapporté leurs sympt40mes les autorités de la santé et auto-d'isolement en temps opportun, en Allemagne aidée et la région de Seattle contiennent ces manifestations en janvier.

« Nous croyons que ces mesures ont eu comme conséquence une situation où les premières étincelles pourraient avec succès être estampées à l'extérieur, évitant davantage d'écart dans la communauté, » Worobey a dit.

« Ce que ceci nous indique est que les mesures rentrées ces cas sont hautement efficaces et devraient servir de modèle à de futures réactions aux maladies apparaissantes qui ont le potentiel d'escalader dans des pandémies mondiales. »

Pour reconstruire le déploiement de la pandémie, les scientifiques ont fait fonctionner les programmes informatiques qui ont soigneusement simulé l'épidémiologie et l'évolution du virus, en d'autres termes, comment SARS-CoV-2 écarté et muté au fil du temps.

« Ceci nous a permis de réexécuter la bande de la façon dont l'épidémie a dévoilé, maintes et maintes fois, et puis vérifie les scénarios qui apparaissent dans les simulations contre les configurations que nous voyons en réalité, » Worobey a dit.

« Dans le cas de Washington, nous pouvons demander, « ce qui si ce patient WA1 qui a obtenu aux États-Unis le 15 janvier réellement commençait cette manifestation ? Est-ce que « bien, s'il faisait, et vous cette épidémie à plusieurs reprises et plus de, et alors les patients infectés de cette épidémie et le virus de cette façon, réexécutez échantillonnez évoluez obtenez-vous une configuration qui ressemble à ce que nous voyons en réalité ? Et la réponse était aucune, » il a dit.

« Si vous injectez cette manifestation italienne tôt avec celle en Allemagne, voyez-vous la configuration qui vous obtenez dans les caractéristiques évolutionnaires ? Et la réponse, de nouveau, est aucune, » il a dit.

« En réexécutant l'introduction de SARS-CoV-2 dans les États-Unis et l'Europe par des simulations, nous avons prouvé qu'il était très peu probable que les introductions virales d'abord documentées dans ces lieux ont mené aux boîtiers productifs de boîte de vitesses, » a dit le co-auteur Joel Wertheim de l'Université de Californie, San Diego.

« Les analyses épidémiologiques moléculaires sont incroyablement puissantes pour les configurations de indication de boîtes de vitesses de SARS-CoV-2. »

D'autres méthodes ont été alors combinées avec les caractéristiques des épidémies virtuelles, fournissant des résultats exceptionnellement détaillés et quantitatifs.

La « connaissance de base aux escabeaux ce de travail notre combinaison d'outil neuf a détaillé l'information d'histoire de course et le phylogenetics, qui produit une sorte de « arbre généalogique » de la façon dont les différents génomes du virus échantillonnés des personnes infectées sont associés entre eux, » a indiqué le co-auteur Marc Suchard de l'Université de Californie, Los Angeles.

« Les reconstructions évolutionnaires plus précises de ces outils fournissent une opération critique pour comprendre comment SARS-CoV-2 s'est étendu mondial dans une telle courte durée. »

« Nous devons maintenir dans l'esprit que nous avons étudié seulement l'évolution à court terme de ce virus, ainsi elle n'a pas eu beaucoup de temps pour accumuler beaucoup de mutations, » a dit le co-auteur Philippe Lemey de l'université de Louvain, Belgique.

« Ajoutez à celui l'échantillonnage inégal des génomes de différentes parties du monde, et il apparaît clairement qu'il y a les avantages énormes à gagner d'intégrer des sources d'information variées, combinant des reconstructions génomiques avec des approches complémentaires comme des dossiers de vol et tout le nombre de cas COVID-19 dans régions globales variées en janvier et février. »

« Notre recherche prouve que quand vous faites l'intervention précoce et le dépistage bien, elle peut avoir un choc massif, sur la prévention des pandémies et les réglant une fois qu'elles progressent, » Worobey a dit.

« Tandis que l'épidémie éventuellement glissée, là étaient de premières victoires qui nous montrent la voie vers l'avant : Le contrôle complet et l'identification de cas sont les armes puissantes. »

Source:
Journal reference:

`Worobey, M., et al. (2020) The emergence of SARS-CoV-2 in Europe and North America. Science. doi.org/10.1126/science.abc8169.