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O estudo mostra como a pandemia se desdobrou através do mundo

Um estudo novo combina a genómica evolucionária das amostras do coronavirus com as epidemias computador-simuladas e os registros detalhados do curso para reconstruir a propagação do coronavirus através do mundo em detalhe inaudito.

Publicado na ciência do jornal, os resultados sugerem um período prolongado de oportunidade faltada quando o teste e o traçado intensivos do contacto puderam ter impedido que SARS-CoV-2 se torne estabelecido em America do Norte e em Europa.

O papel igualmente desafia as sugestões que ligaram os exemplos conhecidos os mais adiantados de COVID-19 em cada continente em janeiro às manifestações detectaram semanas mais tarde, e fornece as introspecções valiosas que poderiam informar a resposta da saúde pública e a ajudar com antecipação e impedimento das manifestações futuras de COVID-19 e de outras doenças zoonotic.

Nossa aspiração era desenvolver e aplicar a nova tecnologia poderosa para conduzir uma análise definitiva de como a pandemia se desdobrou no espaço e no tempo, através do globo. Antes, havia uns lotes das possibilidades que flutuam ao redor em uma mish-erva-benta da ciência, de media sociais e de um número inaudito de publicações da pré-impressão ainda que esperam a revisão paritária.”

Michael Worobey, pesquisador, Universidade do Arizona

Worobey igualmente conduziu uma equipe interdisciplinar dos cientistas das 13 instituições de pesquisa nos E.U., em Bélgica, em Canadá e no Reino Unido.

A equipe baseou sua análise em resultados do genoma viral que arranja em seqüência os esforços, que começaram imediatamente depois que o vírus foi identificado. Estes esforços cresceram rapidamente em um esforço mundial inaudito na escala e no ritmo e renderam dez dos milhares de seqüências do genoma, publicamente - disponível nas bases de dados.

O contrário às narrativas difundidas, as primeiras documentou chegadas dos indivíduos contaminados que viajam de China aos E.U. e Europa não aumentou rapidamente em manifestações continentais, pesquisadores encontrados.

Em lugar de, as medidas rápidas e decisivas visaram seguir e contendo aquelas incursões iniciais do vírus eram bem sucedido e deve servir como as respostas modelo que dirigem as acções futuras e as políticas pelos governos e por agências da saúde pública, os autores do estudo concluem.

Como o vírus chegou nos E.U. e na Europa

Um vôo nacional chinês em Seattle de Wuhan, China assentou bem o 15 de janeiro no primeiro paciente nos E.U. mostrados para ser contaminado com o coronavirus novo e o primeiro para ter um genoma SARS-CoV-2 arranjado em seqüência. Este paciente foi designado “WA1.” Não era até seis semanas mais tarde que diversos casos adicionais estiveram detectados no estado de Washington.

“E quando tudo que o tempo vai perto, todos consistir na obscuridade e em querer saber, “que está acontecendo? “” Worobey disse. “Nós esperamos nós somos APROVADOS, nós esperamos que não há nenhum outro caso, e então se torna claro, de um programa de amostra viral da comunidade notável em Seattle, que há mais casos em Washington e são genetically muito similares ao vírus de WA1.”

Worobey e seus colaboradores testaram a hipótese de prevalência que sugerem que o paciente WA1 estabelecesse um conjunto da transmissão que fosse indetectado por seis semanas.

Embora os genomas provem em fevereiro e março similaridades da parte com WA1, são diferentes bastante que a ideia de WA1 que estabelece a manifestação de seguimento é muito improvável, eles determinaram. Os resultados dos pesquisadores indicam que o salto de China aos E.U. ocorreu provavelmente sobre ou por volta do 1º de fevereiro pelo contrário.

Os resultados igualmente põem para descansar a especulação que esta manifestação, o conjunto substancial o mais adiantado da transmissão nos E.U., pode ter sido iniciada indirectamente pela dispersão do vírus de China ao Columbia Britânica, Canadá, apenas ao norte do estado de Washington, e espalha então de Canadá aos E.U.

Os genomas SARS-CoV-2 múltiplos publicados pelo Centro de controlo de enfermidades do Columbia Britânica pareceram ser ancestrais às variações virais provadas no estado de Washington, sugerindo fortemente uma origem canadense da epidemia dos E.U. Contudo, o estudo actual revelou erros arranjando em seqüência naqueles genomas, assim ordenando para fora esta encenação.

Em lugar de, o estudo novo implica uma fonte da manifestação dos E.U., direito de directo--China em torno do tempo onde a administração de E.U. executou uma proibição de curso para viajantes de China ao princípio de fevereiro.

A nacionalidade do “do exemplo deslocamento predeterminado” da manifestação dos E.U. não pode ser sabida com certeza porque os dez dos milhares de cidadãos dos E.U. e de suportes do visto viajaram de China aos E.U. mesmo depois que a proibição tomou o efeito.

Uma encenação similar marca a primeira introdução conhecida de coronavirus em Europa. O 20 de janeiro, um empregado de uma empresa automotivo em Baviera, Alemanha da fonte, voou dentro para uma reunião de negócios de Shanghai, China, levando unknowingly o vírus, conduzindo finalmente a uma infecção de 16 colegas de trabalho.

Nesse caso, também, uma resposta impressionante do teste rápido e o isolamento impediram que a manifestação espalhe mais, o estudo concluem. O contrário à especulação, esta manifestação alemão não era a fonte da manifestação em Itália do norte que espalhou eventualmente extensamente através de Europa e eventualmente a New York City e ao resto dos E.U.

Os autores igualmente mostram que esta rota da dispersão China-à-Itália-E.U. inflamou conjuntos da transmissão na costa leste ligeira mais tarde em fevereiro do que o movimento China-à-E.U. do vírus que estabeleceu a manifestação do estado de Washington. O conjunto da transmissão de Washington igualmente pre-datar os conjuntos pequenos de transmissão da comunidade em fevereiro em Califórnia, fazendo lhe o mais adiantado em qualquer lugar em America do Norte.

Trabalhos adiantados da retenção

Os autores dizem as intervenções intensivas, envolvendo o teste, traçado do contacto, medidas do isolamento e um alto nível da conformidade dos indivíduos contaminados, que relataram seus sintomas às autoridades de saúde e auto-se isolaram em tempo oportuno, Alemanha ajudada e a área de Seattle contem aquelas manifestações em janeiro.

“Nós acreditamos que aquelas medidas conduziram a uma situação onde as primeiras faíscas poderiam com sucesso ser carimbadas para fora, impedindo a propagação mais adicional na comunidade,” Worobey disse.

“O que isto nos diz é que as medidas recolhidas aqueles casos são altamente eficazes e devem servir como um modelo para as respostas futuras às doenças emergentes que têm o potencial escalar em pandemias mundiais.”

Para reconstruir a revelação da pandemia, os cientistas executaram os programas informáticos que simularam com cuidado a epidemiologia e a evolução do vírus, ou seja como SARS-CoV-2 espalhou e se transformou ao longo do tempo.

“Isto permitiu que nós tornassem a colocar em funcionamento a fita de como a epidemia desdobrou, verifica a toda hora, e então as encenações que emergem nas simulações contra os testes padrões que nós vemos na realidade,” Worobey disse.

“No exemplo de Washington, nós podemos perguntar, “que se esse paciente WA1 que chegou nos E.U. o 15 de janeiro realmente começou essa manifestação? “Bem, se fez, e você torna a colocar em funcionamento essa epidemia repetidamente e sobre, e então prova pacientes contaminados dessa epidemia e evolui o vírus nessa maneira, você obtem um teste padrão que olhe como o que nós vemos na realidade? E a resposta era nenhuma,” disse.

“Se você semeia essa manifestação italiana adiantada com essa em Alemanha, você vê o teste padrão que você obtem nos dados evolucionários? E a resposta, outra vez, é nenhuma,” disse.

“Tornando a colocar em funcionamento a introdução de SARS-CoV-2 nos E.U. e na Europa com as simulações, nós mostramos que era muito improvável que as introduções virais primeiramente documentadas nestes lugares conduziram aos conjuntos produtivos da transmissão,” disse o co-autor Joel Wertheim do University of California, San Diego.

“As análises epidemiológicas moleculars são incredibly poderosas para testes padrões de revelação das transmissões de SARS-CoV-2.”

Outros métodos foram combinados então com os dados das epidemias virtuais, rendendo resultados excepcionalmente detalhados e quantitativos.

O “fundamento aos suportes deste trabalho nossa combinação da nova ferramenta detalhou a informação da história do curso e o phylogenetics, que produz meio “uma árvore genealógica” de como os genomas diferentes do vírus provados dos indivíduos contaminados são relacionados entre si,” disse o co-autor Marc Suchard do University of California, Los Angeles.

“As reconstruções evolucionárias mais exactas destas ferramentas fornecem um passo crítico para compreender como SARS-CoV-2 espalhou global em tal curto período de tempo.”

“Nós temos que manter-se na mente que nós estudamos somente a evolução a curto prazo deste vírus, assim que não teve muito tempo para acumular muitas mutações,” disse o co-autor Philippe Lemey da universidade de Lovaina, Bélgica.

“Adicione àquela a amostra desigual dos genomas das partes diferentes do mundo, e torna-se claro que há uns benefícios enormes a ser ganhados de integrar as várias fontes de informação, combinando reconstruções genomic com as aproximações complementares como registros do vôo e o número total dos casos COVID-19 em várias regiões globais em janeiro e fevereiro.”

“Nossa pesquisa mostra que quando você faz a intervenção e a detecção adiantadas bem, pode ter um impacto maciço, em impedir pandemias e controlando as uma vez que progridem,” Worobey disse.

“Quando a epidemia deslizada eventualmente completamente, lá era as vitórias adiantadas que nos mostram a maneira para a frente: O teste e a identificação detalhados do caso são armas poderosas.”

Source:
Journal reference:

`Worobey, M., et al. (2020) The emergence of SARS-CoV-2 in Europe and North America. Science. doi.org/10.1126/science.abc8169.