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L'unione di genomica dell'Arizona COVID-19 tiene la carreggiata le sequenze del genoma SARS-CoV-2

I risultati iniziali riferiti dall'unione di genomica dell'Arizona COVID-19 (ACGU) suggeriscono quello il primo caso riferito dell'Arizona seguente di COVID-19 alla fine di gennaio, lo stato non hanno sperimentato casi che siano andato inosservati e siano stati senza COVID finché almeno 11 incursione distinta non si sia presentata fra la metà di febbraio e inizio di aprile.

I risultati pubblicati compaiono nel mBio del giornale scientifico.

La facoltà all'istituto di ricerca di traduzione di genomica (TGen), una filiale della città di speranza, la Northern Arizona University (NAU), l'università dell'Arizona (UArizona) e l'Arizona State University (ASU) hanno lanciato il ACGU ad aprile con lo scopo preciso di tenere la carreggiata l'agente causativo di COVID-19, SARS-CoV-2: in come si evolve ed in come si sparge, in e da Arizona.

Il ACGU ha ordinato i genoma SARS-CoV-2 in altrettanti campioni pazienti virus-positivi in Arizona come possibile e lavorando con i funzionari di salute pubblica dell'Arizona, ha applicato i risultati verso gli sforzi in tutto lo stato per provare ed i pazienti del cingolo come pure fornisce l'orientamento per i creatori di ordine pubblico dell'Arizona.

L'atto rapido da ASU e dai funzionari di salute pubblica della contea di Maricopa, scienziati di ACGU acconsente, probabilmente tenuto il primo COVID-19 identificato paziente in Arizona -- uno studente che aveva ritornato appena da Hubei, la provincia cinese dove la malattia è nato -- bruciare da uno scoppio e dall'Arizona impedita dal trasformarsi in un epicentro iniziale per il contagio.

“Questo è un grande esempio di come una rapida e una risposta accurata di salute pubblica possono riuscire nell'impedire la diffusione di questa malattia,„ ha detto Direttore il Dott. Paul Keim di ACGU, il professore dei reggenti delle scienze biologiche e della presidenza dotata Cowden in microbiologia a NAU ed il direttore esecutivo dell'agente patogeno di NAU e dell'istituto di Microbiome.

“Le simili misure potrebbero essere catturate quando modella gli sforzi futuri per riaprire i commerci ed i banchi, anche se il virus continua a circolare e la gente rimane suscettibile,„ Keim aggiunto, che è egualmente un professore distinto e co-direttore dell'agente patogeno di TGen e della divisione di Microbiome.

Il Dott. Michael Worobey, un co-fondatore di ACGU ed il capo dell'università di dipartimento di Arizona dell'ecologia e della biologia evolutiva, acconsente.

“È una combinazione del paziente che fa la cosa giusta isolarsi ed essere funzionari di salute pubblica e malattia questa ha avuto possibilmente che informati che fanno tutte le giuste cose. La fermata dell'incursione di COVID-19 era una vittoria per lo stato dell'Arizona,„ il Dott. Worobey ha detto.

Ciò ha comprato l'Arizona tempo apprezzato per gli sforzi di preparazione. Il primo ha riferito che il caso della trasmissione “della comunità„ si è presentato in Arizona all'inizio di marzo discesa dallo scoppio dello Stato del Washington Che è stato scoperto a febbraio.

Più di 80% delle sequenze del genoma SARS-CoV-2 dai casi dell'Arizona COVID-19 ha disceso almeno da 11 stirpe separato che inizialmente stavano circolando ampiamente in Europa e dal viaggio da allora ha dominato lo scoppio in tutto gli Stati Uniti. Nessuno dei cluster osservati della trasmissione sono collegati epidemiologicamente al caso in relazione con il viaggio originale in Arizona, suggerendo il riusciti isolamento e quarantena iniziali.

Il ACGU utilizza i sequenziatori avanzati, i flussi di lavoro di calcolo su ordinazione dell'analisi ed i supercomputer per determinare la sequenza del genoma del RNA del virus, che è lungamente appena nell'ambito di 30.000 basi. Al contrario, c'è quasi 3 miliardo basi sul genoma umano, che determinano i tratti semplici quanto il colore dei capelli e dell'occhio e complessi quanto la tendenza di una persona per cancro e l'altra malattia.

TGen finora ha ordinato i genoma SARS-CoV-2 da quasi 3.000 campioni positivi COVID-19 per il ACGU e l'ordinamento supplementare è stato realizzato a ASU e a UArizona, fra dai più di 200.000 casi positivi in Arizona, rendentegli uno del più robusto tali sforzi nella nazione. ACGU riceve i campioni dell'Arizona raccolti dai sistemi sanitari tribali e privati dello stato, della contea.

Gli scienziati di ACGU approfittano dei piccoli cambi o delle mutazioni nel genoma dei virus, che accadono naturalmente col passare del tempo mentre il virus si riproduce, per tenere la carreggiata la diffusione del virus. Confrontando le mutazioni osservate in Arizona ai presenti negli sforzi che circolano attraverso il globo, possono determinare quando ed a partire da dove il virus è stato presentato in Arizona.

Facendo uso delle analisi molecolari dell'orologio, i ricercatori hanno trovato che la maggior parte delle sequenze dell'Arizona è rappresentata da due stirpi -- e parecchi sotto-stirpi -- la maggior parte di cui probabilmente siano presentati con il viaggio nazionale, ma con una certa prova per l'importazione internazionale.

“Con il ACGU, stiamo sfruttando la competenza in virologia, la genomica, evoluzione e bioinformatica in tutto dall'Arizona per distillare rapido questi dati genomica nelle comprensioni perseguibili che possono complementare la risposta della salute pubblica dello stato,„ il Dott. Keim ha detto. “Questi risultati dimostrano la potenza del tracciato e dell'auto-isolamento del contatto di salute pubblica che seguono una prova positiva per lo staccamento della marea dal gambo delle infezioni che si muovono in avanti.„

Il Dott. David Engelthaler, Direttore di TGen del nord in albero per bandiera, che comprende il ramo della malattia infettiva dell'istituto, ha detto che i risultati iniziali di ACGU mostrano come ogni comunità, ogni stato sta scrivendo la sua propria storia per cui happing nella pandemia COVID-19.

“Dobbiamo capire tutte quelle righe di tracciato che piombo a dove siamo ora,„ hanno detto il Dott. Engelthaler, un altro dei co-fondatori del ACGU. “Una volta che questa malattia fosse diagnosticata in Arizona il 26 gennaio, la salute pubblica immediatamente ha saltato dentro per assicurarsi che tutti i contatti fossero identificati, campioni è stata raccolta ed il paziente è stato guardato molto da vicino affinchè il paio di settimane seguente si assicurasse che non c' fossero altri casi.„

Nei prossimi mesi, disse, sarà necessario da tenere la carreggiata gli scoppi COVID-19 e da costruire le pareti epidemiologiche intorno ad ogni argomento, particolarmente per quelle più al rischio: persone più vecchie di 65, quelli negli impianti di cura a lungo termine, le prigioni e quelle con i problemi sanitari preesistenti.

“Quando non avete occhi su questo, quando non avete tracciato del contatto, quindi può muoversi realmente facilmente da personale,„ il Dott. Engelthaler ha detto. “Per i creatori di ordine pubblico è realmente utile prendere le decisioni locale-informate.„

Il Dott. Efrem Lim, un virologo che piombo il gruppo di ASU, ha detto che i dati di sequenza del genoma SARS-CoV-2 possono dare i fornitori di cure mediche ed i responsabili della politica pubblici una barriera nel combattimento della pandemia.

Tenere la carreggiata la trasmissione del virus e delle sue mutazioni assicura che la terapeutica ed i vaccini che sono diventati siano sul giusto corso. Ora abbiamo una manopola su cui il virus SARS-CoV-2 nelle nostre comunità osserva come il livello di sequenza.„

Dott. Efrem Lim, virologo e assistente universitario, istituto di Biodesign, Arizona State University

Source:
Journal reference:

Ladner, J. T., et al. (2020) An Early Pandemic Analysis of SARS-CoV-2 Population Structure and Dynamics in Arizona. mBio. doi.org/10.1128/mBio.02107-20.