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A união da genómica do Arizona COVID-19 segue seqüências do genoma SARS-CoV-2

Os resultados iniciais relatados pela união da genómica do Arizona COVID-19 (ACGU) sugeriram aquele o primeiro exemplo relatado do Arizona de seguimento de COVID-19 ao fim de janeiro, o estado não experimentaram nenhum caso que foi indetectado e foi COVID-livre até que pelo menos 11 incursões distintas ocorreram entre meados de fevereiro e princípio de abril.

Os resultados publicados aparecem no mBio do jornal científico.

A faculdade no instituto de investigação Translational da genómica (TGen), uma filial da cidade da esperança, a universidade do norte do Arizona (NAU), a Universidade do Arizona (UArizona), e a universidade estadual do Arizona (ASU) lançaram o ACGU em abril com a finalidade expressa de seguir o agente causal de COVID-19, SARS-CoV-2: em como evolui e em como espalha, dentro e fora do Arizona.

O ACGU arranjou em seqüência os genomas SARS-CoV-2 em tantas como amostras pacientes vírus-positivas no Arizona como possível, e trabalhando com os responsáveis da Saúde públicos do Arizona, aplicou os resultados para esforços nacionais para testar e pacientes da trilha, assim como fornece a orientação para fabricantes de política de interesse público do Arizona.

A acção rápida por ASU e por responsáveis da Saúde públicos de Maricopa County, cientistas de ACGU concorda, mantido provavelmente o primeiro COVID-19 identificado paciente no Arizona -- um estudante que apenas retornasse de Hubei, a província chinesa onde a doença originou -- de inflamar uma manifestação, e do Arizona impedido de transformar-se um epicentro adiantado para o contágio.

“Este é um grande exemplo de como uma resposta rápida e completa da saúde pública pode ser bem sucedida em impedir a propagação desta doença,” disse o director Dr. Paul Keim de ACGU, o professor dos regentes de ciências biológicas e da cadeira dotada Cowden na microbiologia em NAU e o director executivo do micróbio patogénico de NAU e do instituto de Microbiome.

“As etapas similares poderiam ser tomadas ao dar forma aos esforços futuros para reabrir negócios e escolas, mesmo que o vírus continuasse a circular e os povos permanecessem suscetíveis,” Keim adicionado, que é igualmente um distinto professor e co-director do micróbio patogénico de TGen e da divisão de Microbiome.

O Dr. Michael Worobey, um co-fundador de ACGU e cabeça da universidade do departamento de Arizona da ecologia e da biologia evolutiva, concorda.

“É uma combinação do paciente que faz as coisas certas para isolar-se e ser responsáveis da Saúde cientes que teve possivelmente esta doença, e públicos que fazem todas as coisas certas. Parar uma incursão de COVID-19 era uma vitória para o estado do Arizona, o” Dr. Worobey disse.

Isto comprou o Arizona hora valiosa para esforços da prontidão. O primeiro relatou que o caso da transmissão da “comunidade” ocorreu no Arizona descido ao princípio de março da manifestação do estado de Washington que foi descoberta em fevereiro.

Mais de 80% das seqüências do genoma SARS-CoV-2 dos exemplos do Arizona COVID-19 desceu pelo menos de 11 linhagens separadas que estavam circulando inicialmente extensamente em Europa, e pelo curso têm dominado desde a manifestação durante todo os E.U. Nenhuns dos conjuntos observados da transmissão são ligados epidemiològica ao caso curso-relacionado original no Arizona, sugerindo o isolamento e a quarentena adiantados bem sucedidos.

O ACGU usa sequenceres avançados, trabalhos computacionais feitos sob encomenda da análise, e super-computadores para determinar a seqüência do genoma do RNA do vírus, que está apenas sob 30.000 bases por muito tempo. Ao contrário, há quase 3 bilhão bases no genoma humano, que determinam os traços tão simples quanto a cor do olho e do cabelo, e tão complexos quanto a propensão de um indivíduo para o cancro e a outra doença.

TGen tem arranjado em seqüência até agora os genomas SARS-CoV-2 de quase 3.000 amostras COVID-19 positivas para o ACGU, e arranjar em seqüência adicional foi executado em ASU e em UArizona, entre dos mais de 200.000 casos positivos no Arizona, fazendo lhe um do mais robusto tais esforços na nação. ACGU recebe as amostras do Arizona recolhidas pelos sistemas de saúde do estado, do condado, os tribais e os privados.

Os cientistas de ACGU aproveitam-se de pequenas alterações ou de mutações no genoma dos vírus, que ocorrem naturalmente ao longo do tempo enquanto o vírus reproduz, para seguir a propagação do vírus. Comparando as mutações observadas no Arizona aos presentes nas tensões que circulam através do globo, podem determinar quando e de onde o vírus foi introduzido ao Arizona.

Usando análises moleculars do pulso de disparo, os pesquisadores encontraram que a maioria de seqüências do Arizona está representada por duas linhagens -- e diversas secundário-linhagens -- a maioria de que foram introduzidos provavelmente com o curso doméstico, mas com alguma evidência para a importação internacional.

“Com o ACGU, nós estamos aproveitando a experiência na virologia, genómica, evolução e bioinformática durante todo do Arizona a fim destilar ràpida estes dados genomic nas introspecções accionáveis que podem complementar a resposta da saúde pública do estado,” o Dr. Keim disse. “Estes resultados demonstram a potência do traçado e do auto-isolamento do contacto da saúde pública que seguem um teste positivo para provir a maré das infecções que movem-se para a frente.”

O Dr. David Engelthaler, director de TGen norte no mastro, que inclui o ramo da doença infecciosa do instituto, disse que os resultados iniciais de ACGU mostram como cada comunidade, cada estado está escrevendo sua própria história para o que happing na pandemia COVID-19.

“Nós precisamos de compreender todas aquelas linhas de lote que conduziram a onde nós estamos agora,” disseram o Dr. Engelthaler, outro dos co-fundadores do ACGU. “Uma vez que esta doença foi detectada no Arizona o 26 de janeiro, a saúde pública saltou imediatamente dentro para certificar-se de que todos os contactos estiveram identificados, amostras foi recolhida e o paciente foi olhado muito pròxima para os pares de semanas seguintes para certificar-se que não havia any more casos.”

Nos meses de vinda, disse ele, será necessário seguir as manifestações COVID-19 e construir paredes epidemiológicas em torno de cada argumento, especialmente para aquelas o mais em risco: pessoas mais idosas de 65, aqueles em instalações de cuidados a longo prazo, prisões, e aquelas com problemas de saúde pre-existentes.

“Quando você não tem os olhos neste, quando você não tem o traçado do contacto, a seguir pode realmente facilmente mover-se de pessoal,” o Dr. Engelthaler disse. “É realmente útil para fabricantes de política de interesse público fazer decisões local-informado.”

O Dr. Efrem Lim, um virologist que conduzisse a equipe de ASU, disse que os dados da seqüência do genoma SARS-CoV-2 podem dar fornecedores de serviços de saúde e responsáveis políticos públicos uma borda em lutar a pandemia.

Seguir a transmissão do vírus e de suas mutações assegura-se de que a terapêutica e as vacinas que estão sendo tornadas estejam no curso direito. Nós temos agora um punho no que o vírus SARS-CoV-2 em nossas comunidades examina como o nível da seqüência.”

Dr. Efrem Lim, Virologist e professor adjunto, instituto de Biodesign, universidade estadual do Arizona

Source:
Journal reference:

Ladner, J. T., et al. (2020) An Early Pandemic Analysis of SARS-CoV-2 Population Structure and Dynamics in Arizona. mBio. doi.org/10.1128/mBio.02107-20.