Advertencia: Esta página es una traducción de esta página originalmente en inglés. Tenga en cuenta ya que las traducciones son generadas por máquinas, no que todos traducción será perfecto. Este sitio Web y sus páginas están destinadas a leerse en inglés. Cualquier traducción de este sitio Web y su páginas Web puede ser imprecisa e inexacta en su totalidad o en parte. Esta traducción se proporciona como una conveniencia.

La unión de la genómica de Arizona COVID-19 rastrea series del genoma SARS-CoV-2

Las conclusión iniciales denunciadas por la unión de la genómica de Arizona COVID-19 (ACGU) sugieren eso el primer caso denunciado de Arizona de siguiente de COVID-19 a finales de enero, el estado no experimentaron ningún caso que iba desapercibido y era COVID-libre hasta que por lo menos 11 incursiones distintas ocurrieran entre mediados de febrero y principios de abril.

Los resultados publicados aparecen en el mBio del gorrón científico.

La facultad en el instituto de investigación de translación de la genómica (TGen), un afiliado de la ciudad de la esperanza, la universidad septentrional de Arizona (NAU), la Universidad de Arizona (UArizona), y la universidad de estado de Arizona (ASU) lanzaron el ACGU en abril con el propósito expreso de rastrear el agente causativo de COVID-19, SARS-CoV-2: cómo se desarrolla y en cómo se extiende, dentro y fuera de Arizona.

El ACGU ordenó los genomas SARS-CoV-2 en tantas muestras pacientes virus-positivas en Arizona como sea posible, y trabajando con los responsables de Sanidad públicos de Arizona, aplicó los resultados hacia esfuerzos estatales de probar y pacientes del carril, así como ofrece la dirección para los fabricantes del orden público de Arizona.

La acción rápida de ASU y de los responsables de Sanidad públicos del condado de Maricopa, científicos de ACGU está de acuerdo, probablemente mantenido el primer COVID-19 determinado paciente Arizona -- un estudiante que acababa de volver de Hubei, la provincia china donde la enfermedad originó -- de encender un brote, y de Arizona prevenido de hacer un epicentro temprano para el contagio.

“Éste es un gran ejemplo de cómo una reacción rápida y completa de la salud pública puede ser acertada en la prevención de la extensión de esta enfermedad,” dijo al director el Dr. Paul Keim, el profesor de los regentes de ACGU de ciencias biológicas y de la silla dotada Cowden en microbiología en NAU y el director ejecutivo del patógeno de NAU y del instituto de Microbiome.

Las “medidas similares podrían ser tomadas al dar forma los esfuerzos futuros de abrir de nuevo asuntos y escuelas, aunque el virus continúa circular y la gente sigue siendo susceptible,” Keim adicional, que es también profesor distinguido y codirector del patógeno de TGen y de la división de Microbiome.

El Dr. Michael Worobey, un cofundador de ACGU y el jefe de la universidad del departamento de Arizona de la ecología y de la biología evolutiva, está de acuerdo.

“Es una combinación del paciente que hace las cosas correctas para aislarse y para ser responsables de Sanidad enterados que él tenía posiblemente esta enfermedad, y públicos que hacen todas las cosas correctas. La detención de una incursión de COVID-19 era una victoria para el estado de Arizona, el” Dr. Worobey dijo.

Esto compró Arizona hora valiosa para los esfuerzos del estado de preparación. El primer denunció que el caso de la transmisión de la “comunidad” ocurrió en Arizona descendida a principios de marzo del brote del estado de Washington que fue descubierto en febrero.

Más el de 80% de las series del genoma SARS-CoV-2 de los casos de Arizona COVID-19 descendieron por lo menos de 11 linajes separados que circulaban inicialmente extensamente en Europa, y por viaje han dominado desde entonces el brote en los E.E.U.U. No se conecta ningunos de los atados observados de la transmisión epidemiológico al caso viaje-relacionado original en Arizona, sugiriendo el aislamiento y la cuarentena tempranos acertados.

El ACGU utiliza los secuenciadores avanzados, los flujos de trabajo de cómputo de encargo del análisis, y los superordenadores para determinar la serie del genoma del ARN del virus, que está apenas bajo 30.000 bases de largo. En cambio, hay casi 3 mil millones bases en el genoma humano, que determinan los rasgos tan simples como color del aro y del pelo, y tan complejos como la propensión de un individuo para el cáncer y la otra enfermedad.

TGen ha ordenado hasta ahora los genomas SARS-CoV-2 de casi 3.000 muestras positivas COVID-19 para el ACGU, y la secuencia adicional fue realizada en ASU y UArizona, entre de los más de 200.000 casos positivos en Arizona, haciéndole uno del más robusto tales esfuerzos en la nación. ACGU recibe las muestras de Arizona cerco por los sistemas sanitarios del estado, del condado, tribales y privados.

Los científicos de ACGU se aprovechan de pequeños cambios o de las mutaciones en el genoma de los virus, que ocurren naturalmente en un cierto plazo mientras que el virus se reproduce, para rastrear la extensión del virus. Comparando las mutaciones observadas en Arizona a los presentes en las deformaciones que circulan a través del globo, pueden determinar cuando y de donde el virus se ha introducido a Arizona.

Usando análisis moleculares del reloj, los investigadores encontraron que dos linajes representa a la mayoría de las series de Arizona -- y varios sub-linajes -- la mayoría cuyo fueron introducidos probablemente con viaje nacional, pero con un ciertas pruebas de la importación internacional.

“Con el ACGU, estamos aprovechando experiencia en virología, genómica, evolución y bioinformática en de Arizona para destilar rápidamente estos datos genomic en los discernimientos procesables que pueden complementar la reacción de la salud pública del estado,” el Dr. Keim dijo. “Estos resultados demuestran la potencia del trazado y del uno mismo-aislamiento del contacto de la salud pública que siguen una prueba positiva para provenir la marea de las infecciones que se mueven adelante.”

El Dr. David Engelthaler, director de TGen del norte en la asta de bandera, que incluye el brazo de la enfermedad infecciosa del instituto, dijo que las conclusión iniciales de ACGU muestran cómo cada comunidad, cada estado está escribiendo su propia historia para lo que happing en el pandémico COVID-19.

“Necesitamos entender todas esas líneas de gráfico que han llevado a donde ahora estamos,” dijeron al Dr. Engelthaler, otro de los co-fundadores del ACGU. “Una vez que esta enfermedad fue descubierta en Arizona el 26 de enero, la salud pública saltó inmediatamente hacia adentro para asegurarse de que todos los contactos fueron determinados, las muestras cerco y miraron al paciente muy de cerca para los pares de semanas siguientes para asegurarse de que no había más casos.”

En los meses que vienen, él dijo, será necesario rastrear los brotes COVID-19 y construir las paredes epidemiológicas alrededor de cada caso, especialmente para esos la más en peligro: personas más viejas de 65, ésos en centros de asistencia a largo plazo, prisiones, y ésas con problemas de salud preexistentes.

“Cuando usted no tiene aros en esto, cuando usted no tiene trazado del contacto, después puede moverse realmente fácilmente desde personal,” el Dr. Engelthaler dijo. “Es realmente útil que los fabricantes del orden público tomen decisiones local-informadas.”

El Dr. Efrem Lim, virólogo que lleva a las personas de ASU, dijo que los datos de la serie del genoma SARS-CoV-2 pueden dar proveedores de asistencia sanitaria y a responsables políticos públicos un filo en luchar el pandémico.

La búsqueda de la transmisión del virus y de sus mutaciones se asegura de que la terapéutica y las vacunas que son convertidas están en el curso correcto. Ahora tenemos una maneta en lo que mira el virus SARS-CoV-2 en nuestras comunidades como el nivel de la serie.”

El Dr. Efrem Lim, virólogo y profesor adjunto, instituto de Biodesign, universidad de estado de Arizona

Source:
Journal reference:

Ladner, J. T., et al. (2020) An Early Pandemic Analysis of SARS-CoV-2 Population Structure and Dynamics in Arizona. mBio. doi.org/10.1128/mBio.02107-20.