Avertissement : Cette page est une traduction automatique de cette page à l'origine en anglais. Veuillez noter puisque les traductions sont générées par des machines, pas tous les traduction sera parfaite. Ce site Web et ses pages Web sont destinés à être lus en anglais. Toute traduction de ce site et de ses pages Web peut être imprécis et inexacte, en tout ou en partie. Cette traduction est fournie dans une pratique.

La méthode de ordonnancement nouvelle a pu être utile pour la recherche COVID-19

Les chercheurs à l'Université de Chicago et à la clinique de Cleveland ont présenté l'ARN unicellulaire nouvel ordonnançant la méthode qui pourrait être une demande utile de recherche dans la pandémie actuelle de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-19).

La technique, FD-seq appelé, est une méthode de haut-débit pour l'ordonnancement gouttelette gouttelette des cellules compatibles avec le traitement du paraformaldéhyde (PFA).

Actuel, études de ordonnancement unicellulaires qui exigent la protéine souillant ou inactivation d'agent pathogène sont limités par le fait que les méthodes de haut-débit ne sont pas compatibles avec la demande de règlement de PFA, une technique très utilisée pour le tissu/fixation de cellules.

La technique FD-seq neuve présentée par Savaș Tay (l'Université de Chicago) et collègues est particulièrement utile pour étudier les sous-populations rares des cellules qui ont besoin de la souillure intracellulaire de protéine et du Trier-enrichissement Fluorescence-Activé (FACS) de cellules.

Dans l'étude actuelle, l'équipe emploie FD-seq pour traiter deux problèmes importants en virologie.

Premièrement, les chercheurs ont vérifié les facteurs d'hôte qui supportent la remise en service de l'herpès virus sarcome-associé de Kaposi (KSHV) en cellules tumorales.

Deuxièmement, ils avaient l'habitude FD-seq d'explorer la réaction d'hôte dans un modèle in vitro de l'infection du coronavirus OC43.

Ce coronavirus est un parent du coronavirus respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2), l'agent qui entraîne COVID-19, indiquant de ce fait l'utilisation potentielle de FD-seq pour la recherche dans la pandémie de courant.

Une version de prétirage du papier est procurable sur le bioRxiv* de serveur, alors que l'article subit l'inspection professionnelle.

Défis relevés en ARN unicellulaire ordonnançant des études

L'ARN unicellulaire ordonnançant (scRNA-seq) a des applications étendues importantes, de découvrir les types neufs de cellules à tracer le transcriptome des cellules souche embryonnaires.

les technologies scRNA-seq gouttelette Gouttelette sont incroyablement puissantes, dû à leur débit élevé, qui active l'analyse des milliers de cellules dans une expérience unique.

Cependant, même avec la disponibilité de ces techniques de haut-débit, l'étude des populations cellulaires rares demeure provocante parce qu'elle exige souvent l'enrichissement à base de protéines de la population cellulaire.

Cet enrichissement peut parfois être réalisé utilisant des bornes de surface de cellules et FACS. Toujours, quelques types de cellules exigent la protéine intracellulaire souillant, et ceci signifie souvent que la fixation avec PFA est nécessaire pour augmenter le rapport de signe-à-mouvement propre.

Cependant, la fixation de PFA présente un défi en ARN ordonnançant parce que les acides nucléiques sont chimiquement réticulés aux protéines intracellulaires.

« Afin de rechercher l'ARN de haute qualité des cellules PFA-fixes uniques, un protocole approprié d'inversion de réticulation qui met à jour l'intégrité d'ARN et réduit à un minimum l'ARN que la perte est essentielle, » a dit Tay et collègues.

FD-seq indique les cellules pro-inflammatoires de spectateur après l
FD-seq indique les cellules pro-inflammatoires de spectateur après l'infection du coronavirus OC43. les plots de t-SNE (d'a-b) avec des cellules colorées par (a) groupent l'identité ou (b) le type témoin. (c) Barrez le plot montrant le pourcentage des cellules infectées (définies comme cellules qui ont exprimé au moins 1 transcription virale) du faux échantillon infecté et de MOI 1. (d) Le plot de violon montrant la distribution de la transcription virale totale compte. (e) Plot de violon montrant la distribution du pourcentage de la transcription virale totale par identité de boîtier. (f) Heatmap montrant le niveau d'expression relatif de chaque gène viral de chaque cellule dans le boîtier 2. La ligne bleue montre le pourcentage de chaque cellules des transcriptions virales totales. Le violon de (G) trace montrer l'expression de quatre gènes liés immunisé représentatifs qui upregulated dans le boîtier 0. (h) Barrez le plot montrant les P-valeurs réglées des voies upregulated de KEGG dans les boîtiers 1 et 2. La ligne tirée verticale indique la P-valeur = 0,05.

Que les chercheurs ont-ils fait ?

Maintenant, l'équipe a montré que FD-seq est une méthode particulièrement utile de haut-débit pour l'ordonnancement gouttelette gouttelette d'ARN des sous-populations rares de cellules qui ont besoin de la fixation de PFA.

L'équipe avait l'habitude la méthode pour traiter deux problèmes provocants en virologie.

D'abord, ils ont vérifié les facteurs d'hôte qui influencent la remise en service sarcome-associée de l'herpès virus de Kaposi (KSHV) en cellules tumorales.

Les chercheurs disent qu'il y a intérêt considérable en comprenant les détails moléculaires des facteurs d'hôte qui modulent la latence et la remise en service de KSHV parce que ceux-ci sont connus pour contribuer à la tumorigenèse virale. L'admission thérapeutique de la remise en service a pu sensibiliser les cellules latent-infectées aux médicaments actuellement disponibles d'anti-herpès virus.

À l'aide de FD-seq pour analyser une population rare des cellules qui supportent la remise en service de KSHV, l'équipe a recensé quatre gènes d'hôte - CDH1, CORO1C, ISCU, et TMEM119 - dont les niveaux ont fortement marqué avec la remise en service virale.

Utilisant la représentation de sous tension-cellule et une étude de temps-cours d'expression du gène virale, les chercheurs ont constaté que (protéine 119 de transmembrane) le gène TMEM119 a eu l'effet le plus prononcé en termes d'induire la remise en service de KSHV. Analyse approfondie par ARN-seq en vrac indiqué que cet effet de TMEM119 pourrait être assisté par la voie de signalisation de MAPK.

Application de la technique à un parent de SARS-CoV-2

Ensuite, les chercheurs ont vérifié la réaction immunitaire des cellules humaines de poumon à l'infection avec le coronavirus OC43, un parent de SARS-CoV-2 qui entraîne le rhume.

« OC43 a été avec succès employé pour découvrir les médicaments qui empêchent la réplication SARS-CoV-2 in vitro, » dit l'équipe.

Après l'exposition au virus, la plupart des cellules ne pouvaient pas supporter un haut niveau d'expression du gène virale et de voies immunisées pro-inflammatoires au lieu upregulated de signalisation concernant des cytokines telles que l'interleukine 17 et le facteur de nécrose tumorale.

Ceci qui trouve indique la possibilité que tempête de libération de cytokines ou la « de cytokine » excessive qui a été associée à COVID-19 sévère pourrait être conduite par des cellules de spectateur et qui ces cellules pourraient servir d'objectif thérapeutique potentiel.

« Nous avons montré une application possible de FD-seq pour vérifier l'hôte que la réaction dans une infection de coronavirus modèle in vitro, qui propose également son utilisation possible dans la recherche COVID-19 universelle, » écrit l'équipe.

Une technique utile pour de futures études

Les chercheurs concluent que FD-seq est un outil de valeur pour intégrer l'activité de protéine avec l'information de transcriptome.

« Des niveaux d'expression et la phosphorylation de facteur de transcription peuvent être intégrés avec l'analyse entière de transcriptome en combinant la protéine intracellulaire souillant avec FD-seq, » ils écrivent.

En outre, « dans de futures études, FD-seq pourrait potentiellement être amélioré pour ordonnancer les tissus paraffine-encastrés (FFPE) formaline-fixes, l'accomplissement dont activerait l'ordonnancement unicellulaire de haut-débit des échantillons facilement disponibles aux banques de tissus, » conclut l'équipe.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally has a Bachelor's Degree in Biomedical Sciences (B.Sc.). She is a specialist in reviewing and summarising the latest findings across all areas of medicine covered in major, high-impact, world-leading international medical journals, international press conferences and bulletins from governmental agencies and regulatory bodies. At News-Medical, Sally generates daily news features, life science articles and interview coverage.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Robertson, Sally. (2020, September 20). La méthode de ordonnancement nouvelle a pu être utile pour la recherche COVID-19. News-Medical. Retrieved on November 25, 2020 from https://www.news-medical.net/news/20200920/Novel-sequencing-method-could-be-useful-for-COVID-19-research.aspx.

  • MLA

    Robertson, Sally. "La méthode de ordonnancement nouvelle a pu être utile pour la recherche COVID-19". News-Medical. 25 November 2020. <https://www.news-medical.net/news/20200920/Novel-sequencing-method-could-be-useful-for-COVID-19-research.aspx>.

  • Chicago

    Robertson, Sally. "La méthode de ordonnancement nouvelle a pu être utile pour la recherche COVID-19". News-Medical. https://www.news-medical.net/news/20200920/Novel-sequencing-method-could-be-useful-for-COVID-19-research.aspx. (accessed November 25, 2020).

  • Harvard

    Robertson, Sally. 2020. La méthode de ordonnancement nouvelle a pu être utile pour la recherche COVID-19. News-Medical, viewed 25 November 2020, https://www.news-medical.net/news/20200920/Novel-sequencing-method-could-be-useful-for-COVID-19-research.aspx.