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Mutation de D614G maintenant la variante dominante dans la pandémie COVID-19 globale

Les études multiples montrent le cas des mutations variées définissant différents clades des coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère. Il est essentiel d'exercer la surveillance au-dessus des mutations apparaissantes neuf et de la forme physique des tensions neuves pour mettre à jour une réaction efficace à la pandémie. Maintenant, une étude neuve par des chercheurs à l'université de Hong Kong et un publié sur le medRxiv* de serveur de prétirage prouve en septembre 2020 qu'une variante significative caractérisée par la mutation de D614G a un pouvoir infectant plus élevé, qui peut représenter son augmentation rapide dans la position dominante dans toutes les régions où il a apparu.

La mutation de D614G est une où le résidu d'acide aspartique à la position 614 est remplacé par la glycine. C'est à l'extrémité de carboxy-borne du domaine S1 de la protéine de la pointe SARS-CoV-2. Ce mutant occupe une proportion croissante de variantes trouvées depuis fin février 2020, qui lui a effectué la variante actuellement le plus couramment recensée à beaucoup de parties du monde. Ceci a abouti beaucoup de chercheurs à présumer qu'il est capable d'un écart plus rapide ou plus facile comparé au virus de wildtype D614, peut-être en raison de plus de croissance rapide ou de réplication virale plus rapide, ou un numéro plus significatif de reproduction.

Phylogénie globale de SARS-CoV-2. L
Phylogénie globale de SARS-CoV-2. L'arbre de maximum de vraisemblance a été impliqué du cadrage de 26.244 séquences mondiales du génome SARS-CoV-2 avec le haut ordonnançant la couverture, utilisant le modèle de remplacement de GTR+CAT dans le programme de FastTree. Des clades multiples sont mis en valeur, et leurs mutations associées sont indiquées dans la parenthèse. Des bouts d'arbre correspondant aux séquences virales de différents continents sont annotés dans différentes couleurs suivant les indications du cadre de légende de couleur.

Beaucoup d'études confirment in vitro le plus grand pouvoir infectant de ce modèle. Les analyses phylogénétiques montrent également à un phénomène le choix de diversification appelé à la position 614, proposant de nouveau que D614G soit plus infectieux. L'étude actuelle vise à évaluer sa forme physique épidémiologique de cette variante en termes quantitatifs, utilisant des caractéristiques acquises du contrôle COVID-19 et de l'ARN ordonnançant des caractéristiques pour avoir une idée d'à quel point elle infectieuse est par rapport à d'autres tensions.

D614 et G614 dans la Co-Circulation

Le traçage phylogénétique global de relation prouve que la mutation G614 est trouvée dans le clade avec le plus grand nombre de tensions. Les chercheurs ont effectué une supposition essentielle que c'est la seule mutation dans ce clade qui est associé à des régimes de transmission du virus plus élevés.

Sur cette base, ils ont analysé plus de 35.000 séquences virales de la période entre le 24 décembre 2019 et du 8 juin 2020, qui ont compris la position de l'intérêt pour le gène de codage de pointe. Ils ont recensé les boîtiers phylogénétiques de la boîte de vitesses locale sur une base en ce qui concerne le pays utilisant les configurations de ordonnancement virales globales.

Ils ont défini les boîtiers qui ont commencé par une ou un nombre restreint d'introductions virales, avec au moins deux séquences adaptant les critères d'étude. Dans quelques pays, les les deux les variantes diffusaient ensemble dans les boîtiers locaux pendant deux semaines ou davantage. Ceci comprendrait au moins deux rétablissements du virus si l'heure de rétablissement est prise d'être de 5-7 jours en moyenne.

Tous les dix pays compris dans cette analyse ont eu cents séquences de diffusion au moins au cours de cette période où deux tensions ou plus étaient en diffusant en même temps dans un boîtier. Cette analyse a compris, pour cette raison, ~500 boîtiers D614 et ~1.400 boîtiers G614 parmi ~11.000 séquences.

Les chercheurs ont constaté qu'au fil du temps le rapport de la tension G614 à la tension D614 a augmenté pour devenir la tension dominante dans chaque pays.

Forme physique de la boîte de vitesses G614

Les chercheurs également comparés le nombre fondamental de reproduction et la moyenne période de rétablissement des deux tensions. Vu la supposition que la tension D614 a une moyenne heure de rétablissement de ~5 jours, les chercheurs a prévu que la tension G614 a des temps du numéro un 31% de reproduction plus haut que la tension D614.

L'estimation ci-dessus est basée sur le nombre de cas confirmés, mais si les morts sont employées au lieu, le résultat serait un numéro 23% plus élevé de reproduction.

Le moyen temps de rétablissement fondamental est assimilé pour les deux tensions, cependant, en termes de cas confirmés et morts confirmées. Ceci adapte l'hypothèse parfaitement et est conforme aux observations recueillies au sujet de la proportion d'isolats G614 au-dessus de tous les pays dans l'étude.

Les chercheurs ont également regardé des différences dans le numéro de reproduction par des situations géographiques. Ils ont constaté que les estimations étaient 1,13 pour les USA, 1,53 pour le R-U, et 1,30 pour l'autre emplacement.

Ils ont alors réglé leur analyse pour ignorer les séquences importées qui n'ont pas entraîné des infections secondaires significatives. L'arbre phylogénétique global prouve qu'il est possible qu'un grand nombre de cas G614 importés au cours de la période de réflexion ont obtenu des pays où la manifestation avait disparu en grande partie non détectée, mais c'était la tension dominante.

Ainsi, les chercheurs ensuite ont intégré les cas G614 importés dans leur analyse de forme physique sur la supposition que toutes les importations aient consisté seulement en G614. Ils ont alors estimé la force importée de l'infection G614 en termes de son rapport à l'incidence locale de COVID-19 - qui était en-dessous de 0,0012 au R-U.

La signification de ceci est sa suggestion que l'augmentation dans la proportion de G614 n'était pas due aux cas importés au R-U. Si oui, l'estimation générale de 0,0172 pour chacun des dix pays indique que l'augmentation en nombre et la taille des boîtiers G614 étaient dues à la réplication et à l'écart plus efficaces de cette tension à D614 relatif. C'était ainsi même après le réglage à la taille de boîtier ou la définition exacte employée pour tracer la phylogénie.

Comment la forme physique G614 affecte la boîte de vitesses SARS-CoV-2

Les évaluations ci-dessus indiquent que le seuil pour l'immunité de troupeau serait plus élevé pour G614 à D614 relatif, puisque, au rapport fondamental de numéro de reproduction de 1,31 il relèverait de 50% à 62% pour un R0 de 2, et de 67% à 75% pour le R0 de 3. Si la mobilité, la susceptibilité, et le pouvoir infectant sont représentés, ceci aura comme conséquence plus d'évaluation précise du seuil d'immunité de troupeau.

En bref, le plus grand pouvoir infectant de la tension G614 est seulement responsable de son débit de transmission plus élevé.

Des études plus tôt prouvent que la tension G614 est entrée dans des pays européens plus tôt relativement à l'Australie ou aux USA, et ont composé de ~20% à 75% de toutes les infections avant début mars. De nouveau, New York a eu une importation plus tôt de cette tension comparée à l'état de Washington. Assumant le même temps de rétablissement, ceci indique que le numéro fondamental de reproduction était 25% plus haut pour l'état de Washington. Cependant, le manque de Co-circulation n'a pas permis l'évaluation de la forme physique G614 pour l'état de New-York.

L'étude propose ainsi que la tension G614 ait un débit de transmission environ un troisième plus élevé que la tension D614, qui a piloté sa dominance dans chaque pays qu'il a atteint jusqu'ici. En fait, c'est devenu la tension SARS-CoV-2 prédominante en Europe dans les deux mois de son introduction.

Le taux de croissance de G614 est 21% plus rapide que celui de D614, et ceci apparie également le régime de la réapparition du virus de G614-dominant dans Pékin relativement à l'écart du virus originel de D614-dominated dans la première onde, à 325 contre 156 caisses locales pour la deuxième onde comparée à la première onde, dans le même nombre de jours, et en dépit de l'endiguement serré mesure régner dans la ville.

Cependant, il y a une possibilité que plus de nombre important de cas doux ont été sélectionnés vers le haut la deuxième fois autour à cause du niveau supérieur de la communauté vérifiant à partir de juin en avant. Il n'y a aucune preuve d'une virulence plus élevée, cependant, et en fait, les analyses brutes montrent un pourcentage plus élevé des cas asymptomatiques, doux, ou modérés dans la deuxième onde.

Implications

Le numéro plus élevé de pouvoir infectant et de reproduction signifie que les mesures préventives contre la tension D614 seront seulement 70% comme efficaces contre la tension G614. Ceci signifie que la couverture vaccinique et le seuil d'immunité de troupeau monteront de manière significative avec la tension G614.

Naturellement, il pourrait être que le R0 est demeuré le même, mais la tension G614 a plus peu de temps de doublement environ de 20%, exigeant d'un traçage et d'un contrôle plus rapides de contact de 20% d'éviter de futures manifestations. Ceci ne changera pas la couverture vaccinique exigée pour arrêter la pandémie, cependant, due au R0 sans modification.

Plus de recherche sera exigée pour comprendre comment d'autres mutations dans les tensions avec la mutation de D614G affectent le temps de transmissibility et de rétablissement. Les estimations de forme physique s'appliquent seulement avec la Co-circulation de ces deux tensions et pas si seulement une tension neuve apparaît ou est déjà la tension dominante, ni si trois tensions ou plus diffusent simultanément.

Les scientifiques concluent, « la mutation G614 s'entretient un avantage de boîte de vitesses par rapport au wildtype D614. Notre méthode peut être promptement intégrée dans le système de surveillance du courant COVID-19, pour fournir l'évaluation épidémiologique efficace du potentiel de boîte de vitesses des mutants apparaissants pour l'alerte tôt. »

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Source

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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