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Mutazione di D614G ora la variante dominante nella pandemia globale COVID-19

Gli studi multipli mostrano l'avvenimento di varie mutazioni che definiscono i clades differenti del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo. È essenziale per montare la guardia sopra le mutazioni recentemente emergenti e la forma fisica di nuovi sforzi per mantenere un'efficace risposta alla pandemia. Ora, un nuovo studio dai ricercatori all'università di Hong Kong e pubblicata sul medRxiv* del " server " della pubblicazione preliminare nel settembre 2020 indica che una variante significativa caratterizzata dalla mutazione di D614G ha più alta infettività, che può rappresentare il suo aumento rapido alla posizione dominante in tutte le regioni dove è emerso.

La mutazione di D614G è una dove il residuo dell'acido aspartico alla posizione 614 è sostituito da glicina. Ciò è all'estremità del carboxy-terminale del dominio S1 della proteina della punta SARS-CoV-2. Questo mutante occupa una proporzione aumentante di varianti individuate dalla fine del febbraio 2020, che le ha reso la variante attualmente il più comunemente identificata in molte parti del mondo. Ciò piombo molti ricercatori supporre che fosse capace della diffusione più veloce o più facile confrontata al virus D614 del wildtype, forse dovuto più crescita rapida o replicazione virale più veloce, o un numero più significativo della riproduzione.

Filogenesi globale di SARS-CoV-2. L
Filogenesi globale di SARS-CoV-2. L'albero di probabilità massima è stato arguito dall'allineamento di 26.244 sequenze mondiali del genoma SARS-CoV-2 con alta copertura d'ordinamento, facendo uso del modello della sostituzione di GTR+CAT nel programma di FastTree. I clades multipli sono evidenziati e le loro mutazioni associate sono indicate all'interno della parentesi. I suggerimenti dell'albero che corrispondono alle sequenze virali dai continenti differenti sono annotati nei colori differenti secondo le indicazioni della casella di legenda di colore.

Molti studi in vitro confermano l'infettività aumentata di questo modello. Le analisi filogenetiche egualmente mostrano un fenomeno chiamato differenziare la selezione alla posizione 614, suggerente ancora che D614G sia più contagioso. Lo studio corrente mira a valutare la sua forma fisica epidemiologica di questa variante nei termini quantitativi, facendo uso dei dati acquistati da sorveglianza COVID-19 e da RNA che ordinano i dati per ottenere un'idea di quanto contagioso è relativamente ad altri sforzi.

D614 e G614 nella Co-Circolazione

Il tracciato filogenetico globale di relazione indica che la mutazione G614 è trovata nel clade con il più grande numero degli sforzi. I ricercatori hanno fatto un presupposto cruciale che questa è la sola mutazione in questo clade che è associato con gli più alti velociti di trasmissione virali.

Su questa base, hanno analizzato oltre 35.000 sequenze virali a partire dal periodo fra il 24 dicembre 2019 e l'8 giugno 2020, che hanno compreso la posizione di interesse nel gene della codifica della punta. Hanno identificato i cluster filogenetici della trasmissione locale su una base come un paese facendo uso dei reticoli d'ordinamento virali globali.

Hanno definito i cluster che hanno cominciato con un'o un piccolo numero di introduzione virale, con almeno due sequenze che misura i criteri di studio. In alcuni paesi, le entrambe varianti stavano circolando insieme nei cluster locali per due settimane o più. Ciò comprenderebbe almeno due generazioni del virus se il momento di generazione è richiesto in media di essere dei 5-7 giorni.

Tutti i dieci paesi inclusi in questa analisi hanno avuti cento sequenze di circolazione almeno durante questo periodo in cui due o più sforzi erano nella circolazione allo stesso tempo in un cluster. Questa analisi, quindi, ha compreso ~500 cluster D614 e ~1.400 cluster G614 fra ~11.000 sequenze.

I ricercatori hanno trovato che il rapporto dello sforzo G614 allo sforzo D614 è aumentato col passare del tempo per trasformarsi nello sforzo dominante in ogni paese.

Forma fisica della trasmissione G614

I ricercatori egualmente hanno confrontato il numero di base della riproduzione ed il periodo di generazione medio di entrambi gli sforzi. Dato il presupposto che lo sforzo D614 ha un tempo di generazione medio dei ~5 giorni, i ricercatori hanno calcolato che lo sforzo G614 ha volte di numero un 31% della riproduzione più superiore allo sforzo D614.

Il preventivo qui sopra è basato sul numero dei casi confermati, ma se le morti sono usate invece, il risultato sarebbe un numero più alto 23% della riproduzione.

Il tempo di generazione medio di base è simile per entrambi gli sforzi, tuttavia, in termini di sia casi confermati che morti confermate. Ciò misura perfettamente l'ipotesi ed è d'accordo con le osservazioni riunite riguardo alla proporzione di isolati G614 sopra tutti i paesi nello studio.

I ricercatori egualmente hanno esaminato le differenze nel numero della riproduzione dalle posizioni geografiche. Hanno trovato che i preventivi erano 1,13 per gli Stati Uniti, 1,53 per il Regno Unito e 1,30 per altre posizioni.

Poi hanno regolato la loro analisi per trascurare le sequenze incluse che non hanno causato le infezioni secondarie significative. L'albero filogenetico globale indica che è possibile che tantissime casse incluse G614 durante il periodo di studio siano arrivato dai paesi in cui lo scoppio era andato principalmente inosservato, ma questo era lo sforzo dominante.

Quindi, i ricercatori dopo hanno integrato le casse incluse G614 nella loro analisi di forma fisica sul presupposto che tutte le importazioni sono consistito solamente da G614. Poi hanno stimato la forza inclusa dell'infezione G614 in termini di suo rapporto all'incidenza locale di COVID-19 - che era inferiore a 0,0012 nel Regno Unito.

Il significato di questo è il suo suggerimento che l'aumento nel rapporto di G614 non era dovuto le casse incluse nel Regno Unito. In caso affermativo, la stima generale di 0,0172 per tutti e dieci i paesi indica che l'aumento di numero e la dimensione dei cluster G614 erano dovuto la replica e la diffusione più efficienti di questo sforzo a D614 relativo. Ciò era in modo da anche dopo registrare per ottenere la dimensione del cluster o la definizione esatta usata per rintracciare la filogenesi.

Come la forma fisica G614 pregiudica la trasmissione SARS-CoV-2

Le valutazioni di cui sopra indicano che la soglia per immunità del gregge sarebbe più alta per G614 a D614 relativo, poiché, al rapporto di base di numero della riproduzione di 1,31 alzerebbe 50% - 62% per un R0 di 2 e 67% - 75% per un R0 di 3. Se la mobilità, la predisposizione e l'infettività sono rappresentate, questa provocherà un preventivo più accurato della soglia di immunità del gregge.

In breve, l'infettività aumentata dello sforzo G614 è solamente responsabile del suo più alto velocita di trasmissione.

Gli studi più iniziali indicano che lo sforzo G614 ha entrato più presto nei paesi europei riguardante l'Australia o gli Stati Uniti ed hanno composto ~20% - 75% di tutte le infezioni da ora all'inizio di marzo. Di nuovo, New York ha avuto un'importazione più iniziale di questo sforzo confrontato allo Stato del Washington. Presupponendo lo stesso tempo di generazione, questo indica che il numero di base della riproduzione sia stato 25% più su per lo Stato del Washington. Tuttavia, la mancanza di co-circolazione non ha permesso la valutazione di forma fisica G614 per lo stato di New York.

Lo studio suggerisce così che lo sforzo G614 abbia un velocita di trasmissione circa un terzo superiore allo sforzo D614, che ha determinato la sua dominanza in ogni paese che ha raggiunto finora. Infatti, si è trasformato nello sforzo predominante SARS-CoV-2 in Europa entro due mesi della sua introduzione.

Il tasso di accrescimento di G614 è 21% più veloce di quello di D614 e questo egualmente abbina la tariffa della rinascita del virus di G614-dominant a Pechino riguardante la diffusione del virus originale di D614-dominated nella prima onda, a 325 contro 156 casse locali per la seconda onda confrontata alla prima onda, all'interno dello stesso numero dei giorni e malgrado il contenimento stretto misura prevalere nella città.

Tuttavia, c'è una possibilità che un numero più significativo dei casi delicati è stato selezionato la seconda volta intorno a causa di più alta tariffa della comunità che prova da giugno in avanti. Non c'è prova di più alta virulenza, tuttavia ed infatti, le analisi grezze mostrano un'più alta percentuale dei casi asintomatici, delicati, o moderati nella seconda onda.

Implicazioni

Il più alto numero della riproduzione e di infettività significa che le misure preventive contro lo sforzo D614 saranno soltanto 70% come efficienti contro lo sforzo G614. Ciò significa che sia la copertura vaccino che la soglia di immunità del gregge aumenteranno significativamente con lo sforzo G614.

Naturalmente, potrebbe essere che il R0 è rimanere lo stesso, ma lo sforzo G614 ha un più breve tempo di raddoppiamento da circa 20%, richiedendo il tracciato ed il controllo più veloci del contatto di 20% di impedire gli scoppi futuri. Ciò non cambierà la copertura vaccino richiesta per fermare la pandemia, tuttavia, dovuto il R0 immutato.

La più ricerca sarà richiesta di capire come altre mutazioni negli sforzi con la mutazione di D614G pregiudicano il tempo di generazione e di transmissibility. I preventivi di forma fisica si applicano soltanto con co-circolazione di entrambi questi sforzi e non se soltanto uno nuovo sforzo sta emergendo o è già lo sforzo dominante, né se tre o più sforzi stanno circolando simultaneamente.

Gli scienziati concludono, “la mutazione G614 conferisce un vantaggio della trasmissione sopra il wildtype D614. Il nostro metodo può essere integrato prontamente nel sistema di sorveglianza corrente COVID-19, per fornire la valutazione epidemiologica efficiente del potenziale della trasmissione dei mutanti emergenti per l'avviso iniziale.„

Avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Sorgente

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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