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Mutação de D614G agora a variação dominante na pandemia COVID-19 global

Os estudos múltiplos mostram a ocorrência das várias mutações que definem clades diferentes do coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2). É essencial manter o relógio sobre as mutações recentemente emergentes e a aptidão das tensões novas para manter uma resposta eficaz à pandemia. Agora, um estudo novo por pesquisadores na universidade de Hong Kong e publicada no medRxiv* do server da pré-impressão mostra em setembro de 2020 que uma variação significativa caracterizada pela mutação de D614G tem uma infectividade mais alta, que possa esclarecer sua elevação rápida à posição dominante em todas as regiões onde emergiu.

A mutação de D614G é uma onde o resíduo do ácido aspartic na posição 614 é substituído pela glicina. Isto está no fim do carboxy-terminal do domínio S1 da proteína do ponto SARS-CoV-2. Este mutante ocupa uma proporção crescente de variações detectadas desde fim de fevereiro de 2020, que lhe faça a variação presentemente o mais geralmente identificada em muitas partes do mundo. Isto conduziu muitos pesquisadores supr que é capaz de uma propagação mais rápida ou mais fácil comparada ao vírus D614 do wildtype, talvez devido a um crescimento mais rápido ou a uma réplica viral mais rápida, ou um número mais significativo da reprodução.

Filogenia global de SARS-CoV-2. A árvore da probabilidade máxima foi pressupor do alinhamento de 26.244 seqüências mundiais do genoma SARS-CoV-2 com cobertura arranjando em seqüência alta, usando o modelo da substituição de GTR+CAT no programa de FastTree. Os clades múltiplos são destacados, e suas mutações associadas são indicadas dentro do parêntese. As pontas da árvore que correspondem às seqüências virais dos continentes diferentes são anotadas em cores diferentes segundo as indicações da caixa da legenda da cor.
Filogenia global de SARS-CoV-2. A árvore da probabilidade máxima foi pressupor do alinhamento de 26.244 seqüências mundiais do genoma SARS-CoV-2 com cobertura arranjando em seqüência alta, usando o modelo da substituição de GTR+CAT no programa de FastTree. Os clades múltiplos são destacados, e suas mutações associadas são indicadas dentro do parêntese. As pontas da árvore que correspondem às seqüências virais dos continentes diferentes são anotadas em cores diferentes segundo as indicações da caixa da legenda da cor.

Muitos estudos confirmam in vitro a infectividade aumentada deste modelo. As análises filogenéticas igualmente mostram um fenômeno chamado diversificar a selecção na posição 614, sugerindo outra vez que D614G seja mais infeccioso. O estudo actual aponta avaliar sua aptidão epidemiológica desta variação em termos quantitativos, usando os dados adquiridos da fiscalização COVID-19 e do RNA que arranjam em seqüência dados para obter uma ideia de como infeccioso é com relação a outras tensões.

D614 e G614 na Co-Circulação

O traçado filogenética global do relacionamento mostra que a mutação G614 está encontrada no clade com o número o maior de tensões. Os pesquisadores fizeram uma suposição crucial que esta é a única mutação neste clade que é associado com as taxas de transmissão virais mais altas.

Nesta base, analisaram sobre 35.000 seqüências virais do período entre o 24 de dezembro de 2019 e o 8 de junho de 2020, que incluíram a posição do interesse no gene da codificação do ponto. Identificaram os conjuntos filogenéticas de transmissão local em uma base país-sábia usando os testes padrões arranjando em seqüência virais globais.

Definiram os conjuntos que começaram com uma ou um pequeno número de introdução viral, com pelo menos as duas seqüências que cabem os critérios do estudo. Em alguns países, ambas as variações estavam circulando junto em conjuntos locais por duas semanas ou mais. Isto incluiria pelo menos duas gerações do vírus se o momento de geração é tomado de ser 5-7 dias em média.

Todos os dez países incluídos nesta análise tiveram cem seqüências de circulação pelo menos durante este período em que dois ou mais tensões consistiam na circulação ao mesmo tempo em um conjunto. Esta análise, incluiu conseqüentemente ~500 conjuntos D614 e ~1.400 conjuntos G614 entre ~11.000 seqüências.

Os investigador encontraram que ao longo do tempo a relação da tensão G614 à tensão D614 aumentou para se transformar a tensão dominante em cada país.

Aptidão da transmissão G614

Os pesquisadores igualmente compararam o número básico da reprodução e a época de geração média de ambas as tensões. Dado a suposição que a tensão D614 tem uma hora de geração média do ~5 dias, os pesquisadores calcularam que a tensão G614 tem tempos do número um 31% da reprodução mais altamente do que a tensão D614.

A avaliação acima é baseada no número de casos confirmados, mas se as mortes são usadas pelo contrário, o resultado seria um número 23% mais alto da reprodução.

O tempo de geração médio básico é similar para ambas as tensões, contudo, em termos dos casos confirmados e das mortes confirmadas. Isto cabe a hipótese perfeitamente e concorda com as observações recolhidas a respeito da proporção dos isolados G614 sobre todos os países no estudo.

Os pesquisadores igualmente olharam diferenças no número da reprodução por lugar geográficos. Encontraram que as avaliações eram 1,13 para os E.U., 1,53 para o Reino Unido, e 1,30 para outros lugar.

Ajustaram então sua análise para ignorar as seqüências importadas que não causaram infecções secundárias significativas. A árvore filogenética global mostra que é possível que um grande número caixas G614 importadas durante o período do estudo chegaram dos países aonde a manifestação tinha ido na maior parte indetectado, mas esta era a tensão dominante.

Assim, os pesquisadores em seguida integraram as caixas G614 importadas em sua análise da aptidão na suposição que todas as importações consistiram unicamente em G614. Calcularam então a força importada da infecção G614 em termos de sua relação à incidência local de COVID-19 - que estava abaixo de 0,0012 no Reino Unido.

O significado deste é sua sugestão que o aumento na proporção de G614 não era devido às caixas importadas no Reino Unido. Em caso afirmativo, a avaliação total de 0,0172 para todos os dez países indica que o aumento em número e o tamanho dos conjuntos G614 eram devido à réplica e à propagação mais eficientes desta tensão D614 relativo a. Isto era assim que mesmo depois o ajuste para o tamanho do conjunto ou a definição exacta usada para seguir a filogenia.

Como a aptidão G614 afecta a transmissão SARS-CoV-2

As avaliações acima indicam que o ponto inicial para a imunidade do rebanho seria mais alto para G614 D614 relativo a, desde que, na relação básica do número da reprodução de 1,31 moveria 50% a 62% para um R0 de 2, e 67% a 75% para um R0 de 3. Se a mobilidade, a susceptibilidade, e a infectividade são esclarecidas, esta conduzirá a uma avaliação mais exacta do ponto inicial da imunidade do rebanho.

Em curto, a infectividade aumentada da tensão G614 é unicamente responsável para sua taxa de transmissão mais alta.

Uns estudos mais adiantados mostram que a tensão G614 entrou em países europeus mais cedo relativo a Austrália ou aos E.U., e compo ~20% a 75% de todas as infecções ao princípio de março. Além disso, New York teve uma importação mais adiantada desta tensão comparada ao estado de Washington. Supor o mesmo tempo de geração, isto indica que o número básico da reprodução era 25% mais altamente para o estado de Washington. Contudo, a falta da co-circulação não permitiu a avaliação da aptidão G614 para Estados de Nova Iorque.

O estudo sugere assim que a tensão G614 tenha uma taxa de transmissão aproximadamente um terceiro mais alto do que a tensão D614, que conduziu seu domínio em cada país que alcançasse até agora. De facto, transformou-se a tensão SARS-CoV-2 predominante em Europa dentro de dois meses de sua introdução.

A taxa de crescimento de G614 é 21% mais rápido do que aquele de D614, e esta igualmente combina a taxa de ressurgência do vírus de G614-dominant no Pequim relativo à propagação do vírus original de D614-dominated na primeira onda, em 325 contra 156 caixas locais para a segunda onda comparada à primeira onda, dentro do mesmo número de dias, e apesar da retenção apertada mede prevalecer na cidade.

Contudo, há uma possibilidade que um número mais significativo de casos suaves estêve escolhido acima a segunda vez ao redor devido à taxa mais alta da comunidade que testa desde junho avante. Não há nenhuma evidência de uma virulência mais alta, contudo, e de facto, as análises brutas mostram uma porcentagem mais alta de casos assintomáticos, suaves, ou moderados na segunda onda.

Implicações

O número mais alto da infectividade e da reprodução significa que as medidas preventivas contra a tensão D614 serão somente 70% como eficientes contra a tensão G614. Isto significa que a cobertura vacinal e o ponto inicial da imunidade do rebanho aumentarão significativamente com a tensão G614.

Naturalmente, poder-se-ia ser que o R0 permaneceu o mesmo, mas a tensão G614 tem uma estadia de duplicação mais curto por aproximadamente 20%, exigindo um traçado e um controle mais rápidos do contacto de 20% impedir as manifestações futuras. Isto não mudará a cobertura vacinal exigida para parar a pandemia, contudo, devido ao R0 inalterado.

Mais pesquisa será exigida compreender como outras mutações nas tensões com a mutação de D614G afectam o tempo do transmissibility e de geração. As avaliações da aptidão aplicam-se somente com co-circulação de ambas estas tensões e não se somente uma tensão nova está emergindo ou é já a tensão dominante, nem se três ou mais tensões estão circulando simultaneamente.

Os cientistas concluem, “a mutação G614 conferem uma vantagem da transmissão sobre o wildtype D614. Nosso método pode prontamente ser integrado no sistema de vigilância COVID-19 actual, para fornecer a avaliação epidemiológica eficiente do potencial da transmissão de mutantes emergentes para o alerta adiantado.”

Observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Source

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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