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Marrowquant pode determinar componentes múltiplos do osso em imagens histológicas

A medula é o tecido macio dentro de nossos ossos. Seu papel principal é produzir as células estaminais que irã0 sobre se transformar várias pilhas do sangue, incluindo os glóbulos brancos que lutam as infecções, os glóbulos vermelhos que levam o oxigênio durante todo o corpo, e as plaqueta que controlam o sangramento.

Mas a medula igualmente contem pilhas gordas, os adipocytes, de que foram pensados por muito tempo como “enchimentos passivos” da cavidade de abóbora. Nos últimos anos, contudo, os adipocytes da medula foram mostrados para realizar um papel distante mais importante dentro do microambiente da medula do que pensaram inicialmente.

A relação entre pilhas deformação (cor vermelha) e adipocytes (cor amarela) não é constante. Muda com idade, entre as peças diferentes do esqueleto, e em vários condições ou tratamentos contra o cancro da doença como o chemo e a radioterapia, que causam uma condição chamada “aplasia da medula”. As mudanças na relação das pilhas produzem “SHIFT amarelo-à-vermelhas” e “vermelho-à-amarelas” assim chamadas na cor da medula, que é usada monitorando sua condição.

Esta monitoração contudo não é estandardizada inteiramente, mas confia em avaliações por patologistas de imagens histológicas. Na pesquisa, a saúde relativa de amostras da medula é avaliada igualmente qualitativa, com as imagens histológicas. Esta subjetividade, embora compensado extremamente, pode ainda causar limitações do diagnóstico e da pesquisa.

Publicando na endocrinologia das fronteiras, os cientistas conduzidos por Olaia Naveiras em EPFL, introduzem MarrowQuant, um software digital novo da patologia que possa imagens histológicas “lidas” da medula e “o descrever” quantitativa, construindo os mapas baseados em valores para complementar as imagens. As aplicações potenciais desta aproximação podem revolucionar a histologia digital.

Seu código já transferido ficheiros pela rede em GitHub, MarrowQuant é descrito como “um algoritmo de fácil utilização para a quantificação de biópsias do tecido da medula de H&E em imagens de corrediça inteiras.”

No papel, os pesquisadores usam MarrowQuant para construir o primeiro-nunca mapa quantitativo da heterogeneidade da medula durante todo o esqueleto dos ratos que sofrem do aplasia idade-induzido e radiação-induzido.

O trabalho era agradecimentos possíveis maciços de um esforço somente à colaboração longa e frutuosa com BioImaging de EPFL e plataforma do sistema ótico [BIOP].”

Naveiras, presidente, sociedade internacional da adiposidade da medula (BMAS)

MarrowQuant, usos o software livre QuPath, e pode sistematicamente determinar componentes múltiplos do osso em imagens histológicas sem polarização. Faz este distinguindo e determinando as áreas ocupadas por várias partes da medula - incluir o vasculature e o osso próprio.

Um dos usos potenciais de MarrowQuant será reexaminar coleções históricas da amostra de amostras e mesmo de dados do osso dos ensaios clínicos velhos.

“MarrowQuant tem sido já extremamente bem recebido pela comunidade digital da patologia,” diz Naveiras. “Além disso, o recurso muito selectivo da base de dados de imagem (IDR) seleccionou o conjunto de dados associado para a publicação, que inclui sobre 300 imagens anotadas.”

Source:
Journal reference:

Tratwal J, et al. (2020) MarrowQuant in Aging and Aplasia: A Digital Pathology Workflow for Quantification of Bone Marrow Compartments in Histological Sections. Frontiers Endocrinology. doi.org/10.3389/fendo.2020.00480.