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Uno studio che contraddice la relazione fenotipica fra i plasmablasts e che sviluppa i neutrofili

Un gruppo degli scienziati dall'Australia sfida i risultati di uno studio recente da Wilk et al. che dimostra quel transdifferentiate dei plasmablasts nei neutrofili di sviluppo nella malattia severa 2019 (COVID-19) di coronavirus. Lo studio australiano è attualmente disponibile sul " server " della pubblicazione preliminare del bioRxiv*.    

Nello studio dai ricercatori all'istituto di Garvan di ricerca medica e del centro di Garvan-Weizmann per genomica cellulare, lo stato trascrizionale delle celle mononucleari di sangue periferico isolate dai pazienti ospedalizzati COVID-19 è stato determinato. I loro risultati hanno rivelato che i neutrofili di sviluppo sono fenotipico simili ai plasmablasts e che sviluppando il transdifferentiate dei neutrofili dai plasmablasts in risposta alla sindrome di emergenza respiratoria acuta severa di COVID-19-related.  

L
L'rianalisi dei dati scRNA-seguenti dai neutrofili di sviluppo di manifestazione di Wilk et al. non fa transdifferentiate dai plasmablasts. a. Ricostruzione del UMAP che incassa dalla figura 1c di Wilk et al. B. UMAP che incassa mostrando effetto di regressione fuori geni mitocondriali. c. UMAP che incassa mostrando effetto di regressione fuori geni mitocondriali e geni ribosomiali. incassassatura del D. UMAP dei neutrofili, dei neutrofili di sviluppo, dei linfociti B e delle celle di plasma.

Le celle di plasma di proliferazione che sono derivate dai linfociti B linfoidi di stirpe sono chiamate plasmablasts. Al contrario, i neutrofili sono derivati dalle celle mieloidi di stirpe ed attivamente sono coinvolgere nella fagocitosi degli agenti patogeni d'invasione. A causa della variazione negli stirpi delle cellule, l'estesa ricostruzione è richiesta sia ai livelli genetici che molecolari per convertire i plasmablasts in neutrofili di sviluppo. Sebbene gli studi abbiano indicato che i progenitori del linfocita B ed i linfociti B del naïve possono essere transdifferentiated nei macrofagi esogenicamente esprimendo i fattori di trascrizione specifici, una prova completamente ricercata è richiesta di stabilire la transdifferenziazione spontanea delle celle di plasma che alla fine sono differenziate.

Nello studio corrente, gli scienziati hanno analizzato nuovamente i dati d'ordinamento unicellulari generati da Wilk et al. che l'RNA-ordinamento unicellulare è usato per valutare lo stato trascrizionale di un'ampia varietà di celle e la prossimità di due tipi differenti delle cellule rappresenta le similarità trascrizionali di queste celle. Per un'analisi precisa dei dati, è vitale eliminare il disturbo tecnico senza interferire con la variabilità biologica.

Mentre analizzavano i dati di Wilk, gli scienziati hanno osservato che gli autori sono regredito fuori una serie di molecolare unico identifica (UMIs) ed hanno espresso i geni dai loro dati di espressione genica, oltre alla regressione fuori RNA ribosomiale e geni e geni mitocondriali. Tuttavia, regredire fuori UMIs non è raccomandata, poichè può piombo ai dati che overfitting.

Per riesaminare completamente l'intero scenario, gli scienziati correnti di studio hanno analizzato i dati di Wilk esclusivamente regredendo fuori geni mitocondriali, regredendo fuori geni mitocondriali e ribosomiali, o senza regredire fuori tutti i covariates. Gli scienziati hanno osservato che la relazione fra i plasmablasts ed i neutrofili di sviluppo più non esiste quando il disturbo tecnico è eliminato giustamente senza covariates d'alterazione.        

Ancora, i dati di Wilk hanno indicato che entrambi i neutrofili e plasmablasts di sviluppo occupano un simile spazio molteplice, in cui i plasmablasts sembrano distante essere associati con i linfociti B. Inoltre, l'analisi eseguita da Wilk et al. fa un'ipotesi teorica che c'è una relazione inerente allo sviluppo fra tutta la cella digita studiato e che un albero di stirpe delle cellule li connette. Tuttavia, una tal ipotesi può essere fatta soltanto quando analizza le celle differenziate con un antenato comune in vitro. Una tal ipotesi non è applicabile alle celle mononucleari di sangue periferico poichè contengono parecchi tipi di celle derivate dai tipi differenti di celle del progenitore.

Nello studio corrente, gli scienziati ancora le similarità possibili esplorate fra i linfociti B, i plasmablasts, i neutrofili ed i neutrofili di sviluppo. Sorprendente, hanno osservato rispettivamente che i neutrofili ed i linfociti B non sono collegati con i neutrofili e i plasmablasts di sviluppo. Ciò indica che i plasmablasts ed i neutrofili di sviluppo sono attivati in risposta a COVID-19 severo e possibilmente dividono l'espressione di una serie di geni, che possono fuorviare Wilk et al. per classificarli come tipi relativi delle cellule. Un'espressione comune dei geni può essere un risultato del overactivation di SARS-CoV-2-induced del sistema immunitario.

A causa dell'alta densità, i neutrofili non possono essere catturati generalmente nel preparato di sangue usato per isolare le celle mononucleari di sangue periferico. Secondo gli scienziati correnti di studio, è probabile che i neutrofili di sviluppo sono simili ai neutrofili proinflammatory a bassa densità, che contengono i neutrofili acerbi hyposegmented. Di conseguenza, è più probabile che i neutrofili di sviluppo sono derivati dai precursori mieloidi del midollo osseo in risposta all'infezione severa SARS-CoV-2.

Avviso *Important

il bioRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal references:
Dr. Sanchari Sinha Dutta

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Dr. Sanchari Sinha Dutta

Dr. Sanchari Sinha Dutta is a science communicator who believes in spreading the power of science in every corner of the world. She has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree and a Master's of Science (M.Sc.) in biology and human physiology. Following her Master's degree, Sanchari went on to study a Ph.D. in human physiology. She has authored more than 10 original research articles, all of which have been published in world renowned international journals.

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