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La combinaison génétique et des données expérimentales peut activer une prévision plus précise de virus de la grippe

La combinaison génétique et des données expérimentales dans des modèles au sujet du virus de la grippe peut aider à prévoir plus exactement qui tend sera le plus courant pendant l'hiver suivant, dit une étude publiée récent dans l'eLife.

Les modèles pourraient rendre le modèle des vaccins contre la grippe plus précis, assurant une plus pleine protection contre un virus qui entraîne environ un demi-million de morts tous les ans mondial.

Les vaccins sont la meilleure protection que nous avons contre la grippe. Mais le virus change son apparence en notre système immunitaire chaque année, exigeant des chercheurs de mettre à jour le vaccin pour apparier. Puisqu'un vaccin neuf prend presque une année pour effectuer, les chercheurs de grippe doivent prévoir quels virus de la grippe examinent les la plupart comme les virus du contrat à terme.

Les voies d'étalon-or d'étudier la grippe concernent des expériences de laboratoire regardant une molécule principale qui vêtx l'hémagglutinine appelée de virus.

Mais ces méthodes sont de main-d'oeuvre et prennent un bon moment. Les chercheurs se sont concentrés au lieu sur utiliser des ordinateurs pour prévoir comment le virus de la grippe évoluera de la séquence génétique seule de l'hémagglutinine, mais ces caractéristiques donnent seulement une partie de l'illustration.

« La communauté de la recherche de grippe a longtemps identifié l'importance de tenir compte des caractéristiques matérielles du virus de la grippe, telles que la façon dont l'hémagglutinine change au fil du temps, ainsi que l'information génétique, » explique l'auteur important John Huddleston, un stagiaire de PhD dans le laboratoire de Bedford au centre de cancérologie de Fred Hutchinson et au programme moléculaire et de biologie cellulaire à l'université de Washington, Seattle, USA.

« Nous avons voulu voir si la combinaison des modèles séquence séquence génétiques de l'évolution de grippe avec d'autres mesures expérimentales de haute qualité pourrait améliorer les prévisions des tensions neuves de la grippe qui apparaîtront un an en bas de la ligne. »

Huddleston et l'équipe ont regardé différentes composantes de virus « forme physique » - c.-à-d., comment vraisemblablement le virus doit prospérer et continuer à évoluer. Ceux-ci ont compris combien assimilé les antigènes du virus sont aux tensions précédemment de diffusion (antigènes étant les composantes du virus qui déclenchent une réaction immunitaire). Ils ont également mesuré combien mutations le virus a accumulé, et s'ils sont avantageux ou nuisibles.

Utilisant 25 ans de caractéristiques historiques de grippe, l'équipe a transformé à des pronostics un an en contrat à terme à partir de toutes les saisons de la grippe procurables. Chaque pronostic a prévu ce que ressemblerait la future population de virus à employer code génétique, les données expérimentales, ou les deux des virus. Ils comparés futures les populations prévues et réelles de la grippe à découvrir qui les types de caractéristiques étaient plus utiles pour prévoir l'évolution des virus.

Ils ont constaté que les pronostics qui ont combiné des mesures expérimentales de l'apparence des virus avec des changements de son code génétique étaient plus précis que prévoit qu'utilisé seul code génétique.

Les modèles étaient les plus instructifs s'ils comprenaient des données expérimentales sur la façon dont les antigènes de grippe ont changé au fil du temps, la présence des mutations nuisibles susceptibles, et la façon dont rapidement la population de grippe s'était développée pendant les six mois derniers.

Seule la séquence génétique ne pourrait pas exactement prévoir de futures tensions de grippe - et ne devrait pas pour cette raison remplacer les expériences traditionnelles qui mesurent l'apparence des virus. »

John Huddleston, auteur important d'étude, stagiaire de PhD dans le laboratoire de Bedford, centre de cancérologie de Fred Hutchinson et programme moléculaire et de biologie cellulaire, université de Washington

« Nos résultats mettent en valeur l'importance des mesures expérimentales pour mesurer les effets des modifications à code génétique des virus et fournir une fondation pour que les tentatives prévoient les systèmes évolutionnaires, » conclut l'auteur Trevor supérieur Bedford, investigateur principal au vaccin et à la Division de maladie infectieuse, centre de cancérologie de Fred Hutchinson, Seattle, Washington.

« Nous espérons que l'open-source prévoyant des outils que nous avons développés peut immédiatement fournir de meilleurs pronostics des populations de grippe, menant aux vaccins améliorés et éventuel à moins maladies et morts à partir de la grippe. »

Source:
Journal reference:

Huddleston. J., et al. (2020) Integrating genotypes and phenotypes improves long-term forecasts of seasonal influenza A/H3N2 evolution. eLife. doi.org/10.7554/eLife.60067.