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Les scientifiques emploient l'approche neuve pour dresser une carte l'écart des bactéries résistant à la drogue d'hôpital

Les scientifiques ont employé le séquençage du génome pour indiquer le point auquel une bactérie gastro-intestinale résistant à la drogue peut écarter dans un hôpital, mettant en valeur la face d'hôpitaux de défi dans des infections de réglage.

Le faecium d'enterocoque est une bactérie couramment trouvée dans le tractus gastro-intestinal, où il demeure habituellement sans poser les problèmes d'hôte. Cependant, dans les patients immunodéprimés, il peut mener à l'infection potentiellement potentiellement mortelle.

Pendant les trois dernières décennies, les tensions ont apparu qui sont résistantes aux antibiotiques de ligne du front comprenant l'ampicilline et les vancomycines, limitant des options de demande de règlement - et s'inquiétant en particulier, ces tensions sont souvent ceux trouvées dans des infections hôpital-acquises de faecium d'E.

Une équipe des scientifiques à l'université de Cambridge et de l'école de Londres de l'hygiène et au médicament tropical a frayé un chemin une approche combinant l'information épidémiologique et génomique pour dresser une carte l'écart des bactéries dans des réglages de santé. Ceci a aidé des hôpitaux pour recenser des sources d'infection et pour aviser des mesures de contrôle d'infection.

Dans aujourd'hui publié d'étude en microbiologie de nature, l'équipe s'est appliquée cette technique à l'écart du faecium résistant à la drogue d'E. dans un réglage d'hôpital.

« Nous avons su pendant plus de deux décennies que les patients dans l'hôpital peuvent recueillir et écarter le faecium résistant à la drogue d'E. La prévention de son écart exige de nous de comprendre où les bactéries vit - son « reservoirs" - et comment il est transmis.

La plupart des études se sont fondées jusqu'à présent sur cultiver les bactéries des échantillons. Mais comme nous avons montré, le séquençage du génome entier - regardant l'ADN des bactéries - combiné avec le patient détaillé et l'échantillonnage environnemental peut être un puissant outil pour nous aider à dresser une carte son écart et à aviser des voies d'éviter d'autres manifestations. »

M. Theodore Gouliouris, joint d'étude écrivent d'abord, le service de médecine, université de Cambridge

L'équipe a suivi 149 patients d'hématologie admis à l'hôpital d'Addenbrooke, confiance de fondation des hôpitaux NHS d'Université de Cambridge, au-dessus d'un semestre. Ils ont prélevé des échantillons de selles des patients et des écouvillons de l'environnement d'hôpital et les ont cultivés pour le faecium d'E.

L'analyse génomique des bactéries était beaucoup plus efficace à recenser le faecium hôpital-acquis d'E. : sur 101 patients qui pourraient être continués, l'analyse génomique a recensé que deux-tiers de patients ont acquis le faecium d'E., moins que demi comparé suivre seules des méthodes de culture.

Juste sous la moitié (48%) des écouvillons pris de l'environnement d'hôpital étaient positifs pour le faecium vancomycine-résistant d'E. Ceci a compris 36% de matériels médicaux, 76% d'endroits de non-contact tels que des mises à l'air libre, 41% des espaces de bâti et 68% de salles de bains communales vérifiées.

Les chercheurs ont prouvé que même le nettoyage profond ne pourrait pas supprimer les bactéries. L'hôpital a entrepris le nettoyage profond sur une salle sur une période de trois jours pendant l'étude, quand des patients ont été déménagés ailleurs ; cependant, quand l'équipe a échantillonné l'emplacement avant des patients retournant à la salle, ils ont constaté que 9% d'échantillons vérifiait toujours le positif pour les bactéries. Moins de trois jours de patients le retour à la salle, autour de la moitié des sites échantillonnés a vérifié le positif.

Trois quarts (74%) des patients (111/149) étaient des transporteurs A1 du clade - une souche résistante de multi-médicament de faecium d'E. couramment - vu dans les hôpitaux qui est résistant à l'ampicilline antibiotique et qui acquiert fréquemment la résistance aux vancomycines. De ces 111 patients, 67 ont eu des tiges épidémiologiques et génomiques intenses avec au moins un autre patient et/ou leur environnement direct.

« Le fait que ces cas étaient tous a lié à un autre patient ou à leur environnement propose fortement qu'ils aient capté les bactéries résistantes de multi-médicament tandis que dans l'hôpital, » a indiqué M. Francesc Coll de l'école de Londres de l'hygiène et le médicament tropical, joint écrivent d'abord.

Promouvez l'analyse génomique a montré que ce dans cette souche résistante de multi-médicament étaient plusieurs sous-types (définis par à quel point elles génétiquement-assimilées étaient). Cependant, il n'était pas rare que un patient transporte plus d'un sous-type, que - sans analyse génomique détaillée - pourrait confondre des tentatives de recenser la voie de la transmission d'une infection.

Notamment, en dépit de la circulation de l'autant d'en tant que 115 sous-types, 28% d'acquisitions de faecium d'E. ont été provoqués par juste deux sous-types superspreading. Les auteurs n'ont trouvé aucune preuve de résistance ou de tolérance aux antiseptiques courants d'expliquer la réussite de ces sous-types.

Six patients d'étude ont contracté une « infection invasive », signifiant qu'ils avaient transporté le faecium d'E. asymptomatiquement dans leur intestin, mais ont par la suite développé une infection symptomatique. Comparer les génomes de l'infection et de l'intestin tend les auteurs déterminés que les infections invasives de faecium d'E. ont provenu du propre intestin des patients.

« Nos constructions d'étude sur des observations précédentes que les tensions résistant à la drogue du faecium d'E. peuvent persister dans l'environnement d'hôpital en dépit du nettoyage normal - nous étaient étonnées toujours de trouver combien bref était l'effet du nettoyage profond, » M. ajouté Gouliouris.

« Nous avons trouvé des hauts niveaux de faecium hôpital-adapté d'E. en dépit du recours aux produits d'entretien et aux procédures qui ont efficace prouvé contre le parasite. Il met en valeur comment la remise en question de lui peut être d'aborder des manifestations dans les hôpitaux. »

Professeur supérieur d'auteur Sharon Peacock du service de médecine à l'université de Cambridge a ajouté : « Les hauts débits d'infection avec le faecium résistant à la drogue d'E. dans les groupes patients vulnérables spécifiques et sa capacité d'éluder des mesures de nettoyage lancent un défi important au contrôle d'infection. »

« Procédures améliorées et plus fréquentes d'examen critique patient, de fourniture adéquate de toilettes d'isolement et d'ensuite, de nettoyage, et pratiques en matière plus strictes d'hygiène de membre du personnel soignant soyez tout nécessaire pour raccourcir cette épidémie globale.

« Mais c'est également un signe de la façon dont nous avons un besoin urgent d'aborder l'utilisation inadéquate des antibiotiques mondiaux, qui est largement identifiée en tant que constituer un danger catastrophique à notre santé et à notre capacité de régler des infections. »

Source:
Journal reference:

Gouliouris, T., et al. (2020) Quantifying acquisition and transmission of Enterococcus faecium using genomic surveillance. Nature Microbiology. doi.org/10.1038/s41564-020-00806-7.