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Os cientistas usam a aproximação nova para fazer um mapa da propagação das bactérias resistentes aos medicamentos do hospital

Os cientistas usaram o genoma que arranja em seqüência para revelar a extensão a que uma bactéria gastrintestinal resistente aos medicamentos pode espalhar dentro de um hospital, destacando a face dos hospitais do desafio em infecções de controlo.

O faecium do enterococus é uma bactéria encontrada geralmente no aparelho gastrointestinal, onde reside geralmente sem causar os problemas do anfitrião. Contudo, em pacientes immunocompromised, pode conduzir à infecção potencial risco de vida.

Durante as últimas três décadas, as tensões emergiram que são resistentes aos antibióticos da linha da frente que incluem a ampicilina e o vancomycin, limitando opções do tratamento - e se preocupando particularmente, estas tensões são frequentemente aquelas encontradas em infecções hospital-adquiridas do faecium do E.

Uma equipe dos cientistas na universidade de Cambridge e da escola de Londres da higiene e na medicina tropical abriu caminho uma aproximação combinando a informação epidemiológica e genomic para fazer um mapa da propagação das bactérias dentro dos ajustes dos cuidados médicos. Isto ajudou hospitais a identificar fontes de infecção e a informar medidas de controle da infecção.

Em um estudo publicado hoje na microbiologia da natureza, a equipe aplicou esta técnica à propagação do faecium resistente aos medicamentos do E. em um ajuste do hospital.

“Nós soubemos por mais de duas décadas que os pacientes no hospital podem travar e espalhar o faecium resistente aos medicamentos do E. Impedir sua propagação exige-nos compreender onde as bactérias vivem - seus “reservatórios” - e como é transmitida.

A maioria de estudos até agora confiaram em cultivar as bactérias das amostras. Mas como nós mostramos, arranjar em seqüência inteiro do genoma - olhando o ADN das bactérias - combinado com o paciente detalhado e a amostra ambiental pode ser uma ferramenta poderosa para ajudar-nos a fazer um mapa de sua propagação e a informar maneiras de impedir umas manifestações mais adicionais.”

Dr. Theodore Gouliouris, autor da junção do estudo primeiro, departamento da medicina, universidade de Cambridge

A equipe seguiu 149 pacientes da hematologia admitidos ao hospital de Addenbrooke, confiança da fundação dos hospitais NHS da Universidade de Cambridge, sobre um semestre. Tomaram amostras de tamborete dos pacientes e dos cotonetes do ambiente do hospital e cultivaram-nos para o faecium do E.

A análise Genomic das bactérias era muito mais eficaz em identificar o faecium hospital-adquirido do E.: fora de 101 pacientes que poderiam ser continuados, a análise genomic identificou que dois terços dos pacientes adquiriram o faecium do E., comparado aos métodos de utilização menos do que meios da cultura apenas.

Apenas sob a metade (48%) dos cotonetes tomados do ambiente do hospital eram positivo para o faecium vancomycin-resistente do E. Isto incluiu 36% de dispositivos médicos, 76% de áreas do não-toque tais como respiradouros de ar, 41% de espaços da base e 68% dos banheiros comunais testados.

Os pesquisadores mostraram que mesmo a limpeza profunda não poderia erradicar as bactérias. O hospital empreendeu a limpeza profunda em uma divisão durante um período de três dias durante o estudo, quando os pacientes foram movidos em outra parte; contudo, quando a equipe provou lugar antes dos pacientes que retornam à divisão, encontraram que 9% das amostras ainda testou o positivo para as bactérias. No prazo de três dias dos pacientes retornar à divisão, em torno da metade dos locais provados testou o positivo.

Três quartos (74%) dos pacientes (111/149) eram portadores A1 do clade - uma tensão resistente da multi-droga do faecium do E. geralmente - visto nos hospitais que são resistente à ampicilina antibiótica e que adquire freqüentemente a resistência ao vancomycin. Destes 111 pacientes, 67 tiveram as relações epidemiológicas e genomic fortes com pelo menos outro um paciente e/ou seu ambiente directo.

“O facto de que estes casos eram tudo ligou a um outro paciente ou a um seu ambiente sugere fortemente que pegarassem as bactérias resistentes da multi-droga quando no hospital,” disse o Dr. Francesc Coll da escola de Londres da higiene e da medicina tropical, primeiro autor da junção.

Uma análise genomic mais adicional mostrou que dentro desta multi-droga a tensão resistente era diversos subtipos (definidos por como genetically-similar eram). Contudo, não era raro para um paciente levar mais de um subtipo, que - sem análise genomic detalhada - poderia confundir tentativas de identificar a rota de transmissão de uma infecção.

Notàvel, apesar da circulação do tanto como como 115 subtipos, 28% de aquisições do faecium do E. foram causadas por apenas dois subtipos superspreading. Os autores não encontraram nenhuma evidência da resistência ou da tolerância aos desinfectantes comuns para explicar o sucesso destes subtipos.

Seis pacientes do estudo contrataram “uma infecção invasora”, significando que têm levado o faecium do E. asintomaticamente em seu intestino, mas desenvolveram subseqüentemente uma infecção sintomático. Comparar os genomas da contaminação e do intestino estica os autores determinados que as infecções invasoras do faecium do E. originaram de próprio intestino dos pacientes.

“Nossas construções do estudo em observações precedentes que as tensões resistentes aos medicamentos do faecium do E. podem persistir no ambiente apesar da limpeza padrão - nós do hospital foram surpreendidas ainda encontrar como curto-durável era o efeito da limpeza profunda,” Dr. adicionado Gouliouris.

“Nós encontramos níveis elevados de faecium hospital-adaptado do E. apesar do uso dos produtos e dos procedimentos de limpeza que provaram eficaz contra o erro. Destaca como o desafiar pode ser abordar manifestações nos hospitais.”

O professor superior Sharon Pavão do autor do departamento da medicina na universidade de Cambridge adicionou: “As taxas altas de infecção com o faecium resistente aos medicamentos do E. em grupos pacientes vulneráveis específicos e em sua capacidade iludir medidas de limpeza levantam um desafio importante ao controle da infecção.”

“Procedimentos melhorados e mais freqüentes da selecção paciente, da disposição adequada de facilidades de toalete do isolamento e do ensuite, de limpeza, e umas práticas mais restritas da higiene do trabalhador dos cuidados médicos todos serão necessários reduzir esta epidemia global.

“Mas este é igualmente um sinal de como urgente nós precisamos de abordar no mundo inteiro o uso impróprio dos antibióticos, que é reconhecido extensamente como o levantamento de uma ameaça catastrófica a nossa saúde e a nossa capacidade controlar infecções.”

Source:
Journal reference:

Gouliouris, T., et al. (2020) Quantifying acquisition and transmission of Enterococcus faecium using genomic surveillance. Nature Microbiology. doi.org/10.1038/s41564-020-00806-7.