Advertencia: Esta página es una traducción de esta página originalmente en inglés. Tenga en cuenta ya que las traducciones son generadas por máquinas, no que todos traducción será perfecto. Este sitio Web y sus páginas están destinadas a leerse en inglés. Cualquier traducción de este sitio Web y su páginas Web puede ser imprecisa e inexacta en su totalidad o en parte. Esta traducción se proporciona como una conveniencia.

Proteogenomics del uso de los investigadores para entender mejor la complejidad biológica del cáncer de pecho

Los investigadores en la universidad de Baylor del remedio, el instituto amplio del MIT y Harvard y otras instituciones han aplicado aproximaciones potentes del proteogenomics para entender mejor la complejidad biológica del cáncer de pecho. Con esta aproximación, los investigadores podían proponer diagnósticos más exactos para los objetivos sabidos del tratamiento, determinar las nuevas susceptibilidades del tumor para la traslación en los tratamientos para los tumores agresivos e implicar los nuevos mecanismos implicados en resistencia del tratamiento contra el cáncer del pecho. El estudio aparece en la célula del gorrón.

Las técnicas de laboratorio de las cosechadoras de Proteogenomics para la DNA de la siguiente-generación y el ARN que ordenaban con la masa espectrometría-basaron el análisis para la cuantificación profunda, imparcial de proteínas y modificaciones de la proteína en células cancerosas, junto con los métodos de cómputo para el análisis integrado de estos datos. Tales aproximaciones proteogenomic han sido aplicadas extensivamente a los cánceres del estudio por los investigadores en el consorcio clínico del análisis del tumor de Proteomic del Instituto Nacional del Cáncer (NCI-CPTAC).

Importantemente, nuestro análisis incluyó la identificación de la fosforilación y de la acetilación, las modificaciones de la proteína que revelan la información sobre la actividad de proteínas individuales. La acetilación de la proteína no había sido perfilada en cáncer de pecho antes. Estas nuevas aproximaciones prometen discernimientos biológicos en difícil tratar cánceres de pecho y la capacidad de disecar heterogeneidad de la reacción.”

El Dr. Matthew Ellis, autor co-correspondiente, oncólogo del cáncer de pecho y profesor y director de la universidad de Baylor del centro del pecho de Lester y de Sue Smith del remedio, escolar de McNair en Baylor y Susan G. Komen Scholar

Simultáneamente el analizar cambia en la clave genética y los cambios resultantes en términos de función de la proteína ofrecen un retrato mucho más completo de qué está continuando dentro de tumores del cáncer de pecho que analizando cada componente en el aislamiento.

Datos más exactos

El análisis proteogenomic inicial de los investigadores del cáncer de pecho usando muestras residuales del atlas del genoma del cáncer ofreció prueba-de-principio que el proteogenomics representó un avance en el perfilado del cáncer de pecho. El estudio actual representa un paso importante adelante en que incluyó las muestras de tejido que cerco usando los protocolos que preservan específicamente modificaciones de la proteína, analizados muchas más muestras, genómica realizada y caracterización proteomic en exactamente los mismos fragmentos del tejido, y acetilación adicional de la proteína que perfilaba a la fosforilación de la proteína, a las mediciones de la DNA y del ARN. Las técnicas analíticas de Proteogenomic se han madurado substancialmente estos últimos años, y esas aproximaciones puntas fueron aplicadas a este grupo de datos.

Los investigadores terminaron análisis proteogenomic de 122 muestras primarias del cáncer de pecho del tratamiento-naïve. ¿Sus mediciones generaron una cantidad enorme de datos? ¿cerca de 38.000 sitios de la fosforilación de la proteína y casi 10.000 sitios de la acetilación de la proteína por tumor, así como exome y la secuencia enteros del ARN? necesitando los métodos de cómputo avanzados para analizar e integrar la información. Los “análisis complejos como éstos ahora se están realizando rutinario en conjuntos de datos proteogenomic en grande, y estamos desarrollando las herramientas para automatizar el proceso,” dijo al Dr. D.R. Mani, autor co-correspondiente y científico de cómputo principal en amplio.

“Describimos aquí la caracterización proteogenomic del equipo más grande hasta la fecha de las muestras del cáncer de pecho que cerco útil para estos tipos de análisis, maximizando la fidelidad y la exactitud de los resultados,” Ellis dijimos. “Cada célula del tumor tiene literalmente centenares de cambios genomic. Sobre todo no entendemos su significación clínico o biológico. La aproximación que ilustramos habilita una comprensión más profunda y más completa del cáncer del pecho de cada individuo.”

Determinar objetivos de la droga

Por ejemplo, los análisis revelaron que algunos subtipos del cáncer de pecho tienen ciertas enzimas targetable llamadas las cinasas que son más pesado phosphorylated que en otros cánceres, sugiriendo mayores actividad y por lo tanto targetability. Estos análisis incluidos recientemente determinaron objetivos de la droga tales como CDK4/6 y su contexto regulador, así como programaron los receptores y los ligands de la muerte celular que son los objetivos de las nuevas drogas de la inmunoterapia. Los análisis integrados también determinaron nuevos equipos de los cánceres de pecho receptor-positivos del estrógeno que se podrían tratar con estos agentes. Esto es importante porque estos agentes se restringen actualmente a la enfermedad receptor-negativa del estrógeno.

Los análisis adicionales aumentaron totalmente nuevos discernimientos en las vulnerabilidades metabólicas del cáncer de pecho ER+ y ER. “Nuestro análisis global del acetylproteome, el primer en tumores del pecho, nuevos detalles expuestos del metabolismo subtipo-específico del cáncer de pecho,” dijo al Dr. co-correspondiente Steven A. Carr, director del autor del proteomics en amplio.

Perfeccionar diagnosis y el tratamiento

Los investigadores esperan que sus conclusión motiven a científicos del cáncer de pecho para explorar el potencial terapéutico o diagnóstico de los nuevos cambios biológicos que han determinado en este estudio. También son optimista que sus conclusión animarán un esfuerzo de traducir proteogenomics a una aproximación de cáncer-perfilado que se pueda utilizar rutinario en la clínica para perfeccionar diagnosis y el tratamiento.

“Creemos que las aproximaciones del proteogenomics continuarán ayudarnos a determinar objetivos terapéuticos del nuevo candidato, mejor entendemos el paisaje inmune del pecho y otros cánceres, los discernimientos del avance en la reacción y resistencia, y el progreso final hacia nuestra meta del cuidado personalizado del cáncer,” observó al Dr. co-correspondiente Michael Gillette, médico pulmonar y crítico del cuidado en el Hospital General de Massachusetts y líder mayor del autor del grupo en proteomics en amplio. “La ciencia es potente y emocionante, pero en el extremo es lo que podemos entregar al paciente que lo hace importante.”

Encuentre el filete completo de todos los contribuidores a este trabajo y a sus afiliaciones, así como toda la ayuda financiera para este estudio en la célula del gorrón.

Source:
Journal reference:

Krug, K., et al. (2020) Proteogenomic Landscape of Breast Cancer Tumorigenesis and Targeted Therapy. Cell. doi.org/10.1016/j.cell.2020.10.036.