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Les chercheurs développent le moteur de recherche neuf pour vérifier des séquences virales dans COVID-19

Depuis début 2020, les laboratoires tout autour du monde ordonnancent le matériau des tests positifs des gens affectés par COVID-19 et séquences déposantes alors en grande partie à trois points de ramassage : GenBank, COG-UK, et GISAID.

Une exploration rapide de ce montant considérable de caractéristiques est importante pour comprendre comment le génome du virus change.

Pour activer rapidement « surfer » au-dessus de cette caractéristique, l'organisme de recherche de Di Milan de Politecnico abouti par prof. Stefano Ceri a développé ViruSurf, un moteur de recherche opérant sur une base de données centralisée enregistrée chez Politecnico.

La base de données est périodiquement rechargée des trois sources et en date d'aujourd'hui contient 200.516 séquences de SARS-CoV-2, le virus entraînant COVID-19, et 33.256 séquences d'autres substances virales également associées aux épidémies affectant des êtres humains, tels que le radar à ouverture synthétique, le MERS, l'Ebola, et la dengue.

Chaque séquence est décrite de quatre points de vue : les caractéristiques biologiques du virus et de l'hôte, la technologie de ordonnancement, le projet qui a produit les caractéristiques originelles, les mutations de la séquence entière des nucléotides et des acides aminés de gène-détail.

L'avantage fourni par ViruSurf est l'utilisation d'un algorithme pour calculer des mutations virales homogènement en travers des sources, utilisant calculer de nuage. La base de données est optimisée pour donner des réactions rapides aux surfers de moteur de recherche.

Parmi les développements futurs de ViruSurf, le plus important, financé par un projet long d'un six par EIT Digitals, est un service bio-informatique pour ingérer des séquences virales neuves, qui met en valeur la présence des mutations virales liées à la gravité améliorée ou réduite et à la virulence pendant qu'ils sont découverts.

Utilisé dans les cliniques, en particulier avec des pandémies moins aiguës écartant, il supportera l'ajout des données critiques au dossier santé patient ; d'autres utilisations seront possibles dans le cadre de l'animal cultivant ou de la chaîne alimentaire.

Le système permettra bientôt au traçage des épitopes - séquences des acides aminés qui sont employés dans le modèle vaccinique - par exemple, d'associer des épitopes aux mutations du virus qui pourrait être présent dans les pays donnés du monde et qui pourrait affecter le vaccin.

« Dans le projet de GeCo, financé par le Conseil " Recherche " européen, nous avions déjà développé un moteur de recherche pour des ensembles de données décrivant le génome humain, GenoSurf appelé ; au début de la pandémie, il n'y avait aucun un tel système pour des séquences virales.

Pour comprendre mieux ses conditions, nous avons interviewé environ vingt virologues experts de partout dans le monde. Le résultat est un système convivial : n'importe quel chercheur peut brancher à lui et exécuter des questions, par exemple, au sujet de quand une mutation virale commencée et comment il s'est étendu dans le monde. »

Stefano Ceri, professeur et chef de projet, Di Milan de Politecnico

L'article est publié sur un tourillon élevé de pertinence, recherche d'acides nucléiques, dans l'édition de base de données que chaque année rassemble les descriptions des bases de données biologiques les plus significatives.

Source:
Journal reference:

Canakoglu, A., et al. (2020) ViruSurf: an integrated database to investigate viral sequences. Nucleic Acid Research. doi.org/10.1093/nar/gkaa846.