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Os pesquisadores desenvolvem o Search Engine novo para investigar seqüências virais em COVID-19

Desde o princípio de 2020, os laboratórios de tudo em todo o mundo estão arranjando em seqüência o material dos testes positivos dos povos afetados por COVID-19 e por seqüências então de depósito na maior parte a três pontos da coleção: GenBank, COG-UK, e GISAID.

Uma exploração rápida desta enorme quantidade dos dados é importante para compreender como o genoma do vírus está mudando.

Para permitir rapidamente “surfar” sobre estes dados, o grupo de investigação de di Milão de Politecnico conduzida pelo prof. Stefano Ceri desenvolveu ViruSurf, um Search Engine que opera-se sobre uma base de dados centralizada armazenada em Politecnico.

A base de dados periòdicamente é recarregada das três fontes e até à data de hoje contem 200.516 seqüências de SARS-CoV-2, o vírus que causam COVID-19, e 33.256 seqüências de outras espécies virais igualmente associadas às epidemias que afetam seres humanos, tais como o SARS, o MERS, o Ebola, e a dengue.

Cada seqüência é descrita de quatro perspectivas: as características biológicas do vírus e do anfitrião, a tecnologia arranjando em seqüência, o projecto que produziu os dados originais, as mutações da seqüência inteira dos nucleotides e de ácidos aminados gene-específicos.

A vantagem fornecida por ViruSurf é o uso de um algoritmo para computar mutações virais homogênea através das fontes, usando a computação da nuvem. A base de dados é aperfeiçoada dando respostas rápidas aos surfistas do Search Engine.

Entre as revelações futuras de ViruSurf, o mais importante, financiado por um projecto seis-mês-longo por EIT Digitas, é um serviço bio-informatic para ingerir seqüências virais novas, que destaca a presença de mutações virais associadas com a severidade e a virulência aumentadas ou reduzidas enquanto é descoberta.

Usado nas clínicas, particularmente com as pandemias menos agudas que espalham, apoiará a adição de informação crítica ao registo de saúde paciente; outros usos serão possíveis no contexto do animal que cultiva ou da cadeia alimentar.

O sistema permitirá logo que o traçado dos resumos - seqüências de ácido aminado que são usados no projecto vacinal - por exemplo, associe resumos com as mutações do vírus que poderiam estam presente em países dados do mundo e que poderia afectar a vacina.

“No projecto de GeCo, financiado pelo Conselho de Pesquisa europeu, nós tínhamos desenvolvido já um Search Engine para os conjunto de dados que descrevem o genoma humano, chamado GenoSurf; no início da pandemia, não havia nenhum tal sistema para seqüências virais.

Para compreender melhor suas exigências, nós entrevistamos aproximadamente vinte virologists peritos do mundo inteiro. O resultado é um sistema de fácil utilização: todo o pesquisador pode conectar-lhe e executar perguntas, por exemplo, sobre quando uma mutação viral começada e como espalhou no mundo.”

Stefano Ceri, professor e chefe de projecto, di Milão de Politecnico

O artigo é publicado em um jornal alto da importância, pesquisa dos ácidos nucleicos, na edição da base de dados que cada ano recolhe as descrições das bases de dados biológicas as mais significativas.

Source:
Journal reference:

Canakoglu, A., et al. (2020) ViruSurf: an integrated database to investigate viral sequences. Nucleic Acid Research. doi.org/10.1093/nar/gkaa846.