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Los investigadores desarrollan nuevo Search Engine para investigar series virales en COVID-19

Desde principios de 2020, los laboratorios de todos en todo el mundo están ordenando el material de pruebas positivas de la gente afectada por COVID-19 y series entonces de depósito sobre todo a tres puntos de la colección: GenBank, COG-UK, y GISAID.

Una exploración rápida de esta enorme cantidad de datos es importante para entender cómo el genoma del virus está cambiando.

Para habilitar rápidamente “practicar surf” sobre estos datos, el grupo de investigación de los di Milano de Politecnico llevada por profesor Stefano Ceri ha desarrollado ViruSurf, un Search Engine que operaba encima de una base de datos centralizada salvada en Politecnico.

La base de datos se recarga de las tres fuentes y a partir de hoy contiene periódicamente 200.516 series de SARS-CoV-2, el virus que causa COVID-19, y 33.256 series de otras especies virales también asociadas a las epidemias que afectan a seres humanos, tales como SARS, MERS, Ebola, y dengue.

Cada serie se describe a partir de cuatro perspectivas: las características biológicas del virus y del ordenador principal, la tecnología de secuencia, el proyecto que ha presentado los datos originales, las mutaciones de la serie entera de nucleótidos y de aminoácidos gen-específicos.

La ventaja ofrecida por ViruSurf es el uso de un algoritmo para calcular mutaciones virales homogéneo a través de fuentes, usando calcular de la nube. La base de datos se optimiza para dar reacciones rápidas a las personas que practica surf del Search Engine.

Entre los progresos futuros de ViruSurf, el más importante, financiado por un proyecto seis-mes-largo por EIT Digitaces, es un servicio bio-informático para injerir nuevas series virales, que destaca la presencia de mutaciones virales asociadas a severidad y a virulencia aumentadas o reducidas mientras que ella se descubre.

Utilizado en clínicas, determinado con los pandémicos menos agudos que se extienden, soportará la adición de la información crítica al historial médico paciente; otras aplicaciones serán posibles en el contexto del animal que cultiva o de la cadena alimentaria.

El sistema pronto permitirá que el trazado de los epitopos - series de aminoácido que se utilizan en diseño vaccíneo - por ejemplo, asocie epitopos a las mutaciones del virus que podrían estar presente en los países dados del mundo y que podría afectar a la vacuna.

“En el proyecto de GeCo, financiado por el Consejo de Investigación europeo, habíamos desarrollado ya un Search Engine para los grupos de datos que describían el genoma humano, llamado GenoSurf; al principio del pandémico, no había tal sistema para las series virales.

Para entender mejor sus requisitos, entrevista a cerca de veinte virólogos expertos de todas partes del mundo. El resultado es un sistema convivial: cualquier investigador puede conectar con él y realizar interrogaciones, por ejemplo, sobre cuando una mutación viral comenzada y cómo se ha extendido en el mundo.”

Stefano Ceri, profesor y líder de proyecto, di Milano de Politecnico

El artículo se publica en un alto gorrón de la importancia, investigación de los ácidos nucléicos, en la entrega de la base de datos que cada año cerco las descripciones de las bases de datos biológicas más importantes.

Source:
Journal reference:

Canakoglu, A., et al. (2020) ViruSurf: an integrated database to investigate viral sequences. Nucleic Acid Research. doi.org/10.1093/nar/gkaa846.