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Il meglio del RNA SARS-CoV-2 conservato in acqua di scarico nell'ambito del congelamento condiziona

La sorveglianza dell'acqua di scarico è stata riferita per essere un fattibile e un modo efficace riflettere la prevalenza del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo nella pandemia corrente COVID-19. Uno studio recente attira l'attenzione sulla necessità di congelare i campioni dell'acqua di scarico se l'analisi è effettuata più successivamente piuttosto che immediatamente.

L'analisi dell'acqua di scarico è non solo uno strumento di video utile affinchè prevalenza corrente ma le guide predica presto gli scoppi futuri tramite un aumento d'avvertimento nei conteggi dell'acqua di scarico del virus. Tale analisi egualmente piombo al tracciato del virus alla sua apparizione in molte delle città del mondo. Infatti, molti rapporti già hanno rintracciato SARS-CoV-2 in molte posizioni universalmente prima dei primi rapporti da Wuhan, Cina.

Ciò piombo ai tentativi intensivi di identificare la posizione dove il virus ha fatto la sua apparizione. Attualmente, i campioni memorizzati possono essere analizzati come risorse di prova dell'acqua di scarico stanno diventando più disponibili facilmente. Tuttavia, onda in corso della pandemia la seconda può necessitare ulteriori restrizioni, in grado di ritardare ancora l'analisi del campione.

L'impatto delle condizioni di stoccaggio sui risultati della prova è un parametro importante che le guide determinano l'affidabilità della prova. A partire da ora, le informazioni dirette sulla persistenza del virus nei campioni memorizzati dell'acqua di scarico sono disponibili soltanto per le temperature fra 4°C e gli studi 37°C. su altri coronaviruses hanno aggiunto le informazioni relative.

Lo studio corrente, pubblicato nel medRxiv* del " server " della pubblicazione preliminare nel novembre 2020, presenta una soluzione alla frequente mora nel trattamento delle aliquote dell'acqua di scarico durante il COVID-19. Le ragioni per tale mora sono collettore, variante dalla penuria del personale, dalla chiusura dei laboratori, dalla mancanza di reagenti e di labware e da una comprensione difficile di migliori tecniche. Per questo motivo, è stato necessario spesso da memorizzare i campioni per l'analisi successiva.

Questo studio è il primo studio finlandese destinato per individuare SARS-CoV-2 in acqua di scarico municipale. Il suo obiettivo era di scoprire la stabilità di RNA SARS-CoV-2 nelle temperature più fredde. Ciò contribuirebbe a valutare l'accuratezza dei risultati in molti studi dell'acqua di scarico già pubblicati.

I ricercatori hanno usato un'analisi del qPCR di E-Sarbeco RT per misurare col passare del tempo il titolo del gene della busta di SAR e l'analisi del N2 per il gene del nucleocapsid SARS-CoV-2. I campioni dell'acqua di scarico esaminati erano stati memorizzati a 4ᴼC, a -20ᴼC e a -75ᴼC.

L'impianto di trattamento delle acque reflue campionato era l'impianto di Viikinmaki che servisce 860,000 persone in otto comuni. I campioni affluenti sono stati prelevati prima di tutto il trattamento, in un contenitore da 20 litri, essendo catturando dall'affluente composito raccolto oltre 24 ore. Il campione da 20 litri è stato memorizzato a 6°C ed agli altri campioni di 5 e 2 litri a due punti differenti di tempo, per raggiungere il laboratorio in 26 ore. I piccoli campioni poi sono stati divisi nelle aliquote di 30 ml e sono stati tenuti a 4°C, a -20°C e a -75°C fino a provarli essi.

Nei primi 28 giorni, il numero di copia del RNA è andato unmeasured dovuto una mancanza della metodologia richiesta per l'analisi. La quantità è stata catturata per essere simile alla misura rilevata il primo mese di stoccaggio nel freddo, in un altro campione raccolto dopo 5 settimane.

La curva di disintegrazione della punta SARS-CoV-2 (log10 copia 100 ml-1) nell
La curva di disintegrazione della punta SARS-CoV-2 (log10 copia 100 ml-1) nell'affluente dell'acqua di scarico a 4°C, -20°C e - 75°C, enumerato con E-Sarbeco e le analisi di RT-qPCR del N2.

Fra i 29 e 84 giorni, i ricercatori hanno trovato che in tutte queste circostanze, il RNA virale è rimanere quasi stabile. Ciò era contrariamente alla 1 riduzione del registro in RNA di norovirus GII durante questo periodo. Ciò indica che i virus non avvolti non persistono sempre per le durate più lunghe nel freddo, come precedentemente è stata pensata.

Facendo uso dell'analisi di E-Sarbeco, i ricercatori hanno osservato i simili importi del RNA indipendentemente dalla temperatura di stoccaggio, con una tendenza verso la rilevazione di più alte quantità di RNA virale alle temperature di congelamento. A 4°C, c'era una disintegrazione lineare nel numero di copia del RNA per gli obiettivi del gene individuati da entrambe le analisi oltre il 21 giorno.

L'analisi del N2 ha mostrato una disintegrazione significativamente maggior a 4°C. Ciò suggerisce che i geni della busta e del nucleocapsid abbiano tariffe differenziali di disintegrazione. Tuttavia, ulteriore studio è richiesto di capire la stabilità dei geni differenti dell'indicatore richiesti per sorveglianza SARS-CoV-2 in acqua di scarico.

Alle temperature di congelamento, -20°C e -75°C, il RNA include l'acqua di scarico affluente è rimanere intatto oltre i 58 giorni. I risultati sono stati convalidati aggiungendo un campione rinofaringeo del tampone da un paziente COVID-19, nella diluizione, all'affluente dell'acqua di scarico. Il campione di SARS-CoV-2-spiked ha contenuto il contenuto stabile del RNA oltre i 28 e 58 giorni, il primo nel refrigerato in ed il secondo nelle circostanze di congelamento.

Mentre il determinante principale di inattivazione virale è la temperatura di stoccaggio, altri fattori che possono fare comprendere un impatto significativo la presenza e la quantità di materia organica e se altri microbi sono presenti.

C'è egualmente una necessità di individuare i titoli bassi di RNA virale nell'acqua di scarico, che richiede la campionatura di alta qualità ed efficiente, conservante ed elaborante le procedure. Ciò è particolarmente essenziale tenuto conto del fatto che i virus precedentemente analizzati in acqua di scarico sono stati virus non avvolti, mentre SARS-CoV-2 è avvolto.

Di nuovo, la frazione del campione a cui il virus è associato dovrebbe definitivo essere identificata tramite la più ricerca, se nelle palline nell'ultrafiltrato dell'acqua di scarico prima di centrifugazione o dell'acqua senza materia polverizzata fraction. Lo studio corrente ha trovato le quantità leggermente più alte di RNA virale nel precedente, forse a causa della busta virale. Una certa ricerca recente, effettivamente, suggerisce l'uso del fango dell'acqua di scarico per rilevazione virale.

Questo studio è importante nella fornitura dei dati che possono sviluppare i protocolli affidabili per la prova dell'acqua di scarico in epidemiologia COVID-19.

I ricercatori concludono, “Il RNA SARS-CoV-2 sono sembrato sorprendente stabili in queste temperature di conservazione frigorifera oltre i 29, 64 e 84 giorni,„ a 4°C, a -20°C e a -75°C. Quindi, se l'analisi immediata è impossibile, queste temperature dovrebbero essere preferite per stoccaggio.

Avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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